崇祯三年（1630）元月，葡国铳师队由公沙·的西劳率领抵京，并有耶稣会士随行。公沙还作《西洋大铳来略说》，欲辨明红夷（荷兰人、英国人）与西洋（葡萄牙人、西班牙人）之不同，更强调这些大铳应称作西洋大铳，红夷为海寇，葡人则系“西极欧逻巴沿海国土人，在小西洋之西，故称曰大西洋”，这些西洋铳是他们用以抵御红夷的。徐光启也作出“红夷之志，欲剪澳夷以窥中国；澳夷之志，欲强中国以捍红夷”的一番背书。讽刺的是，这次北运的10门铜铳及铁铳，均出自一艘被葡人缴获的荷兰船。
　　然而好景不长，徐光启门生兼教友孙元化部下孔有德、李九成及子李应元于崇祯四年（1631）闰十一月发动吴桥兵变。孔有德等人本为皮岛毛文龙旧部，袁崇焕杀毛文龙后，为孙元化接收。皇太极辽东兴兵，以精锐数万围困大凌河城，孙元化急令孔有德等驰援，孔“初无往意，勉强前赴，沿途观望，至闰十一月二十七日，次于吴桥。”辽兵士卒与当地人屡有摩擦，县人闭门罢市，有一士兵强取山东望族王象春家仆一鸡，被罚“穿箭游营”，众兵击杀该仆，适时李九成又将孙元化拨付的购马费用滥花殆尽，李氏父子遂率众辽丁拥孔有德兵变。
　　孔有德回兵山东，张焘所属之辽兵一半投降，又有耿仲明等辽人在城中内应，崇祯五年（1632）一月登州失陷。叛军掳获了大量兵马军饷，最重要的还有红夷大炮二十余位，西洋炮三百位，城中葡人铳师12人死亡，15人重伤。孙元化自杀未成（天主教徒自杀系重罪），不向叛军妥协，孔有德念旧，于二月将孙元化、张焘等人放还。后两人在京遭弃市。徐光启在遭遇这次打击后，心灰意冷，不再过问军事。
　　吴桥兵变最大的后果是孔有德、耿仲明降后金，严重影响汉满之间的军力消长，其降书曰：“本帅现有甲兵数万，轻舟百余，大炮、火器俱全。有此武器，更与明汗同心协力，水陆并进，势如破竹，天下又谁敢与汗为敌乎？”皇太极出郊十里迎接，以兄弟抱见之礼待之。当年李之藻曾担心“铳到之日，或以付之不可知之人，不能珍重，万一反为夷虏所得，攻城冲阵，将何抵挡”，不幸应验，加之孔有德部炮术由洋人亲授，与传统炮手全凭经验发射不可同日而语，“红夷大炮”遂成“红衣大炮”。
　　随后清军入关，凭借西洋火炮和八旗铁骑席卷大半个中国；南明诸王并立，乱象丛生。卜弥格正于此时进入永历朝廷。
　　永历即位之初，曾向澳门借兵。“葡国遣兵三百名，带大炮数门来桂林助战，以瞿纱微为随队神父”，与瞿式耜、焦琏等奉教重臣一道守卫桂林，一时稳固下局势。永历三年（1649）初，卜弥格从澳门应邀请到达肇庆，协助瞿安德（即瞿纱微，德国人）的工作。是年局势急转直下，江西、湖南失陷，永历仓皇西逃，两广旋失，南明小朝廷危机四伏。为抓住最后一根救命稻草，经奉教重臣、太监庞天寿斡旋，太后、皇后、皇子陆续受洗成为教徒，并遣卜弥格为特使带着中国王室皈依的信息至罗马教廷，后又派瞿安德到澳门求援，葡人“遣兵一队炮二门赴援”。
　　1650年11月25日，卜弥格带着皇太后和司礼监掌印太监庞天寿致罗马教皇、耶稣会总会长和葡萄牙国王的信，以及永历赠送的礼物来到澳门，准备出发。澳门有一位耶稣会士巴尔达萨里·西塔德利对其出使表示反对，也欲出使罗马，向罗马天主教廷报告满清即将统一中国的实情。但葡人总督支持卜弥格，他遂于1651年1月1日顺利出发，同年五月到果阿。起初，这位洋“班超”受到葡萄牙驻印度总督的友好接待。好景不长，巴尔达萨里·西塔德利也抵达果阿，并向总督说明南明和满清军事力量对比悬殊不可能取得胜利，建议总督不要让永历朝廷在未经葡萄牙王室许可的情况下，和欧洲任何一个国家发生关系。于是总督改变了态度，不再支持卜弥格前往欧洲求援，同时就此事写了一份备忘录给里斯本，命令其在没有得到葡萄牙国王的回应前，不得离开果阿，并且取消了卜弥格曾预订的赴欧船只铺位。不料焉知非福，那艘船载着巴尔达萨里·西塔德利在途中沉没，卜弥格算是逃过一劫。那份备忘录同样没能送到欧洲，总督自己最后也遭了船难。他滞留数月，终逃脱监视循陆路离开印度，辗转来到威尼斯。
　　在威尼斯，卜弥格陷入到三十年战争结束后欧洲政治的蛛网中，威尼斯总督不愿开罪任何一方，拒绝接见他，后经过法国驻威尼斯大使的引介，始得将庞天寿的信函呈上（法国人也有自己的算盘，其时是路易十四在位首相马扎林当政，他们希望自由前往中国传教，而之前东方的传教由葡西两国负责，卜弥格去世后次月，传教权被转由直属教廷的传信部管理，清廷中出现了不少法国教士）。但这么一来，触怒了西班牙驻威尼斯大使，被告状到梵蒂冈和耶稣会总会长处，梵蒂冈驻威尼斯使节也因卜弥格未去拜会而表示不满。耶稣会总会长发信命其停留于洛雷托，不得以使节名义进入罗马。
　　卜弥格还将自己在中国写的《中华帝国的耶稣会神父和中国的基督徒承认的道理，在中国的四品级传教士卜弥格提出的建议》这部著作的若干抄本寄给欧洲几个天主教会大学校长，宣扬利玛窦等人入乡随俗的传教方式，这也导致他在罗马的厄运，于是出现了文章开头的那一幕：其任务是否获明廷正式授权倍遭质疑，卷入礼仪之争更是千夫所指。在一片谴责和质疑声中，卜弥格未得到亲西反法葡的教皇英诺森十世接见，进退维谷。
　　在此期间，北京的耶稣会士在清廷的支持下派卫匡国于1653年8月抵达欧洲，表示反对支持南明。
　　从一艘想穿越巽他海峡的葡籍中国帆船上，逮捕了一名耶稣会教士。他在中国待了十年，走遍大江南北。……他还说（鞑靼）他们会跟澳门方面建交，并由船上澳门长官的函件所印证。甚至他们也会跟葡萄牙人以外的外国建交，会赐予他们随心所欲的进出许可。所以教士说，无疑地公司只要到广东——他以为此处为佳——向藩王请求许可，他们的大使就会支持许可之，并授予其自由无虑在中国贸易的特权。
　　——摘自1652年巴达维亚当局写给台湾长官的一封信
　　荷兰东印度公司巴达维亚总部的官员深刻体认到卫匡国所透露情报的重大意义，不但允其随1653年初归国的舰队一起返航，还打赏其一百个银币。中国正在改朝换代，对于觊觎贸易机会的欧洲新贵来说显然是重大利好。
　　可是荷兰人没机会在东方大展拳脚了。就在大明乱成一锅粥的时候，英国内战于1642年爆发，接着查理一世被砍头，克伦威尔忙着征爱尔兰、苏格兰，统和各方势力。荷兰则趁西班牙衰败，1639年一战搞定之，继而大肆抢夺葡西的殖民地如巴西，并在英国自顾不暇的时候，摇身成为“海上马车夫”。1651年，回过神来的克伦威尔虽然公布《航海条例》针对荷兰——“欧洲货物只能由英国船只或其原产地船只运送；亚、非、美洲的产品只能由英国船只或殖民地船只运进欧洲，凡是外国船只停泊英国港口必须收取15%的关税”，但仍抱持着“荷兰控制亚非两洲，英国夺取西班牙在美洲既有的领土”的妥协一面。荷兰当政者、查理一世的女儿长公主玛丽怎能同意？国仇家恨，一战终不可免。1653年8月，英国凭借舷炮技术发展而来的战列线战术和绞杀式封锁让荷兰饮恨落败。12月，克伦威尔自封护国公并于翌年2月“登基”，他也没忘记向荷兰人追讨安汶岛的损失费，把它写进了合约中。
　　荷兰人从此一蹶不振。1662年，台湾被郑成功收复。
　　直到1655年，卜弥格终于得到新教皇亚历山大七世接见，仅得到一纸空文，没有发出圣战的号召……后卜弥格在里斯本也未得到葡萄牙国王实际支持，他对此感到失望，决意回到东方。
　　一六五八年抵暹罗。澳门参事会遣人劝其不必回澳门，免增澳门困难。……
　　是年六月抵北圻，得噩耗，求一领赴广西之向导而不可得，盖无人敢冒死偕往也。弥格决独行，然境上皆有鞑靼戍守，不能入，乃求安南王许其重还北圻。……
　　弥格历经远行之疲劳，至是遂不能支持，得重疾。一六五九年八月二十二日殁于广西北圻边界。相从至罗马之中国青年安德，至是仍相随，为之营葬，树立十字架与一碑于其墓前。……
　　——费赖之《在华耶稣会士列传及书目》“卜弥格”
　　众人避之不及的卜弥格离开了这个世界，从大西洋上掀起的涟漪似乎暂时平静，但东方的这个帝国从未离开世界。