全国政协委员、中国农业大学校长柯炳生指出，新重组的两个机构名称过长，显得粗糙而繁琐，且让人怀疑其过于简单化，使人觉得改革“只是部门之间的简单合并、叠加而非职能理顺和整合”。他所指的两个机构，为国家新闻出版广播电影电视总局、国家食品药品监督管理总局。
　　他建议，可根据新部门的内部职能整合来定名，比如前者宜从大文化部角度进行考虑，后者则可以“安全”一词来取代“监督管理”。与他同组的诸多委员对此表示认同。还有人指出，铁道部实现政企分开后，应考虑原部门的债务如何分割等权益划分问题，因此建议尽快出台更明确和具操作性的实施细则。
　　中国行政管理学会执行副会长兼秘书长高小平，在接受《中国新闻周刊》采访时，将《方案》定位于“中方案”，肯定其承前启后的性质。他认为，相比“大部制”上一阶段改革内容，此次改革的特点在于“稳中有进，很有特色，政府职能转变更实”，同时也为下一步深化改革做好准备和铺垫。
　　既然是“中方案”，在他看来，不能达到此前一些人预期的改革目标就情有可原，其所完成的阶段性任务在于大部制轮廓基本显现。
　　鉴于此番改革之前，国务院曾吸取广东等地的经验，毛寿龙和杜钢建均指出，“大部制”改革下一步运作过程中，要关注上下关系问题。根据他们所了解到深圳、佛山等地试点的情况，“积极性很大，但压力同样很大，其中主要在于改革后上下的对口问题难以解决。”由此，毛寿龙建议中央和地方关系尽量留一些余地，创造多样性空间。
　　由该角度分析，杜钢建更多的体会是遗憾，因为“这次调整未与行政区划改革同步”。他认为这会影响到各省、各地的部门调整的步伐。同时，对于发改委已经部署21个城市群规划后，可能需要新增直辖市、特区等的要求无法及时支持。他还指出，《方案》没有很好与行政权力三分制、民主审议制等结合起来，也有待进一步改革时做出考虑和完善。