【摘 要】
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分析了SAUR(Small auxin up-regulated RNA)基因家族在不同柑橘基因组中的数量、连锁群分布、基因结构、系统进化、基因表达模式等。从香橼、柚、莽山野橘和克里曼丁橘等基因组
【机 构】
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西南大学/中国农业科学院柑桔研究所; 国家柑桔工程技术研究中心; 陕西师范大学生命科学学院;
【基金项目】
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国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目(CARS-26);重庆市现代山地特色高效农业技术体系创新团队建设计划项目;西南大学双一流学科建设项目;中国博士后科学基金项目(2017M622946);重庆市博士后科研项目(XmT2018062)
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分析了SAUR(Small auxin up-regulated RNA)基因家族在不同柑橘基因组中的数量、连锁群分布、基因结构、系统进化、基因表达模式等。从香橼、柚、莽山野橘和克里曼丁橘等基因组中分别鉴定到69、62、58和70个SAUR基因。SAUR在基因组上分布不均,呈现明显的串联重复现象,基因家族成员的差异可能是由于串联重复和染色体大片段复制引起。大多数柑橘SAUR基因不含内含子,含有SAUR特有的4个保守motifs。系统进化树显示,来源于拟南芥、水稻、番茄、马铃薯和柑橘的629个SAUR基因分为9组,每一组都含有5个物种的家族成员,并且同一个物种的SAUR基因具有较近的遗传距离。顺式元件分析表明,CclSAUR基因家族成员的上游序列含有光响应、转录因子结合、激素响应、伤害响应、低温响应、玉米素代谢和类黄酮生物合成相关的元件。qRT-PCR分析结果显示,大多数的CclSAUR基因都能响应外源IAA和低温处理。
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