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目的：建立卫生专项经费支出绩效评价指标体系，以提高卫生专项资金的使用效益，为形成一个具有良好反馈功能和工作导向性的专项预算和绩效评价机制提供依据。方法：运用文献复习法和专家访谈法初选评价指标，运用层次分析法建立评价指标体系结构，采用专家咨询法确定指标权重。结果：构建由2个一级指标、4个二级指标和26个三级指标构成的卫生专项经费支出绩效评价体系。结论：卫生专项经费支出绩效评价体系是卫生专项经费管理规范化的补充和有益探索；对卫生专项经费的合理安排和规范使用以及严格控制影响卫生专项绩效的主要指标具有导向作用。