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章太炎（1869—1936），名炳麟，字梅叔、枚叔，浙江余杭人。章太炎既是著名的国学大师，也是辛亥革命的元勋，他与孙中山、黄兴并称“辛亥三杰”。
“三入牢狱”前后的奋勇抗争是章太炎耿介倨倔人格的集中体现，是他波澜壮阔革命生涯的精彩缩影，也是值得后人浓墨重彩叙述的历史篇章。
“要拿章炳麟，就是我！”
1903年5月27日，上海的《苏报》聘请章士钊为主笔，并聘请章太炎、蒋维乔、吴稚晖等分任《苏报》撰述，《苏报》从此实际上成为中国教育会和爱国学社的机关报，成了上海革命派的喉舌。章太炎等人的革命宣传活动引起清政府的极大恐慌。由于《苏报》报馆坐落于上海的公共租界内，清政府不能直接前来查禁和捕人，他们便向各国驻沪领事及工部局正式交涉，要求工部局出面处理此事。
吴稚晖事前得到密报，一再催促章太炎等人“躲起来”，但章太炎担心他们逃避后将使革命受到损失，他毫不畏惧，坚持留下来等待被捕，他对邹容说：“我被清政府查拿，现在已经第7次了。革命没有不流血的，逃跑干什么呢？”6月30日，公共租界工部局派出巡捕前来《苏报》报馆指名捕人，章太炎挺身而出，自指鼻端，从容地说：“其余的人都不在，要拿章炳麟，就是我！”他随即被关进位于四马路的总巡捕房。在那里章太炎依然神气激扬，他还写了字条托人交给趁乱从后门走脱的邹容，晓以大义，要他不必躲避，邹容果然于第二天自行到巡捕房投案。7月7日，《苏报》被封。这就是震动全国的“苏报案”的开始。
清政府认定，在爱国学社和《苏报》报馆中，以章太炎为最重要，而邹容最为凶险，急于要处决他们。清政府于是马上照会诸列强驻华公使，要求将章太炎、邹容等人“引渡”给清廷，由清廷审判和法办。对于如何处置章太炎、邹容，诸列强驻华公使内部发生激烈纷争。由于担心“引渡”会损害租界的“治外法权”并可能激发广大民众愤怒的意见占了上风，最后决定还是由租界当局自行审理。此案原告是清政府，律师是英国人，被告是章太炎等6人，裁判官则是各国会审委员，可谓不伦不类。章太炎在狱中写信给吴君遂、张伯纯谈到首次审讯的经过：“既往听诉，则闻南洋法律官带同翻译，宣说曰：‘中国政府到案。’曰：‘中国政府控告《苏报》馆大逆不道，煽惑乱党，谋为不轨。’乃各举书报所载以为证；贼满人、逆胡、伪清等语，一一宣读不讳。噫嘻！彼自称为中国政府，以中国政府控告罪人，不在他国法院，而在己所管辖最小之新衙门，真千古笑柄矣……其所控我，自革命逐满外，复牵引玄烨、弘历、载湉小丑等语……最可笑者，新衙门委员孙某，不甚识字，觳觫殊甚，但云公等速说，我与公等无仇无怨而已。事毕，乘马车归捕房，观者填咽，诵‘风吹枷锁满城香，街市争看员外郎’而返。”
第二次审讯出庭前的拘押期间，章太炎一直坚持斗争。他在《又致吴君遂书》中说：“今见西报，满清以十万金易我辈头颅，抑何可哂！”章太炎还题《狱中赠邹容》诗勉励邹容和自己，表明视死如归的英雄气概，诗中写道：“英雄一入狱，天地亦悲秋。临命须掺手，乾坤只两头。”章太炎还在《苏报》最后一期的头版头条发表了《狱中答新闻报记者书》，义正词严地宣称：“今日狱事起于满清政府，以满清政府与汉种四万万人构此大讼，江督（指两江总督魏光焘）、关道（指江苏候补道员俞明震）则满清政府之代表，吾辈数人则汉种四万万之代表。”章太炎指出“吾辈书生，未有寸刃尺匕足与抗衡”，但还是“相延入狱，志在流血”，以“性分所定，上可以质皇天后土，下可以对四万万人”而深感自豪和欣慰，并充满自信地期望“天命方新，来复不远，请看五十年后，铜像巍巍立于云表者，为我为尔，坐以待之，无多聒聒可也。”
清廷对章太炎的指控，除了他是革命“反清”的干将以外，尤为不可饶恕的是章太炎竟然直接称呼康熙、乾隆的“御名”玄烨、弘历，清廷认为章太炎最为罪大恶极的是他在《驳康有为论革命书》中竟敢训斥当今光绪皇帝为“载湉小丑”。章太炎在法庭上严正反驳说：“‘小丑’两字，本作‘类’字，或作‘小孩子’解，并不毁谤。至‘今上圣讳’，以西律不避，故而直书。”“教学生之书，皆无‘圣讳’”，“我实不明回避之理”。他接着列举清政府的种种罪状，滔滔不绝。清朝统治者被章太炎正义凛然的声势所震慑，只能哀叹章太炎等人“穷凶极恶，已预备在租界以外造反”，感到胆战心惊。
章太炎等人随后又受到多次审讯，至1903年12月24日，“额外公堂”宣判章太炎、邹容“应科以永远监禁之罪”。消息传出，舆论大哗，领事团被迫宣布这次判决无效。各外国公使与清廷继续争执，宣判于是拖延下来。1904年5月21日，在公堂上宣读了由清政府外务部和各国公使共同签署的最终判决书：章太炎监禁3年，邹容监禁2年，皆从被拘之日起算；监禁期内罚做苦工，期满则逐出租界。至此，断断续续迁延了将近11个月的审判总算结束了。
“苏报案”非但没有吓倒革命党人和广大民众，反倒成为对革命党人和广大民众的一次影响深远的广泛动员和革命宣传，也是清政府在洋人面前奴颜婢膝以及腐朽无能、外强中干、凶狠残暴的丑恶嘴脸的一次彻底暴露。章太炎弟子许寿裳在《章太炎传》中感叹说：“从此革命党声气大盛，和清政府对质于公堂，俨然成敌国之势了。”《江苏》杂志断言：“反清”革命思想由此而深入于四万万国民之脑髓中，必定会“有大影响于我民族，且此后必有收其效果之一日也”。“苏报案”也使章太炎、邹容名声大震，章太炎赢得了“中国玛志尼”的称誉（1903年“苏报案”发生之后，柳亚子在《复报》第三号上发表《冬日有怀太炎威丹》诗二首，其一云：“祖国沉沦三百载，忍看民族日仳离。悲歌咤叱风云起，此是中国玛志尼。”道出了时人对于章太炎民族主义大师地位的首肯与尊崇之情）。革命派在上海创办的《警钟日报》就章太炎、邹容被宣判发表社论，题目就叫做《论中国国民之大纪念》，可见“苏报案”已经成为中国国民成功地反抗国内外反动统治的纪念和象征！
1904年5月正式宣判以后，章太炎、邹容被移送到位于提篮桥的上海西牢监禁。在狱中，章太炎、邹容从事沉重的劳役，狱卒又任意凌辱虐待他们，章太炎决定以死表示抗议，与邹容商议“引决事”，“时刀索、金环、毒药诸物既被禁绝，惟饿死”。邹容说：“饿死，小丈夫事也”，认为这样的死法不够壮烈。但章太炎解释，饿死也是分为不同情况、不同意义的，他说：“中国饿死之故鬼，第一伯夷，第二龚胜，第三司图空，第四谢枋得，第五刘宗周。若前三子者，吾不为；若后二子，吾为之。”于是作绝命词3首，开始绝食，结果断食7日未死。复食后，他对邹容说：“食亦死，知必死，吾有处之之道。”从此，每逢狱卒前来欺压，他便以拳脚回报，但遭致更加横暴的殴打。西牢中还有一种酷刑，“其法以帆布为梏，反接两手缚之，加以木楔，名曰‘软梏’。梏一小时许，则血管麻木，两臂如针刺状，虽巨盗弗能胜，号呼宛转，声彻全狱”。章太炎曾受此软梏之刑3次。即使身处这样艰险残酷的监狱环境，章太炎还是直接推动建立了光复会，并潜心研读佛典，领悟大乘法义。1905年3月邹容突然病倒，于4月3日夜半不明不白死去,章太炎悲愤不已。1906年6月29日，章太炎3年监禁期满出狱，蔡元培、于右任、柳亚子、刘道一、刘光汉等人分乘马车数辆直奔监狱门口迎候，将章太炎当作一位胜利了的英雄加以热烈欢迎。
“宁为玉碎，不为瓦全”
1906年6月,章太炎从上海西牢出狱后，东渡日本东京，任《民报》主编。《民报》是中国同盟会的机关报，在章太炎的主持下，《民报》成为揭露帝国主义、封建主义，抨击改良主义和无政府主义的阵地，“所向披靡，令人神往”，引起清廷的恐慌和仇视。清政府除了在国内严厉禁止传布和阅读《民报》外，还以各种利益为交换条件，不断与日本政府交涉要求查禁《民报》。1908年10月，为了破坏清、美外交格局，诱使清政府屈从日本所提出的侵占中国东北各项权益的无理要求，日本政府决定乘清政府派遣唐绍仪出使美国、道经日本的机会，下令封禁《民报》以及中国革命党人在日本出版的其他革命刊物，以表示对清政府的“亲善”。
1908年10月19日，日本警视总监龟井英三郎签署了一份由内务大臣平田东助发布的命令，该命令借口《民报简章》和《民报》第二十四号发表的《革命之心理》一文违反了日本新闻出版条例第三十三条，诬陷说有激扬暗杀、破坏治安之嫌，勒令“停止发卖颁布”。10月20日晚，由《民报》报馆所在的东京地方警察署出面，向章太炎宣读了上述命令。章太炎曾经3次致书给平田东助进行抵制，并亲自到警察署反抗。
10月21日，章太炎第一次致书平田东助，明确地指出：“《革命之心理》一篇，无一语与彼三十三条相犯，所谓败坏风俗者无有也，所谓扰害秩序者无有也；至于《民报简章》，自开办时已经彼内务省认可，前日不禁而今禁之，尤与法律背驰。”章太炎在信中还透露出可以反映事件内幕的细节：警察署长当面承认“此事关于外交，不关法律”。章太炎不屑于“时人或以避其锋锐，渐与转圜为说”这样的见风使舵、圆滑应世的行径，并且“知日本政府不可信任”，坚决要求平田东助封还他的命令书。章太炎写过这封信以后，内务省再次派遣警察署长“恳切晓谕”章太炎，试图说服他限期接受平田东助的命令书。
10月23日，章太炎来到警察署，警察署长把命令书原件出示给章太炎。章太炎坚定地说：“我是始终不会接受这份命令书的，我任凭你报告你的长官，你就说我决心反抗命令。”章太炎接着在这一天第二次给平田东助写信，他首先揭露了日本当局同清朝政府的肮脏交易，然后对此事进行了一番毫不客气的嘲讽和挖苦——他说日本“自有历史以来，以刚毅愷明称于天下”，可是现在竟然为了“纤毫之利，圭撮之害”而甘心俯首于清政府的控制，他真是感到太惊讶和太惋惜了！章太炎最后严正表示，日本政府“若以威吓利啗之故，而以《民报》之革命宗旨与满清政府所赠利益交换，本编辑人兼发行人宁为玉碎，不为瓦全”。第二封信发出后的第二天（10月24日），自称为铁道技师的高桥孝之助来做说客，先以买报为名，佯装不知《民报》遭没收之事。章太炎立即出示平田东助的“封禁命令书”，气愤地训斥他说：“贵国政府所为，非官吏之行为，乃娼妓之行为，谁能信娼妓无贰志乎？”
10月26日，章太炎第三次写信给平田东助，揭露日本政府实际上是要永远禁止《民报》，却不公开宣称这样做，明明是“迫胁《民报》，使变其革命宗旨”，却“欲深秘其事”，不允许日本报纸报道此事，真是大失日本官方的体面。章太炎在信中表达了他的自尊和倔强：“本编辑人兼发行人虽一介草茅，素不受权术笼络。若贵大人有意督过之，封禁驱逐，惟命是听。”
为了冲破日本当局的新闻封锁，把日本封禁《民报》的真相公之于世，章太炎以“中国革命党”名义发表《报告〈民报〉二十四号停止情形》，并“以英文单行本投寄各方，吁请世界人士给予同情”。1908年12月7日，檀香山《太平洋商业广告报》曾全文刊登了这份报告的英文本，日本驻檀香山总领事还特地将这天的剪报寄呈日本外相小村寿太郎（他以顽固地谋求实现日本对华侵略要求、坚决反对美国插足中国东北而著称）。章太炎与同盟会重要领导人黄兴、宋教仁等反复磋商，决定一面积极筹备将《民报》迁往美国、法国或南洋出版，一面继续坚持同日本政府针锋相对进行斗争，相约“勿以小挟灰心，勿以威武屈节，庶几松柏后凋，竟伸其志”。
日本政府封禁《民报》的决定，激起中国革命党人和留日学生的普遍愤怒。在这场反封禁的斗争中，章太炎态度鲜明、立场坚定、斗争有力，成了日本政府封禁《民报》的主要障碍，因此日本政府想方设法试图将章太炎逼走。1908年11月3日，有人对《民报》社放火。日本当局本想利用章太炎的赴印度计划，出钱送他离开日本，还与“黑龙会”成员多方对黄兴、宋教仁施加压力，让他们劝章太炎离开日本，章太炎还是依然坚守《民报》阵地。
在诸多伎俩都失败以后，日本当局只好撕破新闻言论自由的“文明”假面具，11月26日，在东京地方裁判所以“扰乱秩序、妨害治安”之罪名对章太炎开庭审讯，可是法庭辩护几乎成为章太炎单独一人慷慨激昂、理直气壮的演讲。根据章太炎事后回忆，当时的法庭辩护情形是这样的：
“我语裁判长，扰乱治安，必有实证，我买手枪、我蓄刺客，或可谓扰乱治安。一笔一墨、几句文字，如何扰乱？厅长无言。
我语裁判长，我之文字，或煽动人、或摇惑人，使生事端，害及地方，或可谓扰乱治安。若二三文人，假一题目，互相研究，满纸空言，何以谓之扰乱治安？厅长无言。
我语裁判长，我言革命，我革中国之命，非革贵国之命。我之文字，即鼓动人，即煽惑人，煽惑中国人，非煽惑日本人。鼓动中国人，非鼓动日本人，于贵国之秩序何与？于贵国之治安何与？厅长无言。
我语裁判长，言论自由、出版自由，文明国法律皆然，贵国亦然，我何罪？厅长无言。
我语裁判长，我言革命，我本国不讳言革命，汤、武革命，应天顺人，我国圣人之言也。故我国法律，造反有罪，革命无罪，我何罪。厅长无言。”
虽然章太炎据理力争，其辩护可谓精彩纷呈而主控方却几乎哑口无言，但对于章太炎而言，这只是一场“理胜而事不胜”的官司，审讯结果其实早已内定了。1908年12月12日东京地方裁判所继续开庭，裁判长不容分辩地宣布了判决结果：《民报》被禁止发行，章太炎作为《民报》编辑被判处罚金50日元，作为《民报》发行人被判处罚金50日元，由于《民报》发行所地址变动未及时申报，章太炎被加罚15日元。但章太炎没有及时交纳罚金，因此在1909年3月3日被东京小石川警察署拘留，检察官命令将章太炎拘留于劳役场115天。被拘留的当天，章太炎的女婿龚未生来找鲁迅商量，鲁迅转请许寿裳挪用了《支那经济全书》译本印费的一部分，如数缴纳完罚金，这才解除了这场危难——章太炎被当天释放了。严格说来，这次只能勉强算是“入牢狱”，并且只有短短的1天时间，甚至不足1天。
宣判的第二天，章太炎等人在黄兴住所再次开会讨论，认为封禁《民报》完全不是一件孤立的事件，“既然日美协约已经成立，日本政府对革命党之政策已经确定，纵使对现今判决表示不服并提出上诉，亦将无胜诉之希望”。因此，他们决定放弃上诉，抛开日本政府的干预，自行筹划《民报》迁往别国复刊的工作。《民报》虽然被封禁了，然而，《民报》的历史功绩却已经不可磨灭地留在辛亥革命的史册中。孙中山对《民报》高度评价：“同盟会成立未久，发刊《民报》，鼓吹三民主义，遂使革命思潮弥漫全国，自有杂志以来，可谓成功最著者。”
“桓魋相迫，惟有冒死而行”
1913年秋至1916年夏，章太炎被袁世凯软禁于北京，地址初为前门内化石桥共和党本部，继为龙泉寺，最后在钱粮胡同。
1913年，共和党为谋发展，敦请章太炎北上，章太炎应邀而来。在此之前，章太炎在上海屡屡发表反袁文字，各家报纸竞相登载。章太炎出发去北京前，友人极力劝阻，章太炎却从容地说：“不入虎穴，焉得虎子。”遂于1913年8月冒险入京，宿于共和党本部。章太炎开始只想小住即行，不料一入北京，竟久遭袁世凯幽囚。
袁世凯因为他好发反袁文字，并且曾经参与“二次革命”，原本对章太炎就深怀忌恨，这次章太炎前来北京，真是“天堂有路尔不走，地狱无门自来投”。袁世凯命令军警布列于共和党本部寓所周围，名为“保护”，实则监视其言论，禁止他出京。某日，章太炎乘马车外出赴晚宴，宪兵也跟着登车，前后夹卫，章太炎大怒，持手杖将他们驱逐。宪兵逃跑后，章太炎高兴地说：“‘袁狗’被我赶走了！”其实宪兵们仅仅是换了便服，仍然像以往一样守在门口。章太炎被软禁于共和党本部以后，每天书写“袁贼、袁贼”以泄愤，又喜欢以花生米佐酒，尤其喜欢油炒花生。章太炎吃花生的时候必定去其蒂，大呼“杀了‘袁贼’的头”，以此为乐。负责看守章太炎的军法处长陆建章曾经派人前来问候，赠送银圆500元置于书案，章太炎起初沉默无语，忽然起立，把银币全部砸向来人，张目怒斥说：“袁奴速去！”来人狼狈而逃。
章太炎在北京的门生钱玄同时常往章太炎寓所探望。1914年元旦，钱玄同收到章太炎寄的明信片，开首为“此何年！”三字，以下又有“吾将不复年！”之句。钱玄同见其措辞不详，担心出意外，第二天急忙前往看望老师。登上章太炎寓所楼上，则酒气扑鼻（酒气是由于墨汁中和以烧酒），只见章太炎新近题写的字幅纵横交错，几乎铺满了整个寓所，案头有致黎元洪的书稿，为告别之书，其中写道：“炳麟羁滞幽都，饱食终日，进不能为民请命，负此国家，退不能阐扬文化，惭于后进，桓魋相迫，惟有冒死而行。三五日当大去，人寿几何，抑或尽此，书与公决！”钱玄同询问章太炎，得知他执意要去天津。第二天，军警随章太炎去车站将他截留，章太炎只得痛骂袁世凯而返，随后就有大闹总统府之事。
1914年1月20日，章太炎被迁移至龙泉寺。第二天，袁世凯派儿子袁克定亲自送来锦缎被褥，袁克定不敢面见章太炎。章太炎走回房间点燃香烟，将被褥烧成许多孔洞后远远地抛掷于室外，大喊道：“拿去!”遭幽居龙泉寺时，章太炎曾经拒绝官厅供给，只以当初来京时旅费余款用作餐费，用以表示与袁世凯决裂以及“义不食袁食”之意。
章太炎虽然在1914年1月24日《家书》中叙述“幽囚之苦”（软禁）“更苦于下狱”，但是也致书袁世凯表示为革命事业而“九死无悔”，在1914年5月23日《家书》中表示决意绝食，“以死争之”。章太炎感叹说：“不死于清廷拘捕之日。而死于民国告成之后，又何言哉！吾死之后，中夏文化亦亡矣。”章太炎以长8尺的宣纸，大书“速死”二字，悬于堂屋。章太炎的绝食斗争使袁世凯害怕了，他命令京师警察总监吴炳湘设法劝导和妥善处置，以保证章太炎不因绝食而死。章太炎绝食后，态度极为坚决，钱玄同等人竭力劝解都无效，所有的饭菜章太炎都放弃不吃了，只是饮茶而已。钱玄同等人商量了一个“妙策”：以滋补品（藕粉之类）少许随时偷偷加入茶水中，以此稍稍补救。章太炎不久就察觉了，发怒说茶不干净，这个计策于是以失败告终。章太炎绝食时正值北京严冬季节，可是他不生火御寒，加上他居住的房屋高大，更加寒冷，前往探视的人都不敢脱去外套，仍然觉得十分寒冷。章太炎静卧于床，床靠近破窗，寒风侵袭，气息奄奄，景象十分凄惨。章太炎就这样绝食10来天了，诸人焦急万分却无计可施。眼看章太炎生命将近，但绝处逢生，忽有转机——章太炎爱女在此危急关头刚好前来探望，章太炎感动于天伦至性，才得以复食。
1914年7月24日，章太炎被迁入钱粮胡同。在这里，章太炎召集全体仆役，宣布“约仆规则”：1.仆役对于主人章太炎必须称呼“大人”，对来宾必须称呼“大人”或“老爷”，都不许以“先生”相称；2.每逢阴历初一、十五，仆役必须一律向章太炎行叩首大礼。钱玄同好奇地向章太炎询问原因，章太炎回答说：“吾之为此，惟以‘大人’、‘老爷’均前清之称谓，若‘先生’者，吾辈革命党创造民国，乃于南京政府规定以代‘大人’、‘老爷’，今北京仍为帝制余孽所盘踞，岂配有‘先生’之称谓乎？此所以示北京犹是‘大人’、‘老爷’之世界耳。既犹是‘大人’、‘老爷’之世界，叩首之礼亦固其宜。”看来，章太炎这样的怪异行为是由于他愤世嫉俗，以此发泄对当时政局的不满。此外，这些仆役的实际身份是军法处长陆建章派出的密探，章太炎这样做也是为了故意戏弄这些特务们。这些特务中有一个京师警察厅的副课长，他除了按规定按时向章太炎行叩首礼以外，章太炎还特别要向他宣讲一大段《大戴礼》的经文，以表示“有教无类”。
章太炎遭幽禁北京期间，仍然不忘结交文人、研讨学术，其中很值得一提的是，正在祖国大陆游历的台湾著名学者、《台湾通史》作者连横（1878—1936，号雅棠或雅堂）多次前往拜会，诚心向章太炎请教。连横一向仰慕章太炎的道德学问，称誉章太炎为“当代大儒”。章太炎对连横的品德、才华也十分赏识，对连横的来访倍感振奋，所以“据案高谈，如瓶泻水，滔滔不竭”。当连横将要离开北京时，向章太炎辞别，取出空白的条幅请章太炎题词，章太炎欣然应允，在条幅上挥笔题诗一首：“蓑墙葺屋小于巢，胡地平居渐二毛，松柏岂容生部娄，年年重九不登高。”章太炎与连横两人交谊深厚，彼此引为知己，而这次危难中的相聚很可能是两人一生中惟一的一次见面，在两人交往史中具有里程碑般的重要意义，因而弥足珍贵，堪称佳话。
遭幽禁钱粮胡同期间，章太炎也一直关注全国局势发展。袁世凯的洪宪帝制成为众矢之的，章太炎虽然被幽禁，但早已设法与广西方面的护国军通信。他急于知道南方护国军的实际情况，于是在1916年5月18日试图逃离北京，却被暗探跟踪，暗探们以章太炎欠债为由，强行簇拥其返回钱粮胡同寓所。6月6日袁世凯病死，6月16日章太炎寓所的警察看守被撤销，6月25日章太炎离开北京。至此，章太炎漫长而艰难的北京幽禁岁月终于彻底结束。文
“三入牢狱”前后的奋勇抗争是章太炎耿介倨倔人格的集中体现，是他波澜壮阔革命生涯的精彩缩影，也是值得后人浓墨重彩叙述的历史篇章。
“要拿章炳麟，就是我！”
1903年5月27日，上海的《苏报》聘请章士钊为主笔，并聘请章太炎、蒋维乔、吴稚晖等分任《苏报》撰述，《苏报》从此实际上成为中国教育会和爱国学社的机关报，成了上海革命派的喉舌。章太炎等人的革命宣传活动引起清政府的极大恐慌。由于《苏报》报馆坐落于上海的公共租界内，清政府不能直接前来查禁和捕人，他们便向各国驻沪领事及工部局正式交涉，要求工部局出面处理此事。
吴稚晖事前得到密报，一再催促章太炎等人“躲起来”，但章太炎担心他们逃避后将使革命受到损失，他毫不畏惧，坚持留下来等待被捕，他对邹容说：“我被清政府查拿，现在已经第7次了。革命没有不流血的，逃跑干什么呢？”6月30日，公共租界工部局派出巡捕前来《苏报》报馆指名捕人，章太炎挺身而出，自指鼻端，从容地说：“其余的人都不在，要拿章炳麟，就是我！”他随即被关进位于四马路的总巡捕房。在那里章太炎依然神气激扬，他还写了字条托人交给趁乱从后门走脱的邹容，晓以大义，要他不必躲避，邹容果然于第二天自行到巡捕房投案。7月7日，《苏报》被封。这就是震动全国的“苏报案”的开始。
清政府认定，在爱国学社和《苏报》报馆中，以章太炎为最重要，而邹容最为凶险，急于要处决他们。清政府于是马上照会诸列强驻华公使，要求将章太炎、邹容等人“引渡”给清廷，由清廷审判和法办。对于如何处置章太炎、邹容，诸列强驻华公使内部发生激烈纷争。由于担心“引渡”会损害租界的“治外法权”并可能激发广大民众愤怒的意见占了上风，最后决定还是由租界当局自行审理。此案原告是清政府，律师是英国人，被告是章太炎等6人，裁判官则是各国会审委员，可谓不伦不类。章太炎在狱中写信给吴君遂、张伯纯谈到首次审讯的经过：“既往听诉，则闻南洋法律官带同翻译，宣说曰：‘中国政府到案。’曰：‘中国政府控告《苏报》馆大逆不道，煽惑乱党，谋为不轨。’乃各举书报所载以为证；贼满人、逆胡、伪清等语，一一宣读不讳。噫嘻！彼自称为中国政府，以中国政府控告罪人，不在他国法院，而在己所管辖最小之新衙门，真千古笑柄矣……其所控我，自革命逐满外，复牵引玄烨、弘历、载湉小丑等语……最可笑者，新衙门委员孙某，不甚识字，觳觫殊甚，但云公等速说，我与公等无仇无怨而已。事毕，乘马车归捕房，观者填咽，诵‘风吹枷锁满城香，街市争看员外郎’而返。”
第二次审讯出庭前的拘押期间，章太炎一直坚持斗争。他在《又致吴君遂书》中说：“今见西报，满清以十万金易我辈头颅，抑何可哂！”章太炎还题《狱中赠邹容》诗勉励邹容和自己，表明视死如归的英雄气概，诗中写道：“英雄一入狱，天地亦悲秋。临命须掺手，乾坤只两头。”章太炎还在《苏报》最后一期的头版头条发表了《狱中答新闻报记者书》，义正词严地宣称：“今日狱事起于满清政府，以满清政府与汉种四万万人构此大讼，江督（指两江总督魏光焘）、关道（指江苏候补道员俞明震）则满清政府之代表，吾辈数人则汉种四万万之代表。”章太炎指出“吾辈书生，未有寸刃尺匕足与抗衡”，但还是“相延入狱，志在流血”，以“性分所定，上可以质皇天后土，下可以对四万万人”而深感自豪和欣慰，并充满自信地期望“天命方新，来复不远，请看五十年后，铜像巍巍立于云表者，为我为尔，坐以待之，无多聒聒可也。”
清廷对章太炎的指控，除了他是革命“反清”的干将以外，尤为不可饶恕的是章太炎竟然直接称呼康熙、乾隆的“御名”玄烨、弘历，清廷认为章太炎最为罪大恶极的是他在《驳康有为论革命书》中竟敢训斥当今光绪皇帝为“载湉小丑”。章太炎在法庭上严正反驳说：“‘小丑’两字，本作‘类’字，或作‘小孩子’解，并不毁谤。至‘今上圣讳’，以西律不避，故而直书。”“教学生之书，皆无‘圣讳’”，“我实不明回避之理”。他接着列举清政府的种种罪状，滔滔不绝。清朝统治者被章太炎正义凛然的声势所震慑，只能哀叹章太炎等人“穷凶极恶，已预备在租界以外造反”，感到胆战心惊。
章太炎等人随后又受到多次审讯，至1903年12月24日，“额外公堂”宣判章太炎、邹容“应科以永远监禁之罪”。消息传出，舆论大哗，领事团被迫宣布这次判决无效。各外国公使与清廷继续争执，宣判于是拖延下来。1904年5月21日，在公堂上宣读了由清政府外务部和各国公使共同签署的最终判决书：章太炎监禁3年，邹容监禁2年，皆从被拘之日起算；监禁期内罚做苦工，期满则逐出租界。至此，断断续续迁延了将近11个月的审判总算结束了。
“苏报案”非但没有吓倒革命党人和广大民众，反倒成为对革命党人和广大民众的一次影响深远的广泛动员和革命宣传，也是清政府在洋人面前奴颜婢膝以及腐朽无能、外强中干、凶狠残暴的丑恶嘴脸的一次彻底暴露。章太炎弟子许寿裳在《章太炎传》中感叹说：“从此革命党声气大盛，和清政府对质于公堂，俨然成敌国之势了。”《江苏》杂志断言：“反清”革命思想由此而深入于四万万国民之脑髓中，必定会“有大影响于我民族，且此后必有收其效果之一日也”。“苏报案”也使章太炎、邹容名声大震，章太炎赢得了“中国玛志尼”的称誉（1903年“苏报案”发生之后，柳亚子在《复报》第三号上发表《冬日有怀太炎威丹》诗二首，其一云：“祖国沉沦三百载，忍看民族日仳离。悲歌咤叱风云起，此是中国玛志尼。”道出了时人对于章太炎民族主义大师地位的首肯与尊崇之情）。革命派在上海创办的《警钟日报》就章太炎、邹容被宣判发表社论，题目就叫做《论中国国民之大纪念》，可见“苏报案”已经成为中国国民成功地反抗国内外反动统治的纪念和象征！
1904年5月正式宣判以后，章太炎、邹容被移送到位于提篮桥的上海西牢监禁。在狱中，章太炎、邹容从事沉重的劳役，狱卒又任意凌辱虐待他们，章太炎决定以死表示抗议，与邹容商议“引决事”，“时刀索、金环、毒药诸物既被禁绝，惟饿死”。邹容说：“饿死，小丈夫事也”，认为这样的死法不够壮烈。但章太炎解释，饿死也是分为不同情况、不同意义的，他说：“中国饿死之故鬼，第一伯夷，第二龚胜，第三司图空，第四谢枋得，第五刘宗周。若前三子者，吾不为；若后二子，吾为之。”于是作绝命词3首，开始绝食，结果断食7日未死。复食后，他对邹容说：“食亦死，知必死，吾有处之之道。”从此，每逢狱卒前来欺压，他便以拳脚回报，但遭致更加横暴的殴打。西牢中还有一种酷刑，“其法以帆布为梏，反接两手缚之，加以木楔，名曰‘软梏’。梏一小时许，则血管麻木，两臂如针刺状，虽巨盗弗能胜，号呼宛转，声彻全狱”。章太炎曾受此软梏之刑3次。即使身处这样艰险残酷的监狱环境，章太炎还是直接推动建立了光复会，并潜心研读佛典，领悟大乘法义。1905年3月邹容突然病倒，于4月3日夜半不明不白死去,章太炎悲愤不已。1906年6月29日，章太炎3年监禁期满出狱，蔡元培、于右任、柳亚子、刘道一、刘光汉等人分乘马车数辆直奔监狱门口迎候，将章太炎当作一位胜利了的英雄加以热烈欢迎。
“宁为玉碎，不为瓦全”
1906年6月,章太炎从上海西牢出狱后，东渡日本东京，任《民报》主编。《民报》是中国同盟会的机关报，在章太炎的主持下，《民报》成为揭露帝国主义、封建主义，抨击改良主义和无政府主义的阵地，“所向披靡，令人神往”，引起清廷的恐慌和仇视。清政府除了在国内严厉禁止传布和阅读《民报》外，还以各种利益为交换条件，不断与日本政府交涉要求查禁《民报》。1908年10月，为了破坏清、美外交格局，诱使清政府屈从日本所提出的侵占中国东北各项权益的无理要求，日本政府决定乘清政府派遣唐绍仪出使美国、道经日本的机会，下令封禁《民报》以及中国革命党人在日本出版的其他革命刊物，以表示对清政府的“亲善”。
1908年10月19日，日本警视总监龟井英三郎签署了一份由内务大臣平田东助发布的命令，该命令借口《民报简章》和《民报》第二十四号发表的《革命之心理》一文违反了日本新闻出版条例第三十三条，诬陷说有激扬暗杀、破坏治安之嫌，勒令“停止发卖颁布”。10月20日晚，由《民报》报馆所在的东京地方警察署出面，向章太炎宣读了上述命令。章太炎曾经3次致书给平田东助进行抵制，并亲自到警察署反抗。
10月21日，章太炎第一次致书平田东助，明确地指出：“《革命之心理》一篇，无一语与彼三十三条相犯，所谓败坏风俗者无有也，所谓扰害秩序者无有也；至于《民报简章》，自开办时已经彼内务省认可，前日不禁而今禁之，尤与法律背驰。”章太炎在信中还透露出可以反映事件内幕的细节：警察署长当面承认“此事关于外交，不关法律”。章太炎不屑于“时人或以避其锋锐，渐与转圜为说”这样的见风使舵、圆滑应世的行径，并且“知日本政府不可信任”，坚决要求平田东助封还他的命令书。章太炎写过这封信以后，内务省再次派遣警察署长“恳切晓谕”章太炎，试图说服他限期接受平田东助的命令书。
10月23日，章太炎来到警察署，警察署长把命令书原件出示给章太炎。章太炎坚定地说：“我是始终不会接受这份命令书的，我任凭你报告你的长官，你就说我决心反抗命令。”章太炎接着在这一天第二次给平田东助写信，他首先揭露了日本当局同清朝政府的肮脏交易，然后对此事进行了一番毫不客气的嘲讽和挖苦——他说日本“自有历史以来，以刚毅愷明称于天下”，可是现在竟然为了“纤毫之利，圭撮之害”而甘心俯首于清政府的控制，他真是感到太惊讶和太惋惜了！章太炎最后严正表示，日本政府“若以威吓利啗之故，而以《民报》之革命宗旨与满清政府所赠利益交换，本编辑人兼发行人宁为玉碎，不为瓦全”。第二封信发出后的第二天（10月24日），自称为铁道技师的高桥孝之助来做说客，先以买报为名，佯装不知《民报》遭没收之事。章太炎立即出示平田东助的“封禁命令书”，气愤地训斥他说：“贵国政府所为，非官吏之行为，乃娼妓之行为，谁能信娼妓无贰志乎？”
10月26日，章太炎第三次写信给平田东助，揭露日本政府实际上是要永远禁止《民报》，却不公开宣称这样做，明明是“迫胁《民报》，使变其革命宗旨”，却“欲深秘其事”，不允许日本报纸报道此事，真是大失日本官方的体面。章太炎在信中表达了他的自尊和倔强：“本编辑人兼发行人虽一介草茅，素不受权术笼络。若贵大人有意督过之，封禁驱逐，惟命是听。”
为了冲破日本当局的新闻封锁，把日本封禁《民报》的真相公之于世，章太炎以“中国革命党”名义发表《报告〈民报〉二十四号停止情形》，并“以英文单行本投寄各方，吁请世界人士给予同情”。1908年12月7日，檀香山《太平洋商业广告报》曾全文刊登了这份报告的英文本，日本驻檀香山总领事还特地将这天的剪报寄呈日本外相小村寿太郎（他以顽固地谋求实现日本对华侵略要求、坚决反对美国插足中国东北而著称）。章太炎与同盟会重要领导人黄兴、宋教仁等反复磋商，决定一面积极筹备将《民报》迁往美国、法国或南洋出版，一面继续坚持同日本政府针锋相对进行斗争，相约“勿以小挟灰心，勿以威武屈节，庶几松柏后凋，竟伸其志”。
日本政府封禁《民报》的决定，激起中国革命党人和留日学生的普遍愤怒。在这场反封禁的斗争中，章太炎态度鲜明、立场坚定、斗争有力，成了日本政府封禁《民报》的主要障碍，因此日本政府想方设法试图将章太炎逼走。1908年11月3日，有人对《民报》社放火。日本当局本想利用章太炎的赴印度计划，出钱送他离开日本，还与“黑龙会”成员多方对黄兴、宋教仁施加压力，让他们劝章太炎离开日本，章太炎还是依然坚守《民报》阵地。
在诸多伎俩都失败以后，日本当局只好撕破新闻言论自由的“文明”假面具，11月26日，在东京地方裁判所以“扰乱秩序、妨害治安”之罪名对章太炎开庭审讯，可是法庭辩护几乎成为章太炎单独一人慷慨激昂、理直气壮的演讲。根据章太炎事后回忆，当时的法庭辩护情形是这样的：
“我语裁判长，扰乱治安，必有实证，我买手枪、我蓄刺客，或可谓扰乱治安。一笔一墨、几句文字，如何扰乱？厅长无言。
我语裁判长，我之文字，或煽动人、或摇惑人，使生事端，害及地方，或可谓扰乱治安。若二三文人，假一题目，互相研究，满纸空言，何以谓之扰乱治安？厅长无言。
我语裁判长，我言革命，我革中国之命，非革贵国之命。我之文字，即鼓动人，即煽惑人，煽惑中国人，非煽惑日本人。鼓动中国人，非鼓动日本人，于贵国之秩序何与？于贵国之治安何与？厅长无言。
我语裁判长，言论自由、出版自由，文明国法律皆然，贵国亦然，我何罪？厅长无言。
我语裁判长，我言革命，我本国不讳言革命，汤、武革命，应天顺人，我国圣人之言也。故我国法律，造反有罪，革命无罪，我何罪。厅长无言。”
虽然章太炎据理力争，其辩护可谓精彩纷呈而主控方却几乎哑口无言，但对于章太炎而言，这只是一场“理胜而事不胜”的官司，审讯结果其实早已内定了。1908年12月12日东京地方裁判所继续开庭，裁判长不容分辩地宣布了判决结果：《民报》被禁止发行，章太炎作为《民报》编辑被判处罚金50日元，作为《民报》发行人被判处罚金50日元，由于《民报》发行所地址变动未及时申报，章太炎被加罚15日元。但章太炎没有及时交纳罚金，因此在1909年3月3日被东京小石川警察署拘留，检察官命令将章太炎拘留于劳役场115天。被拘留的当天，章太炎的女婿龚未生来找鲁迅商量，鲁迅转请许寿裳挪用了《支那经济全书》译本印费的一部分，如数缴纳完罚金，这才解除了这场危难——章太炎被当天释放了。严格说来，这次只能勉强算是“入牢狱”，并且只有短短的1天时间，甚至不足1天。
宣判的第二天，章太炎等人在黄兴住所再次开会讨论，认为封禁《民报》完全不是一件孤立的事件，“既然日美协约已经成立，日本政府对革命党之政策已经确定，纵使对现今判决表示不服并提出上诉，亦将无胜诉之希望”。因此，他们决定放弃上诉，抛开日本政府的干预，自行筹划《民报》迁往别国复刊的工作。《民报》虽然被封禁了，然而，《民报》的历史功绩却已经不可磨灭地留在辛亥革命的史册中。孙中山对《民报》高度评价：“同盟会成立未久，发刊《民报》，鼓吹三民主义，遂使革命思潮弥漫全国，自有杂志以来，可谓成功最著者。”
“桓魋相迫，惟有冒死而行”
1913年秋至1916年夏，章太炎被袁世凯软禁于北京，地址初为前门内化石桥共和党本部，继为龙泉寺，最后在钱粮胡同。
1913年，共和党为谋发展，敦请章太炎北上，章太炎应邀而来。在此之前，章太炎在上海屡屡发表反袁文字，各家报纸竞相登载。章太炎出发去北京前，友人极力劝阻，章太炎却从容地说：“不入虎穴，焉得虎子。”遂于1913年8月冒险入京，宿于共和党本部。章太炎开始只想小住即行，不料一入北京，竟久遭袁世凯幽囚。
袁世凯因为他好发反袁文字，并且曾经参与“二次革命”，原本对章太炎就深怀忌恨，这次章太炎前来北京，真是“天堂有路尔不走，地狱无门自来投”。袁世凯命令军警布列于共和党本部寓所周围，名为“保护”，实则监视其言论，禁止他出京。某日，章太炎乘马车外出赴晚宴，宪兵也跟着登车，前后夹卫，章太炎大怒，持手杖将他们驱逐。宪兵逃跑后，章太炎高兴地说：“‘袁狗’被我赶走了！”其实宪兵们仅仅是换了便服，仍然像以往一样守在门口。章太炎被软禁于共和党本部以后，每天书写“袁贼、袁贼”以泄愤，又喜欢以花生米佐酒，尤其喜欢油炒花生。章太炎吃花生的时候必定去其蒂，大呼“杀了‘袁贼’的头”，以此为乐。负责看守章太炎的军法处长陆建章曾经派人前来问候，赠送银圆500元置于书案，章太炎起初沉默无语，忽然起立，把银币全部砸向来人，张目怒斥说：“袁奴速去！”来人狼狈而逃。
章太炎在北京的门生钱玄同时常往章太炎寓所探望。1914年元旦，钱玄同收到章太炎寄的明信片，开首为“此何年！”三字，以下又有“吾将不复年！”之句。钱玄同见其措辞不详，担心出意外，第二天急忙前往看望老师。登上章太炎寓所楼上，则酒气扑鼻（酒气是由于墨汁中和以烧酒），只见章太炎新近题写的字幅纵横交错，几乎铺满了整个寓所，案头有致黎元洪的书稿，为告别之书，其中写道：“炳麟羁滞幽都，饱食终日，进不能为民请命，负此国家，退不能阐扬文化，惭于后进，桓魋相迫，惟有冒死而行。三五日当大去，人寿几何，抑或尽此，书与公决！”钱玄同询问章太炎，得知他执意要去天津。第二天，军警随章太炎去车站将他截留，章太炎只得痛骂袁世凯而返，随后就有大闹总统府之事。
1914年1月20日，章太炎被迁移至龙泉寺。第二天，袁世凯派儿子袁克定亲自送来锦缎被褥，袁克定不敢面见章太炎。章太炎走回房间点燃香烟，将被褥烧成许多孔洞后远远地抛掷于室外，大喊道：“拿去!”遭幽居龙泉寺时，章太炎曾经拒绝官厅供给，只以当初来京时旅费余款用作餐费，用以表示与袁世凯决裂以及“义不食袁食”之意。
章太炎虽然在1914年1月24日《家书》中叙述“幽囚之苦”（软禁）“更苦于下狱”，但是也致书袁世凯表示为革命事业而“九死无悔”，在1914年5月23日《家书》中表示决意绝食，“以死争之”。章太炎感叹说：“不死于清廷拘捕之日。而死于民国告成之后，又何言哉！吾死之后，中夏文化亦亡矣。”章太炎以长8尺的宣纸，大书“速死”二字，悬于堂屋。章太炎的绝食斗争使袁世凯害怕了，他命令京师警察总监吴炳湘设法劝导和妥善处置，以保证章太炎不因绝食而死。章太炎绝食后，态度极为坚决，钱玄同等人竭力劝解都无效，所有的饭菜章太炎都放弃不吃了，只是饮茶而已。钱玄同等人商量了一个“妙策”：以滋补品（藕粉之类）少许随时偷偷加入茶水中，以此稍稍补救。章太炎不久就察觉了，发怒说茶不干净，这个计策于是以失败告终。章太炎绝食时正值北京严冬季节，可是他不生火御寒，加上他居住的房屋高大，更加寒冷，前往探视的人都不敢脱去外套，仍然觉得十分寒冷。章太炎静卧于床，床靠近破窗，寒风侵袭，气息奄奄，景象十分凄惨。章太炎就这样绝食10来天了，诸人焦急万分却无计可施。眼看章太炎生命将近，但绝处逢生，忽有转机——章太炎爱女在此危急关头刚好前来探望，章太炎感动于天伦至性，才得以复食。
1914年7月24日，章太炎被迁入钱粮胡同。在这里，章太炎召集全体仆役，宣布“约仆规则”：1.仆役对于主人章太炎必须称呼“大人”，对来宾必须称呼“大人”或“老爷”，都不许以“先生”相称；2.每逢阴历初一、十五，仆役必须一律向章太炎行叩首大礼。钱玄同好奇地向章太炎询问原因，章太炎回答说：“吾之为此，惟以‘大人’、‘老爷’均前清之称谓，若‘先生’者，吾辈革命党创造民国，乃于南京政府规定以代‘大人’、‘老爷’，今北京仍为帝制余孽所盘踞，岂配有‘先生’之称谓乎？此所以示北京犹是‘大人’、‘老爷’之世界耳。既犹是‘大人’、‘老爷’之世界，叩首之礼亦固其宜。”看来，章太炎这样的怪异行为是由于他愤世嫉俗，以此发泄对当时政局的不满。此外，这些仆役的实际身份是军法处长陆建章派出的密探，章太炎这样做也是为了故意戏弄这些特务们。这些特务中有一个京师警察厅的副课长，他除了按规定按时向章太炎行叩首礼以外，章太炎还特别要向他宣讲一大段《大戴礼》的经文，以表示“有教无类”。
章太炎遭幽禁北京期间，仍然不忘结交文人、研讨学术，其中很值得一提的是，正在祖国大陆游历的台湾著名学者、《台湾通史》作者连横（1878—1936，号雅棠或雅堂）多次前往拜会，诚心向章太炎请教。连横一向仰慕章太炎的道德学问，称誉章太炎为“当代大儒”。章太炎对连横的品德、才华也十分赏识，对连横的来访倍感振奋，所以“据案高谈，如瓶泻水，滔滔不竭”。当连横将要离开北京时，向章太炎辞别，取出空白的条幅请章太炎题词，章太炎欣然应允，在条幅上挥笔题诗一首：“蓑墙葺屋小于巢，胡地平居渐二毛，松柏岂容生部娄，年年重九不登高。”章太炎与连横两人交谊深厚，彼此引为知己，而这次危难中的相聚很可能是两人一生中惟一的一次见面，在两人交往史中具有里程碑般的重要意义，因而弥足珍贵，堪称佳话。
遭幽禁钱粮胡同期间，章太炎也一直关注全国局势发展。袁世凯的洪宪帝制成为众矢之的，章太炎虽然被幽禁，但早已设法与广西方面的护国军通信。他急于知道南方护国军的实际情况，于是在1916年5月18日试图逃离北京，却被暗探跟踪，暗探们以章太炎欠债为由，强行簇拥其返回钱粮胡同寓所。6月6日袁世凯病死，6月16日章太炎寓所的警察看守被撤销，6月25日章太炎离开北京。至此，章太炎漫长而艰难的北京幽禁岁月终于彻底结束。文