筹备了三年，在招生权依然没有批复的情况下，南科大决定先试先行，实行自主招生、自授学位。支持朱清时校长“自主招生、自授学位”的理论基础便是他的“黄灯论”——“一路走来，没有碰到红灯、没有碰到绿灯，全都是黄灯”。这论调与邓小平著名的“摸着石头过河”不管黑猫白猫，抓住老鼠就是好猫”，颇有相似之处。
　　虽然今天的高等教育改革与当时的改革开放民意环境有着非常相似之处，即“渴望变化”，但是，两者又有根本的不同之处——改革开放的时候，人们虽然对旧的体制已经充满意见，但对新的体制是什么样、怎样建成那个样还不清楚，所以“摸着石头过河”就成了必须。“摸着石头过河”是“无路之路”的智慧。今天，人们不仅对变革高等教育体制有了共识，而且对如何变革高等教育体制，也大致有了基本方向，更有国外现成的经验可供参考，因此，今天的高等教育改革，需要的不再是“摸着石头过河”，而是“铺好石头再过河”，不是鼓励教育家去“闯黄灯”，而是想办法取消不合理设置的“红灯”，想办法让“黄灯”变成“绿灯”。
　　法治社会，法制先行。我国《宪法》明确规定国务院有权“领导和管理教育、科学、文化、卫生、体育和计划生育工作”。《高等教育法》规定“国家实行学位制度”。《中华人民共和国学位条例》也规定了“学位，由国务院授权的高等学校授予”。在宏观制度设计的层面，这些规定本身没有问题，即使作为“试验田”的南科大，也必须守法。因为“守法”是最基本的公民素养，学校必须做“守法”的典范。如果南科大的发展依靠的不是“法律”，而是“黄灯”，即使科学研究的水平再高，人才培养的能力再强，“黄灯论”始终会深深地烙在学生的心上，会影响他们的做人与处事。这样成长起来的一代人，会解决“钱学森之问”吗?
　　公民意识除了“守法”之外，还需要有“护法意识”和“责任意识”。南科大筹办中遇到的尴尬问题，有法律本身的问题，但更多的是法律执行问题。对南科大来说，在争取招生资格和学位授予权方面，就应该在“守法”的基础上，以实际的行动，拿起法律的武器，给学生树立“护法”和“责任”的榜样。面对一些不如意的情况，也应该以法律的武器来挑战现行的潜规则。又比如，关于招生权的问题，无论如何，南科大应该遵守《普通高等学校设置暂行条例》的规定，在师资配备比例、专兼职教师比例上面不能含糊，但对“先申办专科，再申办本科，再申办研究生教育”的潜规则，就要拿起法律武器大声说“不”!
　　朱清时校长“等不得”的心情可以理解，但“十年树木，百年树人”，我们一方面需要“一万年太久，只争朝夕”的紧迫感，另一方面又必须有“两情若是久长时，又岂在朝朝暮暮”的耐心。
　　南科大以“黄灯论”莽撞行事，成功了皆大欢喜，万一失败了，又将如何?如果南科大以“守法”为底线，拿起法律的武器，体现法治社会公民“护法”的担当，践行“责任”的自觉，无论成功与否，都必将在中国教育史上留下浓墨重彩的一笔，成为学校对学生进行公民教育最生动鲜活的一个案例。