目的研究儿童金黄色葡萄球菌(金葡菌)感染分离株中致病基因和相关可移动遗传元件的流行。方法对2005年6月至2009年7月于北京、上海等国内8家医院收集到的109株金葡菌,通过聚合酶气边反应(PCR)方法检测19种超抗原基因、2种剥脱毒素基因和3种黏附基因,并比较致病基因在不同感染菌株中的分布。结果 60株金葡菌分离自肺炎患儿,49株分离自皮肤软组织感染患儿。90.8%的菌株携带超抗原基因,最常见的超抗原基因为sek(57.8%),seq(57.8%),其次为seb(45.9%),sea(40.4%)。未检测到sed和etd。发现了37种超抗原基因型,最常见的为seb-sek-seq(20.2%),78.4%的超抗原基因型可被认为是携带超抗原基因的可移动遗传元件组合。有12株菌携带sek-seq,但不携带seb,另有1株菌携带seb-seq但不携带sek,有1株携带seb-sek但不携带seq。在tst-1阳性的菌株中,有10株同时携带seb基因。在sej阳性的菌株中,有4株同时携带ser基因。3种黏附基因bbp、sdrE、cna分别存在于91.7%、77.1%、30.3%的菌株中。seb,seq,bbp,sdrE与皮肤软组织感染有显著相关性(P<0.05),seg,sei,sen,seo,cna与肺炎有显著相关性(P<0.05)。结论引起儿童肺炎和皮肤软组织感染的金葡菌超抗原基因的分布特点提示,菌株可能携带新型可移动遗传元件或其变异体,3种黏附基因的携带率不同于其他地区,致病基因在肺炎及皮肤软组织感染中的作用尚需进一步研究。