至目前，巴州已发现不可移动文物670多处，其中已公布的全国重点文物保护单位8处，自治区文物保护单位30处，县级文物保护单位109处。
　　
　　文物保护
　　
　　1.宣传
　　巴州充分利用文物保护宣传周、5·18国际博物馆日、中国文化遗产日、民族团结教育月、“七一”和国庆节等节日，通过报纸、电视、广播、讲座、专题晚会、文物知识竞赛、印发张贴文物保护宣传材料以及街头宣传等形式，大力宣传《文物保护法》和《新疆维吾尔自治区实施(中华人民共和国文物保护法>办法》等法律法规，举办送法、送文物保护知识进学校、进军营、进社区活动，以提高广大人民群众的文物保护意识。
　　2.基本建设中的文物保护和文物行政执法
　　“十一五”期间，巴州承担和完成了和静县小山口水电站、小山口二级电站、小山口三级水电站、大山口二级水电站、哈拉莫墩水电站、柳树沟水电站、和库高速公路、218、314、315国道改道、南疆铁路复线、轮台五一水库、轮台华能电厂、塔什店火电厂二、三期项目、焉一库引水工程、博湖苇业工业园等一批基本建设项目工程范围内的考古调查工作，并配合新疆文物考古研究所对工程涉及范围内的文物进行了抢救性发掘，确保了文物的安全和基本建设工程的顺利实施；配合西域都护府考古调查队完成了尉犁县西部的塔里木河流域及东部的孑L雀河流域的考古调查。
　　根据巴州大部分文物分布在荒无人烟的荒漠山区的特点，我们加大了野外文物的保护和执法检查的力度，不定期地派出人员进行安全巡查，发现和处置破坏文物的行为和案件；堵截擅自进入未开放文物点进行探险、旅游、
　　“考察”的团队；配合公安部门打击盗掘古墓的违法活动，尽力保护野外文物的安全。
　　3.文物保护项目
　　同时，积极实施文物保护项目。先后申报了且末县扎滚鲁克墓群保护设施、和静王爷府修缮、察吾呼墓群保护设施、孔雀河烽燧群保护和考古测量、博湖巴格希恩随喇嘛庙修缮、和静黄庙修缮等一批文物保护项目；组织实施了扎滚鲁克墓群保护设施、察吾呼墓群保护设施的建设，和静王爷府、博湖巴格希恩随喇嘛庙修缮工程；完成了楼兰保护站保护用房的建设。配合丝绸之路新疆段重点遗址保护项目，完成楼兰古城遗址、七个星佛寺遗址的规划考察及相关资料的编写，七个星佛寺遗址保护规划的省级论证、保护设计方案的现场考察以及米兰遗址保护围栏的建设；组织实施了全国重点文物保护单位保护标志的树立工作。
　　4.世界文化遗产申报
　　根据2006年《丝绸之路跨国联合申报世界文化遗产吐鲁番行动计划》，巴州推荐与丝绸之路有关、且有重大影响和价值的楼兰古城参与丝绸之路申遗。2007年10月，楼兰故城被列入第一批丝绸之路跨国联合申报世界文化遗产国内推荐清单，并按照程序、标准和时间表的要求积极开展申报的各项工作，配套的《巴音郭楞蒙古自治州楼兰故城遗址保护管理暂行办法》已于2008年4月由巴州人民政府发布施行。
　　5.文物保护档案编制
　　巴州境内已公布的各级文物保护单位126处，办理国有土地使用证88个，树立保护、警示标志100多个，建立文物记录档案250个。
　　“十一五”期间完成了8处全国重点文物保护单位和30处自治区级文物保护单位档案的编制工作。收集整理了州域内307处文物点的一览表、文字简介等资料，绘制了部分遗址的平面图和文物分布图。
　　
　　第三次全国文物普查
　　
　　2007年9～10月，巴州派出8名文物工作者参加了自治区在哈密举办的第三次全国文物普查培训班，部分县在文化干部培训中加入了文物普查的培训内容。至2008年，巴州及下辖八县一市均成立了普查领导小组和普查办公室，制定了州、县(市)的普查实施方案和宣传方案。同年12月，有18人参加了在尉犁县举办的巴州文物普查培训班，采取课堂授课和实地调查示范的培训方式，迅速提高学员的普查业务知识和实战能力。
　　根据巴州地大、文物点多线长、交通困难、环境较为恶劣、普查经费落实较慢、实地普查暂时难以开展、“二普”数据不太准确的实际情况，2008年初，巴州启动了资料收集和“空间调查”工作。对以往考古调查、考察探险资料公布的文物点进行全面的收集汇总；利用地图、遥感资料对“二普”的文物点、可疑的现象、文物的空白区以及一些位置不详或不准确的文物点进行辨识、分析、解译，了解文物点或可疑点的位置、类型、形状、规模以及其环境、交通等信息，较准确地掌握了已发现文物点的位置、交通状况。同时，通过这一工作，新发现了许多文物点或可疑文物点，为实地普查提供指引性的依据和数据。
　　2008年12月，巴州的野外调查工作启动。根据县、市文博机构人员较少，业务力量较弱，无法独立承担和完成普查任务的实际情况，以巴州文物局的专业人员为骨干，下派两个普查小组，与县市文物、文体部门共同组成县域普查队，具体负责该行政区域的实地普查任务。
　　巴州第二阶段的实地调查工作启动较晚，为了按时完成任务，普查队以吃苦耐劳连续作战的精神，奔波在荒野山区，至2009年底，基本完成了州域内的野外实地调查工作(除阿尔金山山区)。
　　田野调查工作结束后，巴州又组织完成了三普实地调查的所有不可移动文物调查资料的编写、软件录入和数据处理，共完成了80万字的调查文字资料和约10万字的各类列表；处理GPS数据2万多条，资料照片3万多张；绘制地形位置图、遗址平面立面图、墓葬分布图等1300多幅，编制了普查验收流程档案，2009年7月通过了省级和国家级普查资料验收。
　　目前第三阶段的普查成果资料整理、汇总、数据库建设等项工作正在进行中。
　　与三普工作同时，巴州有关部门还组织完成了州境内的长城资源的野外实地调查、测量和资料整理工作。协助新疆文物局完成了国家长城资源验收组进入罗布泊地区进行实地核查和省级验收的工作。新疆长城资源调查资料目前已整体通过国家验收。
　　全州各县普查机构结合文化遗产日、文物保护宣传周以及其他场合，通过悬挂宣传横幅、发放普查宣传单、街头图片展览、报刊、电视等多种方式，多方位宣传文物普查，取得了较大的反响。普查队在普查过程中将宣传也作为一项任务，并融入了解、走访的工作中。巴音郭楞日报派出记者随队参加普查，进行专题连续报道。
　　
　　博物馆工作
　　
　　至2010年底，巴州共有博物馆8座：巴州博物馆、和静县东归博物馆、尉犁县罗布淖尔博物馆、且末县博物馆、若羌县楼兰博物馆、轮台县博物馆、焉耆县博物馆、和硕县博物馆，均隶属文化文物部门管理。全州目前共有各类文物藏品达7000件，其中三级以上文物藏品937件。
　　巴州博物馆根据现有的场地与条件，与河北省承德市文物局合作，2007年至今举办了“东归精神代代传——东归历史图片展”，展现出东归的历史和东归的中华民族精神；此外还协助其他部门，举办了“改革开放三十年书画展”、楼兰古城特种邮票首发式上的“新疆首届极限集邮展览”等；且末县2008年推出“古国神韵一且末自然与人文陈列”，以全新的视角，展现出且末独特的自然资源和悠久的历史；尉犁县博物馆不断完善基本陈列“罗布淖尔历史文物展”；若羌博物馆展出以楼兰为主题的“楼兰文物展”。
　　除此之外，巴州博物馆还结合时事制作了不同专题的文物图片版面，在节日及活动周期间，在街头或深入社区、学校、部队等进行巡回展出。
　　目前巴州境内的已开馆的5座博物馆均已免费对外开放，工作重点转入博物馆的安全和为观众更好的服务上。在确保安全的前提下，各博物馆根据各自的实际情况，制定了不同的服务模式，有些实行直接进入方式，有的实行“免费不免票”的方式。从博物馆免费开放3年多的结果来看，社会效益显著。
　　为强化内部管理，巴州制定了《博物馆突发事件应急预案》《工作人员管理制度》《博物馆展厅管理制度》《值班警卫岗位职责》《博物馆文物藏品管理制度》等。各博物馆还设有承诺服务、举报和监督电话，自觉接受社会各界的监督。
　　近年对全州馆藏文物的保存情况也进行了摸底调查，掌握部分藏品自然腐蚀现状，采取措施进行有效保护。实施藏品管理和档案管理规范化工作，全州的馆藏品重新清点、登记、造册，填写《藏品总登记账》、《藏品分类账》和藏品编目卡，建立电子档案，以达到制度健全、账目清楚、鉴定确切、编目详明、保管妥善、检查方便的目标。巴州馆藏珍贵文物的拍照、信息采集和建档备案工作目前也已完成。