为了进一步深化医院改革，完善医院内部分配机制及业绩考核标准，创造公平公正、公开的竞争环境，需要采用科学的科室成本方法，评价科室效益，使职工逐步转变思想观念，增强市场意识、竞争意识和效益意识，努力提高医院经济效益和社会效益。
　　 一、确定科室经营目标
　　 为确保医院总体经营目标的完成，首先将各医疗、医技及药剂等科室确定为个成本中心，根据医院总体经营目标计算出人均收益水平，按照科室定员情况确定各科室的经营目标，把医院总体经营目标分解到科室。
　　 二、科室核算
　　 1、科室收入的核算（1）医疗科室从挂号费、诊察费、治疗费、处置费、输氧费等获得的门诊收入根据科室核算单直接计入各医疗科室收入。（2）医疗科室取得的床位费、诊察费、护理费、治疗费、处置费、输氧费等住院收入，根据出院病人结算日报表和在院病人医疗费用月末结算表计入各医疗科室收入，由于临床科室责任形成的出院病人欠费全部从该科室收入中扣除。（3）各医疗科室报送的化验费、照像透视费等各项辅助检查及大型设备检查，因其收入是通过接诊医生实现的，这部分收入无论是全部计入临床医疗科室，还是全部计入医技科室收入都不尽合理，如果即视为临床医疗科室收入又视为医技检查科室收入，那么，不仅会引起收入的虚增，而且也违背了会计核算原则中的收支比例原则，因此，这些检查收入应按一定比例分别计入临床科室收入和医技科室收入，我院根据以往经验将这一比例确定为3：7.（4）药品收入，为避免“大处方”，减轻患者免提，药品收入不宜全额计入医疗科室收入，计入医疗科室收入的药品收入额应以医疗科室实现的药品进行销差价为计算依据，80%计入医疗科室收入，其余药品收入全部计入药剂科收入。
　　 2、科室支出的核算 （1）人员经费，各医疗、医技、药剂科室发生的职工基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费、社会保障费等费用按实际发生科室计入科室支出。（2）各科室领用的卫生材料、办公用品、低值易耗品等根据材料出库单，按实际采购成本计入科室支出，按实际采购成本计价不仅可以真实地反映科室支出，也可以使各科室随时掌握各种材料物资的购入价格，对采购部门的工作起到一定的监督作用。另外，各科室在领用各种材料时应履行必要的请领手续，应用低值易耗品要求以旧换新，避免造成物品的流失与浪费。（3）药品费支出全部计入药剂科支出。（4）职工因公出差或外出学习发生的差旅费、进修费等费用由选送科室承担。（5）折旧费，固定资产首次折旧采用平均年限法，由于医院专业设备繁多，不可能实行单項折旧，房屋和设备使用年限差别又大，实行综合折旧也不合适，最好的办法是分类折旧、房屋和建设物根据实际占用面积按月折旧率0.2%计入各科室支出；专用设备通常按月折旧率1.6%计入科室支出，但是，为鼓励“三新”项目的开展，促进新技术、新设备的推广和应用，在新设备使用初期，患者量较少的情况下，对开展新医疗项目引进的设备采用降低折旧率的鼓励政策，按月折旧率0.8%计入科室支出。（6）管理费用，以科室定员数为系数，按比例分配计入各医疗、医技、药剂科室支出。
　　 三、质量监控
　　 为体现医院“以病人为中心，以质量为核心，奉献社会，服务病人”的办院宗旨，提高医院信誉度，塑造医院形象，医院成立了医德医风建设、医疗护理质量，人才梯队建设、院内感染控制，医疗收费管理等各质量监控小组，定期检查，对成绩突出的科室给予适当奖励，对存在问题的科室予以相应的处罚，从而避免各科室片面追求经济效益，促进医院经济效益和社会效益的共同提高。
　　 四、科室成本核算不能脱离会计核算
　　 医院可是成本核算应以会计理论为基础，科室成本核算应是会计核算的细划。科室成本核算期间要与会计核算期间相同以使科室成本核算的总收入、总支出与会计核算总收入、总支出相核对，避免在科室成本核算中虚报收入或虚减支出，保证科室成本核算真实、准确，使科室经营目标的综合完成情况可以直接反映医院总体目标的完成情况。