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内部审计职能是内部审计本质属性的体现。当前高校内部审计在经济监督、规范管理方面发挥了一定的作用，但尚处于财务监督的较低层次，其功能和作用远没有充分发挥。因此，必须以科学发展观为指导，及时转变审计理念；调整审计目标，转换内部审计职能；实现审计目标由检查监督型审计向防范风险、提高绩效的管理导向型审计的方向转变；审计角度由关注微观执行层次向关注宏观战略层次的方向转变；审计时间由事后审计向全过程审计的方向转变；审计手段由手工查账为主向计算机辅助审计和网络审计的方向转变；审计队伍构成由财会人员为主向多元化的专业人才