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台湾纳入清帝国版图后,厦门控台地位凸显,厦防同知是直接处理港口事务的文职官员,它与海峡对岸台防同知的设置形成对应关系,共同稽查移民渡台与偷渡事宜。而在闽台转运这一特殊制度之中,厦防同知负责管理台运船只,转运在台官兵骸骨、饷银以及传递公文、递解犯人等事务,厦防同知职任之繁重可见一斑。闽台之间"互补联动"关系也藉此形成。