【摘 要】
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结直肠癌是消化系统常见的恶性肿瘤之一,死亡率居发达国家恶性肿瘤死亡率的第3位。本文通过生物分析进行结直肠癌致病基因的识别。首先,基于GEO中GSE9348基因表达数据集,利用
【机 构】
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江南大学理学院,江南大学无锡市生物计算工程技术研究中心
【基金项目】
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国家自然科学基金(11371174)资助项目;国际科技合作研究(2011DFR 70500)资助项目
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结直肠癌是消化系统常见的恶性肿瘤之一,死亡率居发达国家恶性肿瘤死亡率的第3位。本文通过生物分析进行结直肠癌致病基因的识别。首先,基于GEO中GSE9348基因表达数据集,利用R语言的LIMMA包筛选出P<0.05,Fold change>2的结直肠癌差异基因339个;其次,基于OMIM数据库中已知结直肠癌的致病基因和STRING数据库,获得差异表达基因与致病基因的蛋白质互作网络;接着利用Cytoscape软件的ClusterONE插件进行蛋白质互作网络模块分析,获得一个含有53个基因的子网络;最后,通过对子网络的拓扑分析,获得了FOS、CCND1、CEBPB、EGR1和NOS3等5个新结直肠癌致病基因。同时,通过功能富集分析和文献挖掘对新发现的致病基因进行验证。
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