说到本尼斯的组织理论，就不得不先谈谈他对官僚制的批评。一般来讲，韦伯式的官僚制有如下特征：分工明确，各司其职；因职设位，职位不属私人所有；权力分等，层层控制；工作制度和工作流程十分明晰，组织成员照章办事，排除个人情绪的影响；晋升建立在技术能力基础上；沟通的正规化。这套金字塔式的制度以高效率著称，主要是为了避免任性与主观意志对组织的影响，防止个人的专断与庇护，实现了组织对公平、秩序和精确的需求。
　　在《组织发展与官僚体系的命运》（Organizational Developments and the Fate of Bureaucracy）中，本尼斯承认官僚制在工业革命时期发挥了极为重要的作用。他认为，官僚制“可以完美地适应维多利亚时代的价值观和要求”。但是，官僚制的存在和发展也有自身的时代局限性，不可避免会带来相应的弊端。从最基本的层面看，官僚体系存在着“内适应”和“外适应”的明显缺陷。现代工业社会和现代民主制度有着内在矛盾，个性的发展和个人的自由，同工业组织的理性和秩序往往不兼容。官僚体制在刚刚兴起时，否定了专制主义、主观武断和感情用事，以组织等级取代了社会等级，以制度依附解除了人身依附。然而，随着工业社会的发展，官僚制暴露出了十大缺点：妨碍个人成长和个性成熟；鼓励盲目服从；忽视非正式组织的存在；僵化的权力和控制系统；缺乏充分的裁决程序；无法有效解决上下之间、部门之间的矛盾；内部沟通会被压制和阻隔，湮没创新思想；无法充分利用人力资源；无法吸收新的科学成果；扭曲人的个性。总之，官僚体制下最大的问题是人的异化，人变成了组织的附属物，抑郁、灰暗，屈从于规章制度。本尼斯用小说语言，形象地批评了“该死的官僚制度”在现实中造成的两种怪异类型。
　　（1）墨迹式组织（organization as inkblot）。个人在组织中没有意义感，找不到前进的动力；没有确定感，找不到自己的位置；很像“寄蜉蝣于天地，渺沧海之一粟”。此时的个人，感受到的是无形的压力，越来越焦虑、多疑、虚无。似乎是在等待命令，但是所等待的命令却迟迟不来。此类形象在卡夫卡的《城堡》中有具体的描述。在强大、蛮横的官僚制金字塔结构面前，个人确实显得渺小，如同巨大机器里某个偏僻角落的小螺丝钉，被固定在那里，却不知道自己的用处是什么。
　　（2）老大式组织（organization as Big Daddy）。个人在组织中被严密控制，一举一动甚至一个表情、瞬间反应都暴露在父亲般的“老大哥”监视下。私人空间完全被侵蚀，个人生活完全控制在“老大哥”的手中。此类形象集中反映在奥威尔的《1984》中。本尼斯的学生查尔斯·汉迪有句名言：组织就是社会。个人在社会中必然或直接或间接地与组织打交道，老子式的“小国寡民”和陶渊明式的“桃花源”在现代社会是不存在的。每个人都面对个人空间和参与组织之间的纠结。说得可怕一点，个人笼罩在组织的阴影里，在官僚制结构面前暴露无遗，显得无助和无自主性，还不得不依赖于它。
　　旧的官僚制如影子般跟随着我们，乃至形成一种思维模式。本尼斯把它的特征概括为：控制、命令、可预测性。他从现实主义的角度分析道，官僚制结构难以适应现在的环境。科技的高速发展，社会的多元分化，政府与企业之间关系的重新定位，都将对现有组织产生巨大影响。在我们的环境中，相互依赖性增强，变数和不确定性增多，企业规模越来越大，跨国企业在全球化的发展中越来越活跃。在人口方面，大众教育开始发达，使人们的知识水平普遍上升，组织中的知识型员工越来越多。知识更新速度的加快，使进修和培训变得稀松平常。同时，职业的频繁更换、交通的日益便捷，使劳动力的流动更快。这都影响着人们的价值观，人们要求更多的自主权和参与度，也不再束缚于传统的价值观，但更易受他人的影响。组织的任务和目标更加复杂，更具有突发性，因此需要团队合作。在此环境中，组织将具有相互依赖、处于动荡环境、大规模等特征，不再是官僚制所能适应的竞争、稳定、小规模和可预测的状态。所以，本尼斯在20世纪60年代就预言：官僚制气数已尽。
　　在本尼斯的概括中，官僚制面临四种威胁。
　　（1）迅速而难以预测的变化。就知识的爆炸、人口的激增来说，官僚制所遇到的情况都是前所未有的。
　　（2）组织规模的增长，使得官僚制难以应对日益复杂化的局面，如管理费用的剧增、规则和结构的陈旧。尤其是在组织中存在的控制与冷漠问题，官僚制的尾大不掉与个人的漠不关心、缺乏积极性可能会形成恶性循环，且积重难返。
　　（3）研发活动的重要性以及现代技术的复杂性，要求组织重视知识型员工和他们之间的协作，而且劳动人口越来越年轻，流动性强，文化程度高。官僚制在这些因素面前日益显得僵化、呆板。
　　（4）管理理念的变化。这跟二战之后行为科学的兴起有关，更与麦格雷戈、阿吉里斯、德鲁克等人的理论贡献有关。这个变化主要表现为：①关于人性的认识。从“经济人”假设到“社会人”假设，再到“复杂人”假设，个人不再是无知的、简单化的、按钮式的，而是复杂的、活生生的，其需求是多样的。②关于权力的思考。权力不再是建立在强迫和威胁之上，而是建立在协作和理性之上，强调个人的意愿以及相互间的合作。③关于价值观的变化。组织价值观不再是官僚制所具有的忽视个性、机械地看待人的价值观，而是基于人道、民主的理念，重视个人需求及其创造性。
　　综上而言，在相对平静环境中成长起来的官僚制，难以适应多变的环境，不能对外界保持敏锐、快捷的反应，不能有效处理突发问题；它难以灵活面对新问题、迅速接受新创意，良好愿景很可能经多层传达后遭到扭曲、变味；它难以保持员工的高昂士气、激发他们的积极性和创造性，难以发挥组织成员的自主性和潜能，他们在组织中感到疏离与无意义，对工作投入度不足，很可能做一天和尚撞一天钟，不会在工作中充分施展自己的才华。
　　本尼斯认为，在管理理论的发展中，一直存在着由官僚体系与个人发展的冲突造成的二元对立：个人与组织，民主与法制，理性与自然，社会平等与金字塔结构，参与管理与等级层次，人际关系与科学管理，正式与非正式，外向与内向，软件与硬件，机械论与有机论，关心人与关心生产，X理论与Y理论。新的组织理论应当从这种二元对立中走出来。为此，他评析了许多相关的管理理论。他认为，巴纳德和西蒙的“诱因－贡献交换理论”类似于经济学中的均衡理论，是一种“新韦伯主义”；梅奥的人际关系理论强调了社会合作，利克特的工作集体理论强调了自主，阿吉里斯的个性发展理论强调了人性化，这些都为新的组织理论提供了前提；麦格雷戈的Y理论发展最为充分，新的组织理论已经呼之欲出。然而，此前的研究，主要着眼于组织内部，而事实上官僚体系真正崩溃原因在于环境变化。所以，组织理论变化的着眼点要放在“外适应”上。
　　本尼斯认为，现代组织面对的核心问题可分为五类。
　　（1）整合。即如何将个人需求与组织目标统一起来。这个问题的深层原因是现代个人主义与现代工业主义的矛盾。个人的主体性在近现代得到弘扬，但现实中的个人不时遭到工业组织的摧残、践踏，甚至在现代工业体系中被泯灭个性。在重视个人的前提下实现组织的发展，是个体和组织难以回避的问题。
　　（2）社会影响。即群体关系问题，核心是权力及其分配。在本尼斯眼里，集权式管理变得不切实际，授权与发扬自主性日益显得重要。
　　（3）协作。主要是应对和解决组织内部冲突问题。在官僚制结构下，组织过于庞大和复杂，离心力越来越明显，难以笼络组织成员的人心，不易维持和增加他们的工作投入度。在承认差异的前提下实现合作，是组织面对的一大难题。
　　（4）适应。组织如何面对动荡的、不可预测的环境，硕大、臃肿的官僚制显然不够敏捷。
　　（5）复兴。指组织重获力量、完成自新的过程，事关组织的发展或衰落。它的要素包括：整理和利用已有知识；改善学习方法和过程；进行自我分析；把握自己命运。这五类问题决定着组织的成败。官僚制显得拙于应对这五类问题，一种新型组织形态呼之欲出。
　　在对官僚制弊端进行透彻研究之后，本尼斯提出，一种科学模式正在兴起。新的管理结构与科学探索有很多相似之处，故称之为科学模式。它是基于变化、适应变化的制度，鼓励个人创意，强调兼容并包，能够容纳异议，而反对盲信教条与权威。科学模式需要民主的氛围。在本尼斯看来，民主是一套价值观体系。它包括以下要素：充分、自由的沟通，不管等级高低、权力大小；依靠多数意见而不是胁迫或妥协来解决冲突；相信影响力是基于技术能力和知识，不是基于个人一时的异想天开或特权；允许甚至鼓励任务导向的行为以及情感表达的氛围；承认组织与个体之间必然会有冲突，但也愿意理性地处理和调停这些冲突。在科学模式中，个人可以充分发表意见而不是被排斥、压制。个人得到足够的重视而不是被视为机械式的工具。个人拥有自主权，发掘自身潜力，充分表现自己。
　　就未来组织形态而言，本尼斯认为绝对不是自上而下的金字塔式组织，而可能是网络、集群、跨职能团队、临时系统、专门工作组、模块、矩阵等等。未来组织将更加简炼，它的层级将会更少，基于共同目标而建立，能够参与跨国的合作和联盟。未来组织很可能体现坎特（Rosabeth M. Kanter）的5F：快速（fast）、专注（focused）、灵活（flexible）、友好（friendly）、有趣（fun）。本尼斯用一个关键词来描述未来组织：临时的。它意指反应迅速、适应力强的临时系统。本尼斯把这类组织称为“有机适应型组织”。它具有如下特征：具有很强的灵活性，易于适应变化的环境；一般围绕待解决的问题而成立，以任务为中心；由具有不同专业技能的人组成，重视团体协作，共同解决问题；按有机模式而非机械模式管理，避免官僚病；领导力属于有能力解决问题的人，而非论资排辈。未来组织不再是威严的、冷冰冰的金字塔，而是一个随环境变化可重新组合的有机体。
　　未来组织的最大好处就是充分利用组织成员