全过程工程造价跟踪审计的控制办法应该在工程项目进行之前，以及施工中和施工后都要积极贯穿其中，简单说事前要对项目的决策和项目的文件进行审计，施工中要注意防范转包的现象，因为在目前工程转包的现象非常严重，这种现象导致工程的质量无法得到保证，其次在转包的过程中，由于成本的缩水，同样会影响到工程的进度，在工程后期，也就是竣工后，就得对工程的总量作一个统计，这里要特别注意工程单价的审计是不是更加合理。在全过程工程造价跟踪审计的控制措施方面，要做到建立审计的制度，使审计制度更加规范化，合理化；同时要强调工程造价全过程跟踪审计人员的专业素养以及综合素质的能力，工程造价全过程跟踪审计人员的综合素质要强，不同于其她的审计人员，他要求工程造价审计人员对物资的价格甚至进货渠道都要有所了解，对工程设备的使用概况等等都要有所涉及。