１９４９年蒋介石到台湾后，于１９５０年３月复任“总统”之职。为了巩固自己的统治，蒋介石着手对国民党的政治、军事进行改组，同时对官吏们进行整肃。与在大陆时期相比，台湾狭小的空间显然有利于蒋介石对官员的控制。但台湾地方太小，众多从大陆去的高官难以各遂其愿，通往官场的独木桥上挤满了人。蒋介石也找不到更多合适的位置安插亲信，而个别官场失意者难免牢骚满腹，以致对蒋介石出言不逊，甚至出他的丑。整肃过程中所发生的“毛邦初案”就是其中的典型一例。
　　毛邦初是蒋介石原配夫人毛福梅的远房侄子，毕业于黄埔军校二期。特殊的关系使他官运亨通。２０世纪３０年代初即受派遣赴意大利空军受训。回国后任杭州笕桥航空学校副校长（校长由蒋介石兼任）、国民党空军副总司令。毛邦初自认为是国民党空军中为数不多的掌握现代空军战略战术的将领之一，一直希望出任空军总司令。但蒋介石却任命陆军出身的得意门生周至柔为空军总司令。屈居副司令的毛邦初大为不满，便处心积虑地想将周至柔赶下台。两人明争暗斗，积怨越来越深。
　　国民党逃台时，毛邦初正在美国任“中国空军总司令部驻美办事处”主任，负责空军装备物资的采购工作，是个有职有钱的肥缺，周至柔本想把毛赶得远点，以免总在眼皮下捣鬼，没想到毛邦初把“办事处”当成与周至柔分庭抗礼的据点。１９５０年１１月，毛邦初向蒋介石报告周至柔在对美采购中虚报价款，要求对他进行调查惩处。不久，毛邦初返台述职，面见蒋介石时声称周不爱人民，不爱国家，那么他就不能爱这个领袖，这样的政权不值得支持。他与蒋介石的关系已到公开对立的地步。
　　尽管蒋介石对毛邦初的行为十分愤怒，然而毛远在美国，他是鞭长莫及。无奈之际，蒋介石决定诉诸法律，派“司法行政部”次长查博士赴美代表台湾当局与毛邦初打官司。行前，蒋介石指示查对于毛案“不要多所顾虑，犹豫不决，而应勇往直前，积极从事，使此案得到法律解决”。查氏一行抵华盛顿后，组织了以“驻美大使”顾维钧为首的６人“毛案”小组，并聘请美国前陆军部长巴德森等人为台湾当局的律师。蒋介石派人越洋去起诉一个下属，与往日的作为大不相同，除了他想不出更好的办法对付毛邦初外，还在于他要借此举向美国人“展示”他不是一个“独裁者”，而是循法律程序办事。
　　１１月１４日，巴德森代表台湾当局向美国哥伦比亚特区地方法院提出起诉毛邦初。长达１４页的起诉书由查氏草拟，内称“毛邦初在美服务期间，中国政府托付给他或交由他控制的巨额款项……计分之三大类：（一）为中国空军采购许多项目的装备和供应品；（二）为采购发展中国航空业所需的配备；（三）作为周转之资金的款项，共计２４００万美元。但现在毛邦初拒绝交出档案、公布款项。因而，起诉的目的在于迫使被告人，交出为中国空军采购装备和供应品及有关用途的款项的账目，使他们把未适当使用于指定用途的任何和所有上述款项交还并偿付中国政府，迫使他把中国空军驻美军官的一切账册、字据、档案、记录和设备移交给他所指定的中国政府代表。”
　　毛邦初见形势于己不利，干脆与蒋介石对抗到底。正当蒋介石的代表加紧准备法庭所需材料时，毛邦初却突然斜出一枪，提出了蒋介石“总统职位”的合法性问题。１０月１８日，毛邦初通过新闻界宣称，蒋介石无权代表“政府”，请求美国地方法院不要受理蒋介石对他提出的起诉。为此，毛邦初专程赴纽约拜见了寓居那里的李宗仁。他通过律师申明说：蒋介石是一个“篡位者”，“合法总统”是李宗仁而不是蒋介石。因此，法院根据蒋介石代表提出的诉状而采取的司法行动是不合法的。
　　如此一来，蒋介石的代表又不得不就其“总统职位”的合法性问题进行交涉。在台湾当局的强烈要求下。美国国务院发言人才谨慎地宣布：就美国国务院的立场说，蒋介石先生是“总统”。
　　毛邦初的种种行为，终于使蒋介石怒不可遏，１２月８日，他以“总统”名义撤去毛邦初各种职务。
　　当哥伦比亚地方法院开庭审判毛案时，毛邦初早已跑得没有踪影了，拒不出庭。
　　１９５２年２月，蒋介石得知毛邦初已从美国得克萨斯州越境潜人墨西哥，便向墨西哥政府提出引渡毛邦初的要求，墨西哥警察虽以“偷渡罪”逮捕了毛，但法院却以台湾当局对毛邦初的控告不实而拒绝引渡。１９５５年５月，墨西哥政府下令将毛释放，蒋介石抓毛邦初回台治罪的企图终未实现。
　　１９５２年３月５日，哥伦比亚地方法院对毛案进行缺席判决，判决毛邦初交出任“空军驻美办事处主任”期间受原告委托的全部款项。蒋介石的代表赢得了这场诉讼。但因为这笔巨款存在毛邦初个人名下，为了追回这笔款子，蒋介石的代表又在美国进行了马拉松式的谈判和诉讼，直到毛邦初从墨西哥出狱，事情还没有结束。
　　蒋介石没料到用美国的法律办事会如此麻烦，下令迅速结束此案，不再追究毛邦初。１９５８年，毛邦初与台湾当局达成协议：台湾方面宣布他“无罪”，并留给他２０万美元生活费，他则交出其控制的其余公款。毛邦初从此在美国过起了舒适的寓公生活。