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科研能力在临床医学专业学位研究生的培养过程中具有举足轻重的地位。"双轨合一"的培养模式提高了专业学位研究生的临床能力,同时也暴露出了该培养模式下专业学位研究生科研能力普遍欠缺的问题。本文分析了"双轨合一"培养模式下专业学位研究生科研能力培养的现状及存在的问题,针对现行"双轨合一"模式的不足之处,提出相应的专业学位硕士研究生科研能力培养建议,探讨如何将科研训练贯穿于临床实践中,进一步提高医学院校专业学位研究生的培养质量。