政法委书记兼任公安局长，使得检察院、法院的独立办案、独立审判时常受到干扰，多年来一直饱受争议。令人欣慰的是，随着“依法治国”观念的深入，此种局面开始有重大改变。
　　
　　出人意料的是，全国人大代表、人民银行原副行长吴晓灵谈起和自己行业毫不相关的司法领域，“我们的政法委书记往往都身兼公安局局长，公安局本来是检察院的监督对象，但被监督者是监督者的领导，这个体制特别不顺。”
　　这位人大代表在两会期间说，她曾经听到基层法院和检察院的同志感叹工作很为难。“比如，领导开会决定了一个事。那这个领导包不包括政法委书记呢?如果包括，就得服从他的领导。但如果这个事情做得不对，从业务上来说，检察院和法院都可以对公安局做出的不当行为提出不同的意见。”吴代表指出，这种党政关系的扭曲和错位。影响了司法公正，她提出的解决办法是，政法委书记不能身兼公安局长”。
　　最近有报道称，地方公安机关，随着王立军、傅政华出任渝、京两地公安局长，中国四大直辖市公安局长不再由中共政法委书记兼任的局面得以出现并延续至今，在其他27个省、自治区中，已经有将近半数省和自治区政法委书记不再兼任公安厅长。协调办案
　　3月22日，某知情人士提供给《中国新闻周刊》的一份政府文件显示，一起已经终审裁定“建议检察院撤诉”的案件，因为贵州福泉市委政法委的“认定有罪”而进入一个奇怪的程序。
　　涉嫌诈骗的蒲开华、刘兴友经福泉市人民法院一审，获刑逾十年，随后二被告不服提出上诉。黔南州中级法院二审以“事实不清、证据不足”，于2008年8月18日终审裁定，撤销一审判决，发回重审，并建议福泉市检察院撤回起诉。
　　从法律来说，终审判决具有终局性，以其确定力、拘束力和执行力而显示司法的权威和公信力，但该案并未就此结束。
　　2008年8月29日，该文件的行文单位福泉市政府认为“市委政法委对此案的认识是统一的，对蒲、刘二被告人做有罪认定的态度是坚决的。四家班子领导听取汇报后也认为，本案事实清楚，证据充分，定性准确，量刑适当，不宜由检察院撤回起诉做无罪处理”，否则“法律效果不好，社会效果也不好”。
　　一位曾担任基层法院法官、现任某市政府法制办主任的资深法律人士告诉《中国新闻周刊》记者，“这类案件协调实际上是各级政法委最重要的一项工作，也是为外界诟病最多的一项工作。”
　　河北某检察院检察官薛林(化名)一直不能释怀曾经在政法委协调下办理的一起信访案件，最后上访者被以诈骗罪起诉。他无奈地表示，“从法律上来说，这不是我自己的判断，对当事人很愧疚。”
　　薛林说，“在政法委的指导、协调下，一些疑难案件会被提到‘公、检、法、司’四长会议上研究解决，这样做的好处是，几家的分歧较为容易达成一致”。
　　但在他看来，这种案件协调的方式，其缺点也是显而易见的，“这种方式是以剥夺案件当事人的诉权为代价。一个案件，只要经过政法委研究，如果你对公安的处理有异议，那么你到了检察院或是法院得到的答复都是一样的，因为他们已经无权对此案再做决定。”
　　
　　公安局长上位
　　
　　政法委的设置几经往复，从建国后的政法领导小组至文革前的被撤销，到1980年代重建“中央政法委”，到1982年被定位为“党委的一个工作部门”。
　　一位资深法官说，“此后面临的冲突是，一些地方政法委以‘加强党的领导’为名不断充实权力，甚至成了公检法的直接领导，为人诟病”。
　　如此背景下，1987年党的十三大决定“理顺党组织与人民代表大会、政府、司法机关的关系，做到各司其职，并且逐步走向制度化”，1988年中央一级取消政法委。旋即于1990年恢复，定位于党委的“参谋”和“助手”，职责是宏观指导协调政法工作。
　　到了1999年，政法委则被进一步定位为“各级党委领导、管理政法工作的职能部门”，直至那时，政法委书记兼任公安局长仍然为数不多。
　　这一状况在2003年底被迅速改变。此后，一部分地方党委常委、政法委书记兼任公安局长，也有一部分政府副职以及助理兼任公安局长。记者获知，还包括的第三种情况是，政法委书记尽管不兼任公安局长，但同时担任公安部门的党委书记，使得公安部门的地位得以提高。
　　不少人担忧，政法委书记与公安局长互兼，将可能导致案件协调成“铁案”，检察机关无法进行侦查监督，而法院在被协调的情况下，实际上是按照公安局长的意图，无法做出独立的法律判断。中国政法大学法学院副院长何兵教授也明确说，政法委书记与公安局长互兼损害司法部门的独立办案是不争的事实。
　　山东某县检察院副检察长段梅(化名)多次亲身经历“被协调”，“如果公安局长兼任政法委书记，对案件的定性、处理过当，却要坚持己见，那么公检法之间就会矛盾丛出。”
　　浙江某市检察院检察长苗力对《中国新闻周刊》表示，“检察机关作为专门的法律监督机关，对公安机关的侦查工作和看守所的执法活动要进行监督，包括侦查活动监督、刑事立案监督和刑罚执行的监督。如果公安局长是政法委书记，就可以领导检察机关，这样一来，监督者与被监督者的关系就理不顺，显然不利于法律监督工作的开展。”
　　由于角色的转换，已转任律师的安徽省某市公安局前任副局长李刚(化名)称自己更容易看出政法部门权力配置的问题，“在司法审判中，如果协调的政法委级别较低，那案件有可能通过上诉在上一级法院得到纠正，但如果督办单位为省或市一级政法委，二审法院在协调范围之内，那么事实上独立的司法审判权就被地方化了。”
　　“司法权被协调的后果是，原则不复存在，只要案件被协调，最后都听政法委的，而政法委书记很多时候又是公安局长，所以归根结底是听公安局的。”薛林颇为无奈地告诉记者，“有时候检察官甚至有点喜欢这种形式，因为都听公安局的，不用担心案件被法院发回来。”
　　
　　何去何从
　　
　　细心的媒体发现，全国已经有将近一半省市不再由政法委书记兼任公安厅(局)长了。但中国人民大学法学院一学者认为，“此趋势仍然不好判断，因为它(人事任命)本身是政策性的。”
　　政法委书记与公安局长不互兼可能出现的一种后果就是，地方政法委陷入实质上的无权状态。
　　薛林说，“政法委实际上是一个比较虚的机构，人事权主要在地方组织部门。政法委的经费也非常少，很多时候还要从我们这些政法部门的经费中拨付一部分”。
　　亦有人提出地方政法委书记可由法院院长兼任，这样既能强化党对司法工作的领导，又能更好地维护社会公平正义。
　　支持此种观点者认为，上世纪90年代中期，最高人民法院院长任建新同时任中央政法委书记。来自法院内部的观点表示，“当时法官有足够的自信依法办案，不需过多担心权力的不正当干扰。”
　　对于具体的改革，苗力认为“难以简单回答”，但他从检察机关的角度告诉记者，“有同志认为，必须在省级以下的检察机关实行垂直领导体制，以确保检察权的依法独立行使。这样安排也是党的领导的一种体现，因为，检察机关都有党组，也是在党组的领导下开展工作的。”
　　山东某市法官李学堂(化名)对此表示认可，“每一级法院、检察院都设有党组，公安局有党委，事实上，所有的工作均在党的领导下开展，各自履行职责，能够更有效地保障公平正义。地方政法委可作为智囊机构存在，必要的时候代表党委协调公检法之间的工作”。