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摘要:本文结合具体案例介绍了,对于用生物序列限定的产品权利要求,在无法利用常用数据库检索获得对比文件的情况下,结合生物序列的来源,首先检索到物种特异的数据库,进一步在该数据库中检索到影响权利要求新颖性的对比文件,为生物序列的检索提供了较为全面高效的检索思路。
关键词:生物序列;检索;数据库
一、前言
检索是发明专利申请实质审查程序中的一个关键步骤,其目的在于找出与申请的主题(密切)相关的现有技术,或者抵触申请文件、重复授权文件,以确定申请的主题是否具备专利法第二十二条第二款和第三款规定的新颖性和创造性,或者是否符合专利法第九条第一款的规定[1]。检索是否全面,直接关系到专利权的稳定性和社会公众的利益,如何快速准确地检索到相关文献对于专利审查而言至关重要。
伴随着生物技术发展迅速和创新活跃,序列相关专利申请的数量呈逐年增加的趋势,对生物序列进行检索成为生物技术领域专利审查工作的基础,在涉及生物序列的产品发明的检索工作中,长序列检索的常规数据库有:GenBank,EMBL,DDBJ,STN和中国专利生物序列检索系统[2]。除这些常用数据库外,近年来随着大量生物学实验数据的积累,已形成了数以百计的重要生物信息数据库,这些数据库,尤其是一些特殊数据库因针对不同的研究内容和研究目的而各具特色[3]。因此,还需要对特色数据库进行補充检索才能有效地避免漏检、确保审查结论的准确性和有效性。以下将结合具体案例对一个特色数据库进行介绍,以期对相关领域的检索提供一定的借鉴和参考。
二、案例分析
基本案情:
案例涉及植物分子生物学领域,具体涉及一种毛竹PeVQ28蛋白及其编码基因与应用(公开号为CN109081865A)。
权利要求节选:
1.权利要求1:一种毛竹PeVQ28蛋白,其特征在于:所述的毛竹PeVQ28蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No .1所示。
2.一种编码权利要求1所述的毛竹PeVQ28蛋白的编码基因序列,其特征在于:所述的毛竹PeVQ28蛋白的核酸序列如SEQ ID No.2所示。
检索过程:
使用常规的生物序列数据库,如GenBank,EMBL,DDBJ,STN,中国专利生物序列检索系统,对权利要求1或2所述的氨基酸序列或核苷酸序列进行检索,未获得新颖性文件。
权利要求1要求保护的毛竹PeVQ28蛋白来源于物种毛竹,由于一些植物品种如拟南芥、水稻等均有物种特异的数据库,考虑到不同数据库因针对的研究对象、研究内容和研究目的不同,收录的数据信息和侧重点存在一定的差异,故尝试检索是否存在针对竹子这一物种的特色数据库。以”bamboo”和”database”作为关键词在非专利数据库中进行检索,检索到数据库BambooGDB。
BambooGDB是竹子基因组数据库,是一个具有功能注释和分析平台的竹子基因组数据库。数据库的主要内容包括毛竹的从头测序数据、毛竹的全长互补DNA和RNA-seq数据。加入了多种功能强大的搜寻工具和方便的浏览器,以方便这些数据的浏览。该数据库通过整合高通量测序数据、全功能注释和多个分析模块,旨在提供一个中央基因组资源和一个可扩展的竹子基因组分析平台。BambooGDB可以在http://www.bamboogdb.org/免费获得[4]。
通过上述网址找到BambooGDB,点击首页的Blast,进入序列检索界面,在搜索框中输入毛竹PeVQ28蛋白的编码基因的核苷酸序列,可检索到名称为PH01007611G0010的结果。该结果包含序列信息和相应的注释,记载了CDS的具体位点为PH01007611:2195..2707,通过序列信息结合位点信息分析可知晓CDS的具体序列信息。经比对,上述名称为PH01007611G0010的结果所公开的CDS序列与权利要求2所述SEQ ID No.2所示的编码权利要求1所述的毛竹PeVQ28蛋白的编码基因序列相同,其能够翻译得到权利要求1所述的氨基酸序列如SEQ ID No .1所示的毛竹PeVQ28蛋白,是能够用于评述权利要求2不具备新颖性,权利要求1不具备创造性的对比文件。
案例启示:
上述检索过程通过调整检索思路,利用关键词检索获知存在整合了高通量测序数据的竹子基因组数据库BambooGDB。在BambooGDB中检索得到了通过常规的生物序列数据库(如GenBank,EMBL,DDBJ,STN,中国专利生物序列检索系统)所不能获得的对比文件,有效避免了漏检的发生。
结语
本文结合实际案例介绍了如何利用特色数据库进行补充检索从而有效地避免漏检新颖性对比文件。在发明专利实质审查过程中,应根据实际案例特点制定检索策略,充分利用检索数据库的特点,根据检索结果实时分析灵活调整,快速获取对比文件。对于已知物种来源的生物序列检索,在采用常规的生物序列数据库检索无法获得检索结果的情况下,可尝试将物种和数据库及其中英文作为关键词进行检索确认是否存在物种特异的特色数据库,进而在该特色数据库中进一步检索确认是否有所需的对比文件。在日常工作中,可以尝试积累具有领域特色的非专利数据库,用于后续检索审查过程中,可实现快速锁定目标,提升审查质量的目的。
参考文献
[1]中华人民共和国国家知识产权局.专利审查指南[M].北京:知识产权出版社,2010.
[2]国家知识产权局专利局专利审查协作北京中心.生物技术领域文献实用检索策略[M].北京:知识产权出版社,2011.
[3]张雪洪,胡洪波.生命科学数据处理与MATLAB应用[M]. 上海交通大学出版社,2013.
[4]Hansheng Zhao,Zhenhua Peng,Benhua Fei,et al. BambooGDB: a bamboo genome database with functional annotation and an analysis platform[J]. Database, 2014.
关键词:生物序列;检索;数据库
一、前言
检索是发明专利申请实质审查程序中的一个关键步骤,其目的在于找出与申请的主题(密切)相关的现有技术,或者抵触申请文件、重复授权文件,以确定申请的主题是否具备专利法第二十二条第二款和第三款规定的新颖性和创造性,或者是否符合专利法第九条第一款的规定[1]。检索是否全面,直接关系到专利权的稳定性和社会公众的利益,如何快速准确地检索到相关文献对于专利审查而言至关重要。
伴随着生物技术发展迅速和创新活跃,序列相关专利申请的数量呈逐年增加的趋势,对生物序列进行检索成为生物技术领域专利审查工作的基础,在涉及生物序列的产品发明的检索工作中,长序列检索的常规数据库有:GenBank,EMBL,DDBJ,STN和中国专利生物序列检索系统[2]。除这些常用数据库外,近年来随着大量生物学实验数据的积累,已形成了数以百计的重要生物信息数据库,这些数据库,尤其是一些特殊数据库因针对不同的研究内容和研究目的而各具特色[3]。因此,还需要对特色数据库进行補充检索才能有效地避免漏检、确保审查结论的准确性和有效性。以下将结合具体案例对一个特色数据库进行介绍,以期对相关领域的检索提供一定的借鉴和参考。
二、案例分析
基本案情:
案例涉及植物分子生物学领域,具体涉及一种毛竹PeVQ28蛋白及其编码基因与应用(公开号为CN109081865A)。
权利要求节选:
1.权利要求1:一种毛竹PeVQ28蛋白,其特征在于:所述的毛竹PeVQ28蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No .1所示。
2.一种编码权利要求1所述的毛竹PeVQ28蛋白的编码基因序列,其特征在于:所述的毛竹PeVQ28蛋白的核酸序列如SEQ ID No.2所示。
检索过程:
使用常规的生物序列数据库,如GenBank,EMBL,DDBJ,STN,中国专利生物序列检索系统,对权利要求1或2所述的氨基酸序列或核苷酸序列进行检索,未获得新颖性文件。
权利要求1要求保护的毛竹PeVQ28蛋白来源于物种毛竹,由于一些植物品种如拟南芥、水稻等均有物种特异的数据库,考虑到不同数据库因针对的研究对象、研究内容和研究目的不同,收录的数据信息和侧重点存在一定的差异,故尝试检索是否存在针对竹子这一物种的特色数据库。以”bamboo”和”database”作为关键词在非专利数据库中进行检索,检索到数据库BambooGDB。
BambooGDB是竹子基因组数据库,是一个具有功能注释和分析平台的竹子基因组数据库。数据库的主要内容包括毛竹的从头测序数据、毛竹的全长互补DNA和RNA-seq数据。加入了多种功能强大的搜寻工具和方便的浏览器,以方便这些数据的浏览。该数据库通过整合高通量测序数据、全功能注释和多个分析模块,旨在提供一个中央基因组资源和一个可扩展的竹子基因组分析平台。BambooGDB可以在http://www.bamboogdb.org/免费获得[4]。
通过上述网址找到BambooGDB,点击首页的Blast,进入序列检索界面,在搜索框中输入毛竹PeVQ28蛋白的编码基因的核苷酸序列,可检索到名称为PH01007611G0010的结果。该结果包含序列信息和相应的注释,记载了CDS的具体位点为PH01007611:2195..2707,通过序列信息结合位点信息分析可知晓CDS的具体序列信息。经比对,上述名称为PH01007611G0010的结果所公开的CDS序列与权利要求2所述SEQ ID No.2所示的编码权利要求1所述的毛竹PeVQ28蛋白的编码基因序列相同,其能够翻译得到权利要求1所述的氨基酸序列如SEQ ID No .1所示的毛竹PeVQ28蛋白,是能够用于评述权利要求2不具备新颖性,权利要求1不具备创造性的对比文件。
案例启示:
上述检索过程通过调整检索思路,利用关键词检索获知存在整合了高通量测序数据的竹子基因组数据库BambooGDB。在BambooGDB中检索得到了通过常规的生物序列数据库(如GenBank,EMBL,DDBJ,STN,中国专利生物序列检索系统)所不能获得的对比文件,有效避免了漏检的发生。
结语
本文结合实际案例介绍了如何利用特色数据库进行补充检索从而有效地避免漏检新颖性对比文件。在发明专利实质审查过程中,应根据实际案例特点制定检索策略,充分利用检索数据库的特点,根据检索结果实时分析灵活调整,快速获取对比文件。对于已知物种来源的生物序列检索,在采用常规的生物序列数据库检索无法获得检索结果的情况下,可尝试将物种和数据库及其中英文作为关键词进行检索确认是否存在物种特异的特色数据库,进而在该特色数据库中进一步检索确认是否有所需的对比文件。在日常工作中,可以尝试积累具有领域特色的非专利数据库,用于后续检索审查过程中,可实现快速锁定目标,提升审查质量的目的。
参考文献
[1]中华人民共和国国家知识产权局.专利审查指南[M].北京:知识产权出版社,2010.
[2]国家知识产权局专利局专利审查协作北京中心.生物技术领域文献实用检索策略[M].北京:知识产权出版社,2011.
[3]张雪洪,胡洪波.生命科学数据处理与MATLAB应用[M]. 上海交通大学出版社,2013.
[4]Hansheng Zhao,Zhenhua Peng,Benhua Fei,et al. BambooGDB: a bamboo genome database with functional annotation and an analysis platform[J]. Database, 2014.