科学有效的监管既是档案治理能力提升的体现，也是档案治理法治化的重要标志。科学监管，就是通过分类监管、协同监管、创新监管等方式，将监管落实到具体的档案行政行为中，以增强档案治理效能。
　　分类监管。产生档案的组织机构千差万别，既不能够也不可能用某种单一的方式监管。因而，面對不同组织机构，应当进行分类，选择不同的监管方法，以适应不同类别组织机构的特性。对于党政机关、事业单位以及国有企业要全方位地从严监管；对于民营企业和其他社会组织机构则重点监管那些涉及国家利益、社会安全和民生的组织机构；对于其他一般组织机构，则采取一般的宣传、指导的方式监管。
　　协同监管。档案工作与各行各业的工作有着千丝万缕的联系，只靠档案行政管理部门“单打独斗”难以起到应有的监管效果，因而，应当采取协同监管的方式，形成合力，实施“大监管”。一是建立以档案行政管理部门为主，联合管理组织机构的主要部门（如国资委、工商局、民政局等）为成员的监管协调委员会，制定协调监管策略、方法，统筹协调监管事务。二是构建档案行政管理部门与各行各业行政管理部门依法分工协同监管的模式，规范各自的监管边界，明确各自的监管责任，主动协同，管好接合部，消灭“灯下黑”。三是积极推行公众参与监管，畅通监管举报受理机制，充分发挥社会的协同监管作用。
　　创新监管。一是改变监管理念，实施阳光监管。凡是不涉及国家秘密和国家安全的，档案行政管理部门都要把监管事项、内容、依据、标准公之于众，并对监管对象按照公开的监管事项及时进行监管。二是改善“技管”条件，推行智能监管。积极运用云计算、物联网、大数据等现代信息化手段创新和加强档案行政监管，全面整合各种监管信息资源，加快档案行政管理部门与各行各业行政管理部门之间的监管信息资源共享、互联互通。三是改革监管方式，强化日常监管。建立常态化、随机化、全覆盖的监管机制，随时发现问题，及时解决问题。