论文部分内容阅读
摘 要 目的:采用荧光定量PCR技术对慢性乙肝患者用拉米夫定治疗1年后,患者血清中HBV DNA水平变化及YMDD基因变异的检测,并对其临床应用进行评价。方法:选取82例乙肝患者经拉米夫定治疗1年前、后其血清采用荧光定量PCR技术联合检测HBV DNA及YMDD变异,回顾性对YMDD野生型组和YMDD变异型组进行统计学分析。结果:拉米夫定治疗前HBVDNA的载量,两组相比差异没有统计学意义,1年后YMDD的变异率为15.86%,YMDD变异型组HBV DNA无1例阴转,YMDD野生型组HBV DNA阴转率为82.60 %,差异有统计学意义。结论:荧光定量PCR技术联合检测HBV DNA及YMDD变异具有很好的临床应用前景。
关键词 荧光定量PCR 联合检测 拉米夫定 HBVDNAYMDD变异
材料与方法
2006年6月~2008年4月用拉米夫定抗HBV治疗的慢性乙型肝炎患者82例,治疗时间≥1年,年龄14~62岁(平均35.1±3.8岁),男58例,女24例。
采清晨空腹静脉血4ml,不添加抗凝剂,分离血清,于-20℃保存,不反复冻融。标本、对照品的处理和加样血清标本、试剂盒内阳性对照、阴性对照、YVDD对照各取50μl,分别加入50μl核酸提取液,振荡10秒,99℃干浴或水浴10分钟,13000rpm离心10分钟,保留上清备用。处理后的样品应在3小时内使用,或在-200~-800℃最长保存1个月,HBV DNA标准品进行10、100、1000倍梯度稀释。
取(N+1)×36μl混合液A与(N+1)×0.4μl酶(Taq+UNG)混匀(N为反应管数),3000rpm离心数秒;取(N+1)×36μl混合液 B与(N+1)×0.4μl酶(Taq+UNG)混匀,3000rpm离心数秒;
分别取上述加酶后的混合液A和混合液B各36.4μl置于不同两个薄壁PCR反应管中,然后将样品、阳性对照、阴性对照、YVDD对照、YIDD对照处理上清液和梯度稀释的HBV DNA标准品各4μl分别加入PCR反应管中置于Line-Gene FQD-33A荧光定量PCR检测系统上。
循环条件设置:37℃×2分钟;94℃×2分钟;再按93℃×15秒→62℃×60秒,循环40次;荧光检测在62℃荧光通道选择FAM,立即进行扩增反应。
YMDD变异检测:HBVYMDD弱阳性对照混合液A和混合液B的荧光检测Ct值均应≤38,HBVYVDD血清对照、HBVYIDD血清对照混合液A检测所得Ct值应≤38,混合液B检测为阴性,否則试验视为无效。
根据工作曲线计算,仪器自动显示待检样品DNA定量值。待检样品混合液A和混合液B的荧光检测Ct值≤38,判断待检样品为HBVYMDD野生型,。
待检样品在混合液A检测Ct值≤38,混合液B检测为阴性,判断待检样品为HBVYMDD变异型,如图1。
如果检测Ct值在38~40之间,重复检测1次,如果检测Ct值仍在38~40之间,则判为阴性。
结 果
82例患者血清中13例发生变异,占15.86%,变异类型与年龄和性别无明显相关性。将结果分为YMDD野生型组和YMDD变异型组,回顾性分析两组治疗前的HBVDNA拷贝数(取对数值)差异无统计学意义(t=0.521,P>0.05)
拉米夫定用药12个月后,其YMDD 变异型组与YMDD野生型组相比,HBV DNA阴转率明显不同,<5.0×102拷贝数/ml(对数值为2.69)为阴性,结果显示:变异后HBV DNA含量反跳,无1例阴转。而野生型在用药12个月后,HBV DNA阴转率明显增加,阴转率达82.60%,二者的HBVDNA拷贝数(取对数值)经统计,两组相比差异具有统计学意义(t=24.9,P<0.01)。
讨 论
拉米夫定具有强力地抑制乙肝病毒复制的作用,可迅速降低患者血清HBV DNA水平。该作用主要是通过抑制HBV多聚酶活性,阻断HBV DNA合成而实现的。拉米夫定为胞嘧啶核苷类似物,在体内以三磷酸化形式与HBV多聚酶结合后,竞争性抑制了多聚酶活性,造成HBV DNA链合成终止,从而抑制病毒复制。位于多聚酶活性结构区域C的YMDD基因序列是其结合位点,编码多聚酶的P基因的个别核苷酸的变异可改变该结合位点的构象,使HBV可逃避拉米夫定的作用而产生耐药株。
目前检测YMDD变异的分子生物学方法主要有直接测序法、限制性片断多态性分析(RFLP)[2]、5'-核酸酶检测法、基因芯片法、荧光定量PCR熔解曲线法、焦磷酸测序技术、高效变性液相色谱法等。测序法是目前专家共认的金标准,但需配置测序仪,一次性投入资金较大,测序周期较长,费用较高;PCR-ELISA在进行PCR扩增后,需要预杂交、杂交、显色等开放性试验,容易造成标本的交叉污染以及影响实验室的质量控制操作繁琐,费时,不适合当天出检测报告;基因芯片需要开放式杂交,会造成一定的交叉污染需要配置芯片仪,一次性投入资金较大,且芯片成本较高,这些方法对技术和设备要求很高或者操作繁琐,耗时费力,不利于大范围的普及与推广。
参考文献
1 中华医学会传染病与寄生虫病分会、肝病分会.病毒性肝炎防治方案.中华肝脏病杂志,2000,8:324-329.
2 Sun J,Hou J L,Xiao L,et al.Analysis of three lamivudine resistant HBV mutants with the method of restriction enzyme digestion and its application.Zhonghua Shi Yan he Lin Chang Bing Du Xue Za Zhi,2003,17(1):18-20.
关键词 荧光定量PCR 联合检测 拉米夫定 HBVDNAYMDD变异
材料与方法
2006年6月~2008年4月用拉米夫定抗HBV治疗的慢性乙型肝炎患者82例,治疗时间≥1年,年龄14~62岁(平均35.1±3.8岁),男58例,女24例。
采清晨空腹静脉血4ml,不添加抗凝剂,分离血清,于-20℃保存,不反复冻融。标本、对照品的处理和加样血清标本、试剂盒内阳性对照、阴性对照、YVDD对照各取50μl,分别加入50μl核酸提取液,振荡10秒,99℃干浴或水浴10分钟,13000rpm离心10分钟,保留上清备用。处理后的样品应在3小时内使用,或在-200~-800℃最长保存1个月,HBV DNA标准品进行10、100、1000倍梯度稀释。
取(N+1)×36μl混合液A与(N+1)×0.4μl酶(Taq+UNG)混匀(N为反应管数),3000rpm离心数秒;取(N+1)×36μl混合液 B与(N+1)×0.4μl酶(Taq+UNG)混匀,3000rpm离心数秒;
分别取上述加酶后的混合液A和混合液B各36.4μl置于不同两个薄壁PCR反应管中,然后将样品、阳性对照、阴性对照、YVDD对照、YIDD对照处理上清液和梯度稀释的HBV DNA标准品各4μl分别加入PCR反应管中置于Line-Gene FQD-33A荧光定量PCR检测系统上。
循环条件设置:37℃×2分钟;94℃×2分钟;再按93℃×15秒→62℃×60秒,循环40次;荧光检测在62℃荧光通道选择FAM,立即进行扩增反应。
YMDD变异检测:HBVYMDD弱阳性对照混合液A和混合液B的荧光检测Ct值均应≤38,HBVYVDD血清对照、HBVYIDD血清对照混合液A检测所得Ct值应≤38,混合液B检测为阴性,否則试验视为无效。
根据工作曲线计算,仪器自动显示待检样品DNA定量值。待检样品混合液A和混合液B的荧光检测Ct值≤38,判断待检样品为HBVYMDD野生型,。
待检样品在混合液A检测Ct值≤38,混合液B检测为阴性,判断待检样品为HBVYMDD变异型,如图1。
如果检测Ct值在38~40之间,重复检测1次,如果检测Ct值仍在38~40之间,则判为阴性。
结 果
82例患者血清中13例发生变异,占15.86%,变异类型与年龄和性别无明显相关性。将结果分为YMDD野生型组和YMDD变异型组,回顾性分析两组治疗前的HBVDNA拷贝数(取对数值)差异无统计学意义(t=0.521,P>0.05)
拉米夫定用药12个月后,其YMDD 变异型组与YMDD野生型组相比,HBV DNA阴转率明显不同,<5.0×102拷贝数/ml(对数值为2.69)为阴性,结果显示:变异后HBV DNA含量反跳,无1例阴转。而野生型在用药12个月后,HBV DNA阴转率明显增加,阴转率达82.60%,二者的HBVDNA拷贝数(取对数值)经统计,两组相比差异具有统计学意义(t=24.9,P<0.01)。
讨 论
拉米夫定具有强力地抑制乙肝病毒复制的作用,可迅速降低患者血清HBV DNA水平。该作用主要是通过抑制HBV多聚酶活性,阻断HBV DNA合成而实现的。拉米夫定为胞嘧啶核苷类似物,在体内以三磷酸化形式与HBV多聚酶结合后,竞争性抑制了多聚酶活性,造成HBV DNA链合成终止,从而抑制病毒复制。位于多聚酶活性结构区域C的YMDD基因序列是其结合位点,编码多聚酶的P基因的个别核苷酸的变异可改变该结合位点的构象,使HBV可逃避拉米夫定的作用而产生耐药株。
目前检测YMDD变异的分子生物学方法主要有直接测序法、限制性片断多态性分析(RFLP)[2]、5'-核酸酶检测法、基因芯片法、荧光定量PCR熔解曲线法、焦磷酸测序技术、高效变性液相色谱法等。测序法是目前专家共认的金标准,但需配置测序仪,一次性投入资金较大,测序周期较长,费用较高;PCR-ELISA在进行PCR扩增后,需要预杂交、杂交、显色等开放性试验,容易造成标本的交叉污染以及影响实验室的质量控制操作繁琐,费时,不适合当天出检测报告;基因芯片需要开放式杂交,会造成一定的交叉污染需要配置芯片仪,一次性投入资金较大,且芯片成本较高,这些方法对技术和设备要求很高或者操作繁琐,耗时费力,不利于大范围的普及与推广。
参考文献
1 中华医学会传染病与寄生虫病分会、肝病分会.病毒性肝炎防治方案.中华肝脏病杂志,2000,8:324-329.
2 Sun J,Hou J L,Xiao L,et al.Analysis of three lamivudine resistant HBV mutants with the method of restriction enzyme digestion and its application.Zhonghua Shi Yan he Lin Chang Bing Du Xue Za Zhi,2003,17(1):18-20.