猪圆环病毒(PCV)分为两种基因型,其中PCV2是致病型。研究表明此病毒与猪皮炎与肾病综合征、仔猪先天性脑震颤、增生性坏死性肺炎等疾病密切相关。本研究用生物信息学预测PCV2Cap蛋白B细胞表位。用DNAStar的Chou-Fasman和Garnier-Robson及SOPMA服务器预测Cap蛋白二级结构。用Kyte-Doolittle法预测蛋白的亲水区、Emini法预测特定区域在蛋白质表面可能性,Jameson-Wolf法及网络服务器预测蛋白的抗原性、Karplus-Sehulz法预测蛋白质骨架的柔韧性。Gamier-Robson和Chou-Fasman分别对特定残基在特定结构可能性和晶体结构的计算来预测二级结构。综合结果及SOPMA预测显示该蛋白转角和无规则卷曲区域主要分布59-64、81-89、156-161、176-181、228-232。亲水性预测主要在27-63、74-118、134-166、171-192、203-214、221-233,此区域暴露于表面机率较大。对表面可及性的分析表明49-63、87-99、138-163、174-181、206-211、225-232为主要区域。蛋白骨架预测显示46-66、79-90、108-120、144-152、162-191、201-229蛋白质骨架的韧性较强,说明此区域易与抗体嵌合。对抗原性表位的预测发现较高指数区域为31-44、48-52、57-67、96-130、153-194、205-213、223-233。网络服务器预测抗原性62-64、82-87、146-153、174-180、226-227不同方案预测B细胞抗原表位不完全相同,但在Cap蛋白60-66、81-92、171-185、221-233上各种方案的结果基本一致,易形成抗原表位的转角和无规则卷曲结构,具有较好亲水性、表面可及性和较高抗原指数。