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目的：检测广西壮族自治区先天性甲状腺功能低下(congenital hypothyroidism,CH)患者和亚临床先天性甲状腺功能低下(subclinical congenital hypothyroidism,SCH)患者PAX8、TSHR、DUOX2基因突变谱及突变率,建立其基因型与临床表型间的关系.方法：收集患者外周血样本,提取基因组DNA,应用二代测序分析PAX8、TSHR、DUOX2基因的外显子及启动子序列.对新发的变异位点在600例正常人中进行验证.结果：二代测序检测378名CH/SCH患者,共检出9名患者携带有PAX8突变位点.检出的变异位点包括2个已知突变p.R31H、p.R31C和3个新发突变p.G23V、p.R364X和p.R220X.PAX8突变绝大部分与永久性甲低(permanent congenital hypothyroidism,PCH)相关.检出10名患者携带TSHR变异位点.检测的TSHR变异位点包括5个新发的突变p.Y613C、p.A526T、p.F696C、p.G544E、p.A684D和4个已报道突变p.R450H、p.R109Q、p.V689G、p.E758K.单个TSHR杂合突变临床表现为SCH,TSHR杂合突变合并DUOX2杂合突变临床表现为CH.检出102名患者携带DUOX2变异位点.检出的变异位点包括14个新发突变p.R683L、p.L579P、p.A1138D、c.3340delC、p.W301C、p.G1521X、c.2102-2104delGAG、c.3478-3480delCTG、p.R1084Q、p.R1334W、p.A1323T、p.A1492H、p.A1131S、p.R82S和5个已报道突变p.A1138D、p.L579P、p.R683L、p.R842X、p.L1343F.绝大多数单个或双个DUOX2变异位点患者表现为(transient congenital hypothyroidism,TCH)或SCH,而多个(≥3) DUOX2变异位点患者多表现为PCH.结论：PAX8、TSHR、DUOX2基因在广西CH/SCH人群中的突变率分别为2.38％,2.64％和29.6％.PAX8突变绝大部分均与PCH相关,单个TSHR杂合突变表现为SCH,TSHR杂合突变合并DUOX2杂合突变导致CH,绝大多数单个或双个DUOX2变异位点患者表现为TCH或SCH,而多个DUOX2变异位点患者绝大部分表现为PCH.本研究共检出PAX8、TSHR、DUOX2基因22个新发变异位点,极大地扩大了PAX8、TSHR、DUOX2基因突变谱并为广西CH/SCH人群提供了准确的突变率估算.