《毛诗草木鸟兽虫鱼释》是焦循《毛诗》名物研究的重要成果,也是其整个治《诗》历程的渊薮。目前所见该书最早版本是台北“中央研究院”傅斯年图书馆藏乾隆五十八年(1793)二十卷清稿本,彼时焦循尚未完成其三十卷的撰写计划。上海图书馆藏乾隆五十八年(1793)至嘉庆三年(1798)之间一卷本,亦为清稿本,在内容上对二十卷本形成补充。上海图书馆藏嘉庆三年(1798)三十卷清稿本则是目前所见考证内容完整、编次完善的最早版本,也是该书编纂体系从三十卷过渡到十一卷的关键版本。上海图书馆藏嘉庆四年(1799)十一卷手稿本是此书定稿。国家图书馆藏六卷残抄本,则是陈瘦嵒以焦循定稿为底本抄录的收藏流播本。以二十卷本和一卷本为代表的早期稿本构成了三十卷本修订工作的基础,十一卷定本的修订又以三十卷本为主要依据,同时也参考了二十卷本和一卷本等早期草稿本。二十卷本与一卷本内容缺乏完整性,且书证繁密、缺少逻辑勾连,观点和词目的选择也有不甚合理之处。对此,焦循秉持改汰庸劣、补正疏漏的原则,对上述两个稿本作出了删裁繁冗、完善内容、修正结论、裁剪和分置按语等调整工作,形成三十卷本。此后,焦循又以三十卷本为主,旁参此前各种草稿本,进行了变更体例、校订讹误、修正观点、改换论点等一系列工作,最终形成十一卷定本。焦循治学主张融汇众说、摒弃门户,反对据守汉学。其《毛诗草木鸟兽虫鱼释》之编撰缘由一方面是想通过客观考释《毛诗》名物以补证前人《尔雅》研究,另一方面则是为了阐明“风人之旨”和孔子之义。然而,《毛诗草木鸟兽虫鱼释》普遍存在的弥合《毛传》抵牾之处、规避《毛传》误训、误读并比附《毛传》等现象,证明该书有明显曲护《毛传》的问题,这在很大程度上背离了焦循客观辨析名物的理念。此外,《毛诗草木鸟兽虫鱼释》所引宋人书目极少,且大多与《诗经》无关,对主张废《序》者更是只字不提,故焦循反对据守汉学的努力,也在此书架空宋学之倾向中有所消解。焦循治学主张与实践结论之间的矛盾性,不仅源于他《传》《序》先行的解经立场,亦与其治学方法之弊端密切相关。这主要是指他对文献材料缺乏辨析、误用转语和“右文”说推断词源与同源词、径改原典、缺乏目验等问题。