新疆是农业大省，农业是新疆的优势主导产业。近年来随着新疆农业生产力水平的不断提高，新疆农业的持续稳定发展和农牧民收入的提高，受到农产品加工水平和市场的约束越来越大。因此，在中国经济的国际化水平不断提高的背景下，充分利用国际国内两大资源和两大市场，发展农产品加工业，发展农产品贸易，开拓国内外市场成为新疆促进农业经济发展和增加农民收入的重要手段。根据中央新疆工作座谈会的精神，为加快新疆的资源优势转化成经济优势，2010年5月，中央批准设立喀什、霍尔果斯为特殊经济开发区。由于两个经济开发区的基础不尽相同，所以针对农产品加工贸易建立起怎样的适合自身发展的基本运行模式成为当今学者们研究的重要议题之一。通过对新疆农产品加工贸易的现状阐述，可以得知，新疆农产品加工业发展程度较低，农产品加工贸易基本是以初级产品为主，缺乏向精、深加工方向发展的基础。农产品加工贸易出口的主要市场集中于中亚五国，但面向中亚的进出口商品加工基地迟迟未能形成。而在新疆“十二五”规划中，明确提出了喀什、霍尔果斯特殊经济开发区的建设目标之一是建立农产品生产加工基地，这便为两区发展农产品加工贸易指明了方向。在分析比较两区各自的发展现状及优劣势后，并借鉴国内外经济特区发展加工贸易的模式，大胆地探索了喀什和霍尔果斯发展农产品加工贸易的基本运行模式。