农业项目与其他行业项目相比不确定性更大，其不确定性已成为投资者进入的主要障碍。在传统投资决策方法下，农业项目的不确定性使项目的投资价值更低。因此，解决这一问题对于农业投资和农业发展具有重要意义。而实物期权方法作为一种新的投资决策方法为农业项目投资中不确定性问题提供了一种解决的思路。 本文首先采用比较分析方法对实物期权方法与传统投资决策方法做了比较，指出实物期权方法考虑了投资者管理的灵活性，把投资项目中包含的不确定性(即实物期权)作为项目投资价值的一部分，弥补了传统投资决策方法在不确定环境下应用的缺陷。在肯定了实物期权方法的优越性之后，本文把这种方法引入到农业项目投资评估中。在农业项目的特点、类型和不确定性因素的来源分析的基础上，针对传统投资决策方法在农业项目投资决策中的不足，构建了农业项目中实物期权应用模型的指标体系和应用框架。并采用实证分析的方法，结合两个案例，证明了实物期权方法在农业项目投资决策中的有效性。最后得出结论，实物期权方法在净现值法决策准则失效的情况下为投资者继续投资提供了科学的依据，其在农业项目投资决策中的应用对促进农业项目投资、调整农业产业结构具有重要意义。