北草蜥（Takydromus septentrionalis）隶属于爬行纲（Reptilia）、蜥蜴科（Lacertian）,草蜥属（Takydromus）,是我国特有一种卵生爬行动物,分布广泛,在我国中部、东南部及舟山群岛都有分布。其分布范围覆盖广,生境异质性高,地理屏障多样化,形态差异较大,是研究种群分化的良好模式动物。动物体内的肠道微生物与动物本身是互利共生关系,在动物适应多样化的生境中起着重要的作用。目前关于爬行动物的种群分化有较少的研究,但是因种群分化导致种群间肠道菌群差异还未有报道。本研究通过微卫星标记技术和高通量测序技术分别探讨北草蜥种群遗传结构、种群分化和肠道菌群地理分化情况,主要分为以下两方面:（一）以15个具有地理代表性的北草蜥种群为研究对象,基于基因组RAD纯测序和微卫星标记技术,利用筛选出的21对多态性良好的微卫星引物对北草蜥种群进行遗传结构和种群分化分析,结果如下:1.从自行设计的120对微卫星引物中筛选出21对多态性最高的引物,在21个位点中,共检测到408个等位基因,平均等位基因数（Na）为19.43（13～28）,观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）的范围分别是0.358～0.971和0.721～0.945,两者均值分别为0.620和0.880。所有位点都不存在连锁平衡现象,未偏离哈代温伯格平衡,并且多态信息含量（PIC）均值为0.865（0.682～0.935）,大于0.5,都表现为高度多态,可以很好的用于后续的实验。2.对北草蜥的遗传结构进行分析,15个北草蜥种群间的Nei’s遗传距离均值为1.3513（0.252～2.724）,贵州花溪（HX）和山东烟台（YT）两个北草蜥种群遗传距离最大。遗传分化水平Fst值的平均值为0.38（0.06～0.54,）,遗传差异最大的是贵州花溪（HX）和山东烟台（YT）地理种群。香农指数（I）的范围是0.54～2.36,遗传多样性最高种群是嵊山岛种群,遗传多样性最低的是山东烟台种群,舟山的岛屿种群的遗传多样性普遍高于内陆种群。3.对北草蜥种群分化分析:ΔK为2的时候具有最大峰值,15个北草蜥种群划分为2个不同类群,在地理分布上具有明显的东西分化现象,桂阳（GY）、宁德（ND）和杭州（HZ）很有可能是北草蜥南北分化的交界处。（二）根据北草蜥种群分化情况,选取六个具有代表性的北草蜥种群,基于高通量测序和宏基因组功能预测技术,探讨北草蜥种群的肠道微生物地理分化情况,结果如下:1.高通量16Sr RNA测序得到1832350条高质量序列,共定义了9059个OUT。韦恩图分析看出六个地理种群间的核心部落或者共有的OUT数目为0,一定程度上说明六个地理种群间的OUT差异分化明显。2.六个北草蜥种群间的肠道菌群多样性和相对丰度差异显著,其中桂林种群（GL）与其它五个种群间具有显著的差异,肠道菌群多样性和相对丰度显著低于其它五个种群。3.厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、软壁菌门（Tenericutes）是六个种群的优势菌门,在科分类水平上,桂林种群的菌科组成较为独特,肠球菌科和肠杆菌科占比达93%以上,其中肠球菌科在其它种群中占比很少不是优势菌科。4.PCo A聚类和样本距离热图分析显示,GL种群与其它五个种群间距离相对最远,相似度最低。五个环境因子中,纬度与六个种群肠道微生物相关性最大,纬度与YT种群呈显著的正相关,与GL种群呈负相关。5.氨基酸代谢（Amino Acid Metabolism）和碳水化合物代谢（Carbohydrate Metabolism）以及膜运输（Membrane Transport）是六个种群中丰度相对最高的三大功能,GL和NJ两个种群的肠道菌群的优势功能所占的丰度明显的相对高于其它四个种群。