本论文的选题为“研究型大学科技成果转化的制度安排”，讨论的核心问题是，中国特殊背景下，研究型大学科技成果转化机制的最优制度安排如何?论文共分六章，分别对学术研究、学术专利、校办企业和校企合作研发等科技成果转化机制进行了研究。　　 本文基于信息经济学和新产业组织理论对大学科技成果转化的相关问题加以重新表述，并得出了一些不同于既有观点的、具有经验含义的命题和结论：(1)应当通过学术专利等商业性手段激励研究人员与企业共同参与研究发展，但这种商业化激励并不是没有成本的，也就是说，存在最优的商业化激励强度问题。学术专利的积极作用仅在学术研究和商业研究具有互补性、而且大学相对于企业具有更大的商业性开发优势的条件下成立。(2)既有的关于大学和企业组织冲突的文献多从组织文化的角度切入，本文利用委托代理分析校办企业导致的组织冲突与效率损失，并解释了为什么过度的商业化会导致大学的学术管理活动的官僚化、从而研究人员活动的僵化。与学术专利相比，校办企业是一种导致效率损失和社会福利损失的次优安排。(3)将代理理论的思想引入新产权理论研究校企共同研发问题，得到结论，最优的共同研发合约是由企业拥有技术创新成果的知识产权，同时企业向大学提供一个固定支付加与技术绩效(或最终产品产出数量)挂钩的可变报酬。借鉴市场封锁的思想对知识产权归属的作用加以重新解释--知识产权归属作为一种承诺机制。(4)新产权理论为了突出产权的功能，忽略了报酬机制等激励工具与产权作为一种激励工具在引致缔约方努力功能方面的替代性：虽然不掌握产权对缔约方有逆激励作用，但如果通过恰当的报酬机制(至少可以部分地)达到激励不拥有产权一方的努力，则产权的成本是可以减少甚至抵销的。因此，在校企合作研发这样的应用理论分析中，新产权理论应当寻求与其它理论的融合。　　 本论文的理论和经验研究对于中国科技成果转化的政策含义包括：(1)中国研究型大学科技成果转化问题是在与成熟市场经济完全不同的背景下提出来的--真正的大学制度还没有形成，但一些不恰当的商业化机制激励却已经建立起来，因此必须注意不能简单照搬成熟市场经济的某些措施和政策。在讨论中国高校的科技转化问题时，商业化激励与学术激励的平衡问题尤其值得关注。(2)在有效的学术激励机制还没有建立起来的条件下，应当提供相对弱的专利激励(如组织对专利权的控制、研究人员保持相对低的专利收入分配比例等)，同时考虑到中国特殊的市场结构，非专属性的学术专利是更优的。(3)应当坚定地推进研究型大学的校企分离改革，高校至少要由校办企业的控股股东转变为非控股股东。(4)旨在推进校企合作研发的公共政策，最主要的，在于尽快推进高校改革，将研究新大学真正建设成为提供前沿知识的公共组织，加强大学的前沿知识创新能力。(5)中国高校改革的突破口，一方面是加强对学术研究人员的货币激励，但更重要的，在于通过建立什么样的评价机制和资源配置机制从根本上解决大学的学术激励和学术治理问题。