随着分子生物学的发展,DNA指纹图谱技术出现。DNA指纹图谱是指能够鉴别生物个体之间差异的DNA电泳图谱,由于它直接反映DNA分子水平上的差异,具有高度的专一性和特异性,成为当今最先进的种质鉴定技术。并广泛运用于众多领域,如确定亲缘关系、遗传病诊断、物种鉴别等。但是人工对DNA指纹图谱进行分析存在速度慢、准确率低的问题,很难满足大数据量的科研工作的需要,因此迫切需要借助计算机建立自动分析系统,以达到快速、准确的分析效果。目前有多种DNA指纹技术,如RFLP、RAPD、AFLP、SSR,其中RFLP(限制性内切酶片段长度多态性)是应用最早并且应用最广泛的DNA指纹技术。本文提出并设计了一种DNA指纹自动分析系统,可以对两种形式的DNA指纹进行RFLP分析,分别是碱基序列形式的DNA指纹和图片形式的DNA指纹。文章对系统中以下关键技术进行了阐述,包括酶切序列,指纹特征值比对,指纹图片比对,相似矩阵生成,DNA聚类,进化树生成。基于以上关键技术,我们成功研发DNA指纹图谱聚类分析软件。通过测试,得到了很好的运行结果,该软件各功能模块的运行结果将在论文各个章节中有所展示。