近二十年的发展,我国农业已经发展成为集专业化、产业化、规模化和组织化为一体的现代化农业产业链条。而随着农业企业之间竞争的日趋激烈,创新已经成为农产品企业获取竞争力并持续发展的动力和源泉。但是仅凭单一企业的力量,在创新过程中不仅在投入方面呈现出投入高且风险大的特点,而且难以保持持续竞争优势。此时,协同创新为企业自身与其它企业之间的合作、创新提供了新的理论依据。现阶段,农产品企业供应链协同创新对企业市场竞争力的提升、企业绩效的稳定都有着非常重要的作用和意义。基于此,本文拟采用文献分析法、实证分析法等方法,结合国内外学者和专家的相关研究,就农产品企业供应链协同创新与组织绩效关系问题进行深入分析。文章首先梳理了农产品供应链、供应链协同创新、组织绩效的相关概念并对其目前国内外专家学者研究现状进行了归纳概括;其次阐述了影响农产品供应链协同创新与组织绩效关系的相关因素,并选定本文所采取的相关四个影响因素:研发投入、专利强度、政府补贴、网络合作强度并做出相应测量、校准;然后在对研究样本做简要概括的基础上运用定性比较分析方法（QCA）对影响组织绩效的原因变量组合进行分析和评价,根据fs QCA3.0软件的运行结果得出农产品供应链协同创新与组织绩效的关系。研究结果表明:单个影响因素无法对农产品供应链的协同创新起到有效的影响作用,而是在影响因素的交叉匹配作用下影响其组织绩效。并根据运行结果提出了两条产生高组织绩效的影响因素组合,并提出相关建议。通过本文研究,以期对我国农产品企业在供应链协同创新和组织绩效关系方面的研究产生一定的理论和实践指导意义,同时对我国农产品企业在供应链管理、组织绩效提升以及战略实施管理方面有一定的借鉴和参考。