APOL1基因变异的检测及与高血压肾病的关联研究

来源 :温州医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qdmarie
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目的:建立APOL1(Apolipoprotein L1)基因变异和MYH9(Nonmuscle Myosin Heavy Chain9)基因单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)的检测方法,探讨APOL1基因变异频率以及MYH9基因单核苷酸多态性(SNP)与我国汉族人群高血压肾病的相关性。  方法:经系统化采集、整合患者临床信息,筛选研究对象,调查患者病史,复查血压,检查眼底和/或心超,检测血/尿肌酐和白蛋白、尿白蛋白/肌酐比值,临界者加做肾 B超或穿刺,确认纳入病例组。对照组为来宁波市泌尿肾病医院体检的汉族健康成年人,年龄40岁以上,无原发性高血压病史。所有研究对象均排除恶性肿瘤、内分泌性疾病、糖尿病、心脑血管疾病等。提取病例组和对照组外周血基因组 DNA,于-20℃冰箱保存备用。设计 APOL1基因外显子引物,通过NCBI-Gene检索确认人类APOL1基因序列(NM_145343.2)。采用Primer5.0软件分别设计APOL1基因外显子引物,设计好的引物委托深圳华大基因有限公司合成。扩增APOL1基因,使用2%琼脂糖凝胶电泳鉴定PCR产物,将PCR产物纯化后送深圳华大基因有限公司测序,以期发现APOL1基因在病例组和对照组的变异。获取MYH9基因SNPs,通过HapMap数据库查找中国人群的遗传信息,采用Tagger Pairwise法(RSquare cut off=0.8,MAF cut off=0.2)获取MYH9基因所有SNPs信息。用SNP功能注释系统(SNPView系统、SNPper系统等)进行 SNP的功能分析和预测,确定与项目研究对象高度相关的6个待测人类MYH9基因SNPs。设计MYH9基因SNPs引物,通过NCBI-SNP-dbSNP查找6个待测人类MYH9基因SNPs(rs1005570、rs2413396、rs80338826、rs3752462、rs11089788、Rs2269529)对应的基因序列,采用Primer-blast软件分别设计6个MYH9基因SNPs的引物,委托上海祥音生物科技有限公司合成。扩增MYH9基因,鉴定PCR产物,采用酶纯化法纯化目标DNA片段,委托上海祥音生物科技有限公司进行SNaPshot PCR检测。以期发现MYH9基因单核苷酸多态性在病例组和对照组的不同。  结果:经详细的临床诊断和入组标准筛选,确认纳入高血压肾病患者200例,其中男104例,女96例。年龄40~85岁,平均年龄64.4±10.2岁。确认纳入对照组208例,其中男94例,女114例。年龄40~87岁,平均年龄60.2±11.7岁。病例组和对照组在年龄上的差异有统计学意义(P﹤0.001)。检索 APOL1基因发现,APOL1基因序列总共有7个外显子,第一个外显子因为无蛋白质编码功能故不设计引物,第2~6外显子各设计1对引物,第7外显子序列长度为883 bp,为便于检测,设计了2对引物。应用Sanger测序法对APOL1基因进行测序,测序结果经Mutation Surveyor4.0.4软件处理,病例组共检出17例稀有变异,稀有基因变异检出频率8.5%(17/200)。对照组没有稀有变异。病例组和对照组均检出3个SNPs。去除dbSNP中已收录的变异、去除1000 genome和E SP数据库中频率大于1%(显性)或5%(隐性)的变异、去除同义变异之后,利用 MutationTaster(http://www.mutationtaster.org),Polyphen-2(http://genetics. bwh.harvard.edu/pph2)和 SIFT(http://sift.jcvi.org)网站对所有未及报道的错义突变、插入突变、移码框突变等可能影响蛋白功能的变异进行功能预测,发现其中只有2例是第五外显子的稀有变异,可能机制是这2例具有使蛋白质功能缺失的突变(loss of function mutation),而其他稀有变异可能是良性变异,没有致病性。我们应用SNaPshot技术检测MYH9基因6个SNPs,检测结果使用ABI公司的Genemapper4.0软件进行分析,MYH9基因6个SNPs的基因型均检测出来。  结论:本研究应用Sanger测序法对APOL1基因进行测序,病例组共检出17例稀有变异,检出频率8.5%(17/200)。对照组无稀有变异。其中只有2例稀有变异是可能具有使蛋白质功能缺失的突变,且在病例组具有重现性,表明APOL1基因变异可能与高血压肾病相关。APOL1基因的3个SNPs可能与宁波地区汉族人群高血压肾病无关。APOL1基因编码的APOL1蛋白在细胞膜的结构和功能的发展和维持中具有重要作用,会导致对肾脏损伤的易感性。本研究应用SNaPshot技术检测MYH9基因6个SNPs的基因型,MYH9基因突变可引起局部肾小球足突融合,足细胞裂孔膜消失进而损伤肾脏,但是经过统计分析发现 MYH9基因单核苷酸多态性(SNPs)可能与宁波地区汉族人群高血压肾病无关。
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