随着全球人口的持续增长和环境变化,越来越多的动物因受人类活动的影响而灭绝。珍稀濒危动物的社会组织结构及功能与物种濒危的关系,也是一个亟待解决的重大科学问题。本研究在秦岭腹地保护区,选择金丝猴这一旗舰物种,基于个体识别与标记,遗传学样本的采集与分析的基础之上,一方面开展该物种种群遗传结构与历史动态变化的研究,另一方面,根据川金丝猴特有的重层社会结构—全雄群（all-male band:AMB）进行观察与分析,揭示濒危物种在社群稳定机制中,该物种特有的社会组织结构与濒危及种群衰退的关系,即可以对抗栖息地破碎化的负面影响。提出了秦岭川金丝猴特有社会结构在种群社会关系中发挥积极作用的新理论。基于以上两方面的研究,我们得到了如下的结果。首先,在秦岭川金丝猴种群结构与历史动态变化研究中,通过在秦岭地区5个县的秦岭川金丝猴代表种群的采样与分析,我们发现这5个种群可以聚类为3个不同的亚群,有3个种群遗传结构相似聚类为一个亚群,其他两个各自分别为一个亚群,并且5个种群存在不对成的历史基因流以及较为对称的当代基因流。进一步结合DIYABC的分析,揭示了种内分化是伴随着有效种群大小的变化。ENMs结果表明,该物种的分布范围在末次冰盛期（LGM）有所扩大,并且地质因素可能是秦岭川金丝猴遗传分化的原因之一。其次,破碎化的栖息地会对地球上多种物种带来极大的负面影响,因为遗传物质交流减少,由此引发遗传多样性降低、种群瓶颈效应和近交衰退的风险,在濒危物种中属于常见情况,在许多非人灵长类动物中亦存有。但是在上述的研究中,发现位于即使位于破碎化栖息地的川金丝猴种群却具有相似的遗传结构。那么这一濒危的灵长类物种是如何通过自身调节机制,促进种群之间的基因流,避免破碎化引发的有害影响呢?我们采集了秦岭周至地区4个相邻的繁殖群和1个全雄群,通过对13个微卫星位点的种群遗传分析,所得结果首次证明了社会结构可以促进群体间的遗传物质交流。也就是说,全雄群可以重新分配种群之间的遗传物质,这种社会机制在保持孤立种群的遗传多样性和减少遗传近交的风险方面发挥了重要作用。由于重层社会结构始终伴随着社会群体的聚集,因此,我们预测这种复杂的社会系统有利于适应环境机制的变化。本研究中,我们探讨了秦岭川金丝猴的遗传结构与历史动态变化之间的相互关系,以及该物种的特殊社会结构在响应环境变化以增加其适合度的进化机制。此外,这项研究也对包括其他动物的社会和人类社会在内的复杂性进化具有潜在的影响。