猪嵴病毒(Porcine kobuvirus，PKoV)属微小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)，嵴病毒属（Kobuvirus），为单股正链RNA病毒。PKoV是否致病目前尚没有研究证据证明，但是在猪群中感染率很高，其在猪体内的长期存在，可能对宿主有致病影响。目前国内外针对猪嵴病毒的研究甚少，因此有必要对其进行相关基础研究。本文主要从PKoV流行病学调查、全基因组序列分析、荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用等方面进行，结果如下:根据GenBank上发表的PKoV全基因组序列，在3D保守区设计特异性引物，对上海周边地区采集的116份猪粪样品进行PCR检测。结果显示PKoV阳性率为38.8%。三个不同区域中感染率分别为46.7%、35.1%和32.4%，结果证实PKoV在上海周边地区猪群中广泛存在。利用SPSS13.0软件对实验统计结果进行分析，结果表明仔猪可能比育肥猪更容易感染PKoV，并且可能与腹泻有关。利用MEGA4.0软件进行系统进化分析，结果表明在上海地区PKoV存在基因多样性。根据已知的PKoV全基因组序列设计10对引物，进行全基因组序列扩增并进行序列分析。结果显示：病毒的基因组长度为8210nt,仅含有一个由7467个核苷酸组成的开放阅读框（open reading frames,ORF），编码一个多聚蛋白为2488aa。通过与参考毒株基因组序列Y-1-CH(GU292559)和S-1-HUN(EU787450)的比较，发现结构蛋白区比非结构蛋白区具有更多的基因突变。应用Simplot软件对PKoV进行全基因组序列的基因重组分析，结果表明该毒株可能发生了早期的部分基因重组，可能是PKoV基因多样性的一个重要基础。根据PKoV的全基因组序列设计荧光定量PCR引物，反应体系优化后，完成SYBR Green I荧光定量PCR检测方法的建立，同时进行传统PCR方法检测，两种方法进行比较。实验结果表明，在模板浓度7.02×101~7.02×109拷贝/μL范围内建立的标准曲线，相关系数r2=0.9975，线性关系良好，出现特异性融解曲线，检测最小浓度为7.02×101拷贝/μL，而传统PCR检测方法的检测最小浓度为7.02×103拷贝/μL。该方法重复性变异系数小（<1%）、稳定性高，能特异地检测PKoV，适合于PKoV感染的临床监测或流行病学调查等相关研究。对116份临床猪粪样品进行检测，显示敏感性明显提高。