近年来，高技术产业引进国内外先进的生产技术，并在此基础上坚持自主创新，创新生产活动的投入不断增加，生产能力也在逐渐提高。但高技术产业要想实现持久、稳定的可持续发展，不仅要依靠研发投入的增加，更要避免创新过程中创新生产效率的损失，重视创新效率的改善。中国市场化进程的弊端决不能视而不见，各地区要素市场扭曲问题严重。而要素市场作为创新资源流动和配置的平台，其扭曲程度必定会对创新效率水平产生最直接影响。因此，要素市场扭曲与创新效率的关系就成为一个重要研究方向。　　以往的学者就要素市场扭曲问题的探讨主要集中在要素市场扭曲与就业、出口、投资、企业研发投入等等的关系，对创新效率的关注较少。直到近年来，部分学者才对要素市场扭曲与创新效率的关系展开研究，但他们的研究仍然将创新生产活动视为是整体活动。事实上，企业的创新生产活动是十分复杂的动态发展过程，可以从研发过程和经济成果转化过程分别考虑。同时，不同企业资源禀赋亦不相同，创新效率也差异甚大，有必要对企业特征在要素市场扭曲与创新效率的关系中所起到的作用展开讨论。因此，本文以中国高技术产业2008-2015年各省份数据为研究样本，基于两阶段创新价值链视角，利用超效率DEA模型构建创新效率的测度模型，将创新效率的研究分为研发和经济成果转化两个阶段，分析了要素市场扭曲与创新效率的关系。同时，对企业特征在要素市场扭曲和创新效率的关系中的调节作用进行了进一步研究，旨在为企业创新效率的提高提供借鉴。　　本文的研究结论如下：（1）在考察期内，中国高技术产业整体创新效率和两阶段创新效率均不高，不同区域、不同阶段的创新效率均存在着明显差异。从平均效率来看，东部地区的效率明显高于中部和西部地区。（2）要素市场扭曲与整体创新效率和两阶段创新效率均呈现显著的负相关关系，即要素市场扭曲抑制了创新效率的提高。（3）企业绩效、企业科研投入以及企业外向度在要素市场扭曲与整体创新效率和研发阶段创新效率的关系中均起到了正向调节作用。而企业规模在要素市场扭曲与整体创新效率和研发阶段创新效率的关系中没有显著影响。（4）企业绩效在要素市场扭曲和成果转化阶段创新效率的关系中则起到正向调节作用。而企业规模、企业科研投入以及企业外向度在要素市场扭曲与成果转化阶段创新效率的关系中均没有显著影响。