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野败型花粉败育材料的发现,核质互作雄性不育系的问世,杂交稻实现了三系配套,杂交稻在生产上广泛应用,带来巨大的经济效益。同一细胞质对不同性状的影响如何,不同来源、不同类型的细胞质的效应有何异同,以及如何合理利用多样性的雄性不育细胞质源,是杂交水稻育种与生产的重大课题。DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰,存在于许多高等动、植物中,在基因表达调控、植物细胞分化、基因组印记以及系统发育中起着重要的调控作用。许多研究发现DNA甲基化的变异能通过细胞的分裂传递给后代,为物种的变异和进化提供了机遇。目前对DNA甲基化检测方法可概括为三类:基因组整体水平的甲基化检测、基因特异位点甲基化的检测和新甲基化位点的寻找。其中改良的AFLP方法（MSAP）可用于检测基因组DNA5’-CpCpGpG位点甲基化水平。本研究利用冈型、D型、野败型、印水型四种不育系及其相应保持系分别与恢复系蜀恢527杂交,研究胞质对杂交后代主要农艺性状诸如株高、有效穗、穗长、结实率、千粒重、产量以及光合速率的影响,并利用MSAP技术对四类组合的亲本（保持系及相应不育系）及其对应杂交后代进行分析,以进一步了解水稻雄性不育细胞质效应。取得的主要结果如下:1.由于保持系与其相应的不育系具有同核异质的特性,通过对保持系与恢复系的杂交后代F1和相应的具有同核异质不育系与恢复系的杂交后代在生物性状上相比,前者在穗长、有效穗、千粒重、结实率、和光合速率上占优势,而在株高上则相反。2.通过对具有同核异质的保持系和相应的不育系的甲基化水平分析发现,各个组合的保持系的甲基化敏感扩增多态性比其相应的不育系的甲基化水平有所下降,下降范围为1.13%～3.35%。其中冈46B和冈46A相差达最大值3.35%,金46B和金46A相差达最小值1.13%。3.通过对各组合的杂交后代F1的甲基化水平分析发现:F1B和F1A、F2B和F2A、F3B和F3A、F4B和F4A相比甲基化敏感扩增多态性下降了0.71%、0.31%、2.39%、0.39%,全甲基化率下降了1.05%、0.34%、1.05%、0.88%。其中F3B和F3A相比的甲基化敏感扩增多态性和全甲基化率分别下降达最大值2.39%、1.05%。4.通过比较杂交后代F1与其相应亲本的带型,推测其有5种类型的变化:A型,杂交后代与其亲本甲基化模式相同;B型,去甲基化;C型,超甲基化:D型,次甲基化;E型,不定类型。5.在形成杂交种过程中,保持系与R527杂交种F1的甲基化降低的程度比具有同核异质的不育系与R527杂交种略高,而在与相应亲本甲基化水平的增加或保持亲本的甲基化水平方面相比,保持系与R527杂交种比相应不育系与R527的杂交种略低。