个人所得税作为我国重要税种之一,自1980年开征至今已有40年,为了适应社会经济发展需要,我国对个人所得税法做了多次修改补充,以求更加科学合理。2018年8月31日,我国颁布的新《个人所得税法》是对个人所得税的第七次修订,具有跨时代的意义,自此我国个人所得税开启全新的综合与分类相结合的税制模式,增加了综合所得年终汇算清缴的环节,与国际上个人所得税的课税模式接轨。个人所得税年终汇算清缴可以在预扣预缴的基础上“查漏补缺,汇总收支,按年算账,多退少补”,通过年度汇算准确计算全年应纳个人所得税额,将税收优惠及各项附加扣除政策落实到位,保证税制公平。目前,我国个人所得税综合所得汇算清缴处于起步阶段,尚需不断加以完善和改进。因此,研究完善我国个人所得税综合所得汇算清缴制度,仍具有重要的现实意义。本文通过对我国及M省个人所得税综合所得汇算清缴现状进行分析,基于信息不对称理论、协同治理理论及税收遵从理论,运用文献研究法、比较研究法以及问卷调查法三种研究方法,发现我国个人所得税汇算清缴在运行过程中存在纳税人对新税制认可程度不高、源泉扣缴优势被削弱、纳税人自行申报能力较弱、税务机关征管能力与新税制不相匹配等问题;分析个人所得税综合所得汇算清缴制度设计不够完善、征管机制建设有待优化、个人所得税纳税环境欠佳等问题成因。通过借鉴国外先进经验,结合我国实际情况进一步提出完善个人所得税综合所得汇算清缴制度提升纳税人认可度、优化个人所得税汇算清缴征管机制、改善个人所得税纳税环境等对策建议。