综合执法打破了几乎所有政府部门都有执法任务的传统。由少数部门负责集中执法,不仅满足了执法队伍人员“精简”的要求,也减少了部门各自为政、职权互相冲突的情形,能够有效提高执法效能,符合公共治理的精神以及现代行政的发展趋势。生态环境保护综合执法改革不仅是新公共管理体制改革中的亮点,也是建设法治政府、服务型政府的重点。随着2018年政府机构改革的推行,我国的生态环境保护综合执法改革取得了显著成就,但同时也出现了种种问题,制约了环境综合执法的进一步发展。20世纪90年代兴起的公共治理理论,为思考和研究政府公共管理模式以及治理结构的转型提供了新的理论视角。综合执法改革是在过度分权而引发的部门行政的现实困境下,对公共治理理论的实践回应。文章尝试从公共治理的角度出发,分析生态环境保护综合执法改革中存在的问题,并据此提出在公共治理视域下完善生态环境保护综合执法改革的对策,以突破现行环境执法体制改革中的难点。第一部分,介绍环境公共治理的背景和发展趋势,并通过理清环境公共治理与环境综合执法之间的关系,突出了环境综合执法改革在环境公共治理中的重要作用。并从传统环境执法体制的弊端出发,通过分析综合行政执法的优越性,论述了环保综合执法改革的必要性。第二部分,叙述了生态环境保护综合执法改革的历程,重点介绍了在环境综合执法改革进入新阶段以后,改革所涉及的主要内容,分析了环境综合执法的模式、领导体制、层级设计、主体地位以及队伍建设。第三部分,在公共治理的视域下挖掘问题,用发展的眼光剖析问题,区分改革在新阶段中尚未解决的问题与新出现的问题。尽管生态环境综合执法改革在行政执法体制改革的新阶段突破了传统执法体制的许多弊端,但仍有一些问题未能得到解决。不仅传统强制执法方式效果欠佳,改革法律基础薄弱以及公众参与度低等老问题仍然存在,而且还出现了部门协同机制欠缺,县级环保部门丧失独立的行政主体地位以及综合执法权力配置不清等新问题亟待解决。最后,公共治理范式强调不同主体之间的沟通与协作,强调公众参与,强调政府在多元治理中的主导作用,强调法的科学性以及政府角色由统治到合作、由管理到服务的转变。建议在公共治理的视域下进行生态环境保护综合执法改革,针对生态环境保护综合执法改革中所存在的问题,结合公共治理理论的内容提出相应的对策。通过促进部门协同、保障行政权能、转变执法方式、增强法律保障以及扩大公众参与,完善生态环境保护综合执法改革,推动传统科层制治理向环境公共治理转变。