近年来，研究吕柟的学者越来越多，但就他的学术思想特质和所属学派，还存在不少争议。
　　本文试从以下几个方面对其思想进行梳理，探究他的思想特质。
　　第一，理气观，吕楠认为理、气、性不分离，理和性贯穿于“气”之中，“理”是从人事中产生的，所以“通人则通天地”，天命也只是个气，和气为一体，把气和人事放到最高位置。
　　第二，人性论，吕柟认为人性论的根本目的和意义在于，为人们能为善去恶确立一个前提和根据，使人们相信人性本善，相信自己可以也应该为善去恶，没有为什么，就像宗教信仰一样，并不需要繁琐的推理论证，所以，他赞同先秦的人性说，对宋代张载、二程等人的人性论有所批判。
　　第三，格物致知，他认为格物在随时随处格，凡念虑所起，身之所动，事之所接皆是，皆要穷尽其理，格物要“远取诸物”，还要“近取诸身”。格物要尽量多格，也要有侧重点，拣每个人的不足处格。大家都不足的是嫌贫爱富，解决的办法是甘贫少欲。他认为致知和格物是一个过程，德性之知来自闻见之知，从闻见之知处做，更具操作性。
　　第四，知行观，吕柟同意王阳明的真知必行、行后方才算知、不知不行、知行联系密不可分等观点，但是他始终强调知先行后的顺序，实质强调的是格物致知的重要性，因为王阳明认为致良知才是根本。他对王阳明“致良知”的批评，主要因为它太混沦，没有针对性，不能因人而施，容易误导人。
　　第五，戒惧、慎独、致曲工夫。吕柟认为它们是侧重于内心的格物，是于“念虑之所起”处格物，和格物致知是一个工夫，是格物致知的关键点。
　　第六，格物致知的目的:成仁。仁是做好格物致知之后的结果和目标，在他看来仁是“好问好察”、“以能问于不能”、“浑然与物同体”和“视天下无一物非我”的体验和境界。
　　总之，吕柟在坚守程朱理学思想的同时，又对其批判;在批判阳明学派的同时，又和他有不谋而合之处;为学方法上，他倾向于朱熹、程颐一类时时处处存心不放、在日常生活中踏踏实实格物致知，逐渐积累进而上达的为学路线，但他又十分欣赏程颢、尹彦明等人舒展的、圆融洒落的自由境界，对朱熹和程颐严毅敬畏的形象颇多微词，他希望在他给人的感觉是后者，但是背后的工夫是前者，试图将两者和谐的融为一体。