【摘 要】
:
[目的]基因组大小(Genome Size)又称之为C值,是指生物单倍体基因组的DNA含量,是生物的特有属性。生物的形态、生理和行为等特征与基因组大小息息相关,而影响基因组大小最重要的原因是重复序列含量的差异。因此,重复序列的差异受到生物学家的广泛关注。全基因组测序显示,基因组大小与重复序列存在正相关关系。重复序列的差异也会造成真核生物之间基因组长度的差异,重复序列片段插入与缺失的相对频率是造成基
论文部分内容阅读
[目的]基因组大小(Genome Size)又称之为C值,是指生物单倍体基因组的DNA含量,是生物的特有属性。生物的形态、生理和行为等特征与基因组大小息息相关,而影响基因组大小最重要的原因是重复序列含量的差异。因此,重复序列的差异受到生物学家的广泛关注。全基因组测序显示,基因组大小与重复序列存在正相关关系。重复序列的差异也会造成真核生物之间基因组长度的差异,重复序列片段插入与缺失的相对频率是造成基因组大小进化的主要原因之一。蝗亚目昆虫在进化过程中基因组持续增大与重复序列的类型、含量和分布模式之间的关系还不清楚。本文以秦岭蹦蝗(Sinopodisma qinlingensis)为研究对象,运用基因组探查测序、流式细胞术和荧光原位杂交等遗传学技术探究秦岭蹦蝗基因组大小、重复序列类型、含量及在染色体的位置。[方法]本研究采用流式细胞术,以雄性东亚飞蝗(Locusta migratoria manilensis(Mey.))基因组大小作为内部参照标准,测定了雌性和雄性秦岭蹦蝗基因组大小,并对雌雄两性间基因组大小的差异进行t-检验分析。然后,采用下一代测序技术测定秦岭蹦蝗基因组数据并用RepeatExplorer2分别分析抽取的3个0.1X秦岭蹦蝗基因组数据,确定秦岭蹦蝗重复序列的类型和含量,将三次结果中重复序列的含量求平均值为最终重复序列含量的结果,同时比较不同样本分析得到的秦岭蹦蝗重复序列类型和含量的差异。之后,在MEGA软件中采用最大似然法分别对秦岭蹦蝗重复序列的长末端重复序列(LTR)和长散在重复序列(LINE)进行系统发育树的构建,分析LTR序列和LINE序列的进化特征。最后,采用荧光原位杂交技术,确定秦岭蹦蝗重复序列中7个卫星DNA和5个LTR在染色体上的位置。[结果](1)测定的雌性秦岭蹦蝗的基因组大小为11.3677pg,雄性秦岭蹦蝗的基因组大小为10.9455pg,二者相差0.4222pg。运用t-检验方法对秦岭蹦蝗雌雄个体间基因组大小进行比较分析,结果表明二者之间存在着极显著差异(P<0.01)。(2)运用RepeatExplorer2分析得到秦岭蹦蝗重复序列总含量为63.58%,重复序列的类型及相对含量为 45SrDNA0.38%、satellite2.97%、LTR17.74%、penelope2.22%、LINE9.70%、maverick 11.44%、helitron0.33%、plastid0.01%、mitochondria0.10%、unclassified mobileelement5.10%、unclassified repeat13.59%。选择不同数据样本对重复序列总含量和绝大多数类型的影响较小,对少数重复序列类型(例如maverick)的含量有一定影响。(3)对LTR系统发育分析表明LTR中Ty3-Gypsy含量最多;对LINE系统发育分析表明绝大部分LINE序列具有同源性,且在进化分歧程度相似。(4)荧光原位杂交结果表明,除了 SatDNA-07在染色体上的分布模式为非聚集型,其他的6种卫星DNA和5种LTR在染色体上的分布模式为聚集型。定位在染色体上的7个卫星DNA和5个LTR中,大多都定位在了常染色体上,只有SatDNA-03定位在了性染色体上。在本研究中的7个卫星DNA的荧光信号大多分布于染色体的中间或两端。[结论]秦岭蹦蝗基因组超过10Gb,雌雄基因组大小差异极显著差异(P<0.01);重复序列总含量为63.58%,随机取样对研究重复序列的影响较小;LTR中Ty3-Gypsy含量最多。
其他文献
背景:慢性阻塞性肺疾病(简称慢阻肺)是一种常见的慢性呼吸系统疾病,以气道和/或肺泡异常造成的不可逆持续性呼吸道症状和气流受限为重要特征。近年来,全球慢阻肺患病率处于较高水平且不断上升,为社会和个人带来了严重的疾病负担和经济负担。已有研究发现不同地区慢阻肺患病率不同,可能与环境因素、经济发展水平、城镇化和人口老龄化等因素相关。甘肃省位于中国西部,经济发展较滞后,当地农村居民慢阻肺流行状况还未见系统报
随着能源危机和环境污染问题的日益严重,急需研发高效环保的储能器件来实现能源的存储和有效利用。在众多能量存储设备中,陶瓷介质电容器因其超高功率密度和超快的充放电速度,可广泛应用于现代电子设备和脉冲功率系统。然而,相对于其他储能器件而言陶瓷介质电容器较低的能量密度和储能效率限制了它们的实际应用。因此,设计开发综合性能优异的储能陶瓷材料具有重要的现实意义。其中,K0.5Na0.5NbO3(KNN)陶瓷因
背景这些年来,随着临床急救水平的不断提升,逐渐提升了窒息、休克、心肺复苏、心肌梗塞等疾病危重患者的生存率,这些疾病会导致患者出现去哪些缺血损伤以及缺血之后再灌注损伤,影响到大脑的复苏情况。怎样在脑复苏后减少神经元死亡和线粒体损伤情况的发生率,本次探究亚低温通过冷诱导RNA结合蛋白(cold-inducible RNA-binding protein,CIRP)介导的抗凋亡信号转导通路对心肺复苏(c
咳嗽是人体自身的一种具有保护性的反射动作,偶尔或轻微咳嗽可看做正常反应,不需要服用镇咳药。但咳嗽剧烈且频繁,影响患者的生活和健康时,则必须选用镇咳药,尤以能够迅速镇咳为最佳。杏苏止咳类方剂是常用的止咳祛痰药,现有的药物剂型以液体制剂和颗粒剂为主,其中,液体制剂所含的药物分散程度大,易引起一些化学成分的降解,同时液体制剂在携带、储存、运输方面多有不便。除此之外,液体制剂还容易产生物理稳定性等问题;而
柴油机在商用车的中、重型车辆中作为主要动力使用,其动力性强、油耗低等优势较为突出,但是其排气污染物对大气环境的影响一直是国际社会重点研究的方向。我国柴油机从国IV排放标准阶段就开始就使用选择性催化还原技术(Selective Catalytic Reduction,SCR)方案来降低柴油机排放物中的氮氧化物(NOx)。国VI阶段的排放标准对排气污染物的控制提出了更高的要求,对NOx的转化效率要求更
网络技术飞速发展,云计算和云存储已经成为Internet的基础服务。个人用户和企业用户愿意将自己的数据托管至云服务器存储。然而,外包给云服务器计算或者存储的数据面临着数据损毁和数据泄露的风险。用户选择对敏感数据进行加密,之后外包给云服务器,这一措施有效的保护数据隐私,但却对数据的使用造成障碍。可搜索加密技术的出现给解决这个问题提供有效途径,用户可以直接在加密数据上进行诸如搜索、计算等复杂操作。特别
目的:本研究基于锆卟啉金属有机框架(ZrMOF)材料和荧光染料修饰的单链DNA分子(ss DNA),构建了一种用于简单、快速、超灵敏、高特异性检测核酸生物标志物的开关型荧光生物传感方法,为个人健康与公共安全提供技术保障。方法:本研究利用水热法合成了一种新型晶态多孔材料锆卟啉金属有机框架(ZrMOF)材料,并将其作为高效的荧光猝灭剂,以6-羧基荧光素染料(FAM)修饰的ss DNA序列(FAM-P1
研究目的:角质形成细胞来源于外胚层,是表皮的主要细胞类型。小鼠是当前用于研究人类疾病最重要的模式生物,通过基因编辑技术,小鼠角质细胞正被广泛用于研究表皮屏障、瘢痕形成、银屑病等生理病理机制,具有广阔的应用前景。然而,目前文献中小鼠角质细胞的分离、培养方法各不相同,在体外传代过程中也很容易发生分化和衰老,亦存在贴壁困难、成纤维细胞污染等问题,大大影响了小鼠角质细胞的临床应用。因此,本研究拟对小鼠角质
玉竹是百合科植物玉竹Polygonatum odoratum(Mill.)Druce的干燥根茎,为药食同源物质,具有养阴润燥、生津止渴功效,广泛用于药品、保健食品、化妆品等行业。玉竹资源辽阔,因生境不同使其成分有别,导致疗效差异。现代药学研究显示,玉竹中的四种高异黄烷酮(Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ),在抗癌、抑菌、抗氧化及对蛋白质非酶糖基化等方面具有较强生物活性,但2015年版《中国药典》一部,在玉竹活性成分