【摘 要】
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目的:SARS-Co V-2感染引起的COVID-19从轻度疾病发展为重度疾病时,可引发一系列并发症,并刺激强烈的细胞和体液免疫应答。据报道,免疫细胞在COVID-19的发展进程中起着关键作用。然而,血液免疫细胞反应动态的精确识别,以及与COVID-19患者疾病发展的相关性仍不清楚。进一步了解在COVID-19患者疾病进展过程中,免疫细胞的作用机制,可为COVID-19治疗提供新的治疗方向。我们在
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目的:SARS-Co V-2感染引起的COVID-19从轻度疾病发展为重度疾病时,可引发一系列并发症,并刺激强烈的细胞和体液免疫应答。据报道,免疫细胞在COVID-19的发展进程中起着关键作用。然而,血液免疫细胞反应动态的精确识别,以及与COVID-19患者疾病发展的相关性仍不清楚。进一步了解在COVID-19患者疾病进展过程中,免疫细胞的作用机制,可为COVID-19治疗提供新的治疗方向。我们在这项研究中,从单细胞转录组水平上分析了COVID-19患者外周血中免疫细胞随着患者病情加重的一个动态变化。除此之外,与以往细胞命名不同的是,我们首次将免疫细胞在疾病发展过程中对病毒响应的数量动态变化进行命名和进一步的分析,并找出每组亚群中的特有基因和共有基因进行KEGG和GO分析。并找出了在COVID-19患者疾病进展过程中,COVID-19患者体内不同免疫细胞类型抗病毒免疫调节机制。最后,我们还结合相关核酸样本验证相关通路基因在COVID-19患者中的表达差异,并探讨其在COVID-19治疗中的临床意义。方法:我们在单细胞转录组水平上研究了健康、轻度和重度患者血液免疫细胞反应动态变化。首先,从GEO数据库中下载COVID-19患者外周血单细胞转录组数据,筛选并整合来自不同平台的数据。然后,通过Cell Ranger上游数据分析软件对数据进行质控。利用Seurat R包,对单细胞数据进行下游数据质控降维和聚类,使用Seurat默认的wilcox方法通过找出显著高表达差异基因,再根据细胞类型特异性表达的marker基因识别,鉴定出细胞类型。接下来统计每种细胞占比,发现T细胞和NK细胞占比最多,我们对T细胞和NK细胞进行了亚群分析。与以往细胞命名不同的是在亚群分析中我们首次提出利用细胞数量的变化来建立新的亚组,分为四组:先增加后减少(H_L_Group)、先减少后增加(L_H_Group)、持续增加(H_Group)和持续减少(L_Group)。接着,我们使用Cluster Profiler R软件包用于研究GO和KEGG的通路富集分析,我们对单细胞亚群进行了GSEA分析以及细胞亚群代谢通路活性。最后,我们从泸州市疾控中心获取了COVID-19患者和健康人的核酸样本,通过q PCR对相关基因进行了表达水平的验证。结果:在疾病进展过程中,我们发现T细胞先增加后减少,而NK细胞则不断减少。在T细胞亚群中免疫反应主要集中在H_L_Group细胞类型中,并发症的发生主要在L_H_Group的细胞类型中,NK细胞亚群中,中度患者主要与细胞免疫有关,重度患者主要与疾病引起的并发症有关。还值得注意的是,氧化磷酸化的变化是导致代谢异质性的主要因素。结论:总之,我们的研究提供了人类血液中的免疫细胞在SARS-Co V-2感染过程中的动态反应,并首次利用细胞数量动态变化进行亚群分析,为临床治疗COVID-19提供了新方向。
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