近几年来,我国经济高速发展,环境却呈现资源约束趋紧、环境污染严重、生态环境退化的严峻形势,国家对生态环境的保护十分重视,出台一系列的法律法规和政策文件,来保障生态环境,但是自然资源作为环境的重要组成部分,并没有得到充分的保护。一方面是因为自然资源的相关概念仍旧模糊;另一方面是存在制度的缺失。本文第一部分从典型案例入手,揭示近年来司法实践中忽视自然资源保护的现状,并且通过自然资源与环境等概念的比较和分析,明确自然资源的定位和特性,即具有非专属性和有用性,对于自然资源的损害应当可以通过环境公益诉讼制度进行救济,然后通过对环境民事公益诉讼的法律规定历史沿革的梳理,发现其对自然资源保护的不足。第二部分分析我国自然资源损害法律救济的现状,包括目前具备原告资格的各个主体提起公益诉讼的理论依据、法律规定和实践中的劣势,即社会组织分布不均等问题,检察机关在证据收集等方面的专业性不足、获取案件线索困难等问题以及行政机关执法中采用罚款的方式不能填平损失等问题,进而说明自然资源管理部门提起自然资源公益诉讼的重要性和必要性。第三部分分析自然资源管理部门提起自然资源公益诉讼的可行性,在自然资源遭到破坏时国家作为所有权人有权提起公益诉讼,但是国家是一个政治概念,难以提起诉讼,并且在2018年国家进行了大部制的改革,建立了自然资源部,统一行使自然资源所有权,由自然资源部为代表的自然资源管理部门行使自然资源损害的索赔权具有正当性和可操作性。同时,在司法实践中已经存在少数自然资源管理部门提起自然资源公益诉讼的案例,有效保护了自然资源,这为建立自然资源管理部门提起自然资源公益诉讼提供了实践经验,也体现了司法实践对制度构建的呼吁。第四部分为制度构建,首先明确自然资源管理部门范围,仅仅靠中央自然资源部进行自然资源保护又出现鞭长莫及的情况,故而需要明确各级政府和地方自然资源管理部门的职权。其次,在各个单行法中完善对自然资源本身损害的民事赔偿责任的规定。再者,建立自然资源公益诉讼的诉前磋商制度,加速自然资源的修复进程,并且参考海洋自然资源赔偿范围的规定,明确自然资源公益诉讼的赔偿范围。最后确定自然资源公益诉讼的各个主体的起诉顺位,让自然资源的救济更有秩序。