16世纪，整个欧洲发生了一场影响深远的宗教改革运动，英格兰、苏格兰在这场改革运动中先后成为新教国家。虽然同为新教，但是苏格兰的长老会与英格兰的安立甘宗存在很大差异。
　　1603年，苏格兰与英格兰实现王位联合。王位联合时期，英格兰国教在共主国王的支持下逐渐取代了长老会在苏格兰的国教地位，这激起了苏格兰人民的强烈反抗。1638年，苏格兰长老会起草了反对国王的《神圣盟约》，并成立了盟约派。1639-1641年，盟约派发动了旨在捍卫苏格兰长老会的军事行动，并打败了共主国王和主教。这直接导致了在王位联合框架下，苏格兰与英格兰之间的关系矛盾重重。苏格兰长老会从反对国王的宗教政策，渐渐演变成反对两个王国的王位联合。
　　苏格兰与英格兰的关系在1643年发生转机。这一年，由于对共主国王都存在不满，苏格兰盟约派和英格兰议会签订《庄严同盟》，长老会派军南下和英格兰议会军共同对抗查理一世。长老会的意图在于，与英格兰联手打败国王后，将苏格兰的长老会推广到英格兰。但这最终伴随着属于独立派的克伦威尔在英格兰建立统治无果而终。此后，苏格兰与英格兰再次兵戎相见，直至克伦威尔武力征服苏格兰。克伦威尔在苏格兰实行宗教宽容政策，此宗教宽容政策与詹姆斯一世及查理一世在苏格兰实行的宗教同化政策相比，在一定程度上要好于后者，苏格兰长老会在克伦威尔时期的处境得到改善。
　　但苏格兰长老会追求的是长老会在苏格兰的统治地位，而非长老会与天主教等其他教派共存。长老会对克伦威尔宗教宽容政策的反感，在一定程度上，推动了苏格兰与英格兰共同支持查理二世复辟斯图亚特王朝。不久后，苏格兰与英格兰恢复王位联合关系。但此后的查理二世和詹姆斯二世在苏格兰的宗教政策与查理一世并无大异，在长老会与共主国王的斗争中，苏格兰与英格兰的关系再次陷入动荡。在英格兰爆发光荣革命之后，苏格兰也爆发了类似的改革，苏格兰与英格兰一并废黜了詹姆斯二世的国王地位。这将苏格兰与英格兰的关系推到了历史的十字路口，苏格兰与英格兰很可能彻底结束王位联合，再次成为两个完全独立的国家。
　　苏格兰对已就任英格兰国王的威廉三世明确表明:威廉三世必须接受、尊重和保护苏格兰长老会，苏格兰才有可能任命其为苏格兰国王。在威廉三世妥协的前提下，苏格兰长老会经过深思最终同意威廉三世出任苏格兰国王，苏格兰与英格兰延续了王位联合的关系。此时的王位联合关系与詹姆斯一世、查理一世、查理二世及詹姆斯二世时期的王位联合已有显著不同，即苏格兰与英格兰处于相对平等的地位，共主国王及英格兰不可能再用安立甘宗同化苏格兰的宗教信仰。
　　17世纪末18世纪初，两王国的关系若能从王位联合发展到合并，这将会有助于两国关系走向新的发展阶段。而一向敏感的宗教问题成为苏格兰与英格兰的主要障碍之一，鉴于历史上安立甘宗对苏格兰长老会的不断伤害，长老会对与英格兰合并疑虑重重。经过商讨，英格兰与苏格兰最终决定，在联合王国内安立甘宗与苏格兰长老会相互独立。在得到基本保障的前提下，为了苏格兰民族的整体利益和长远发展，苏格兰长老会最终同意与英格兰合并。可以说，在一定程度上，是苏格兰长老会的明智态度使苏格兰与英格兰得以顺利合并。