新型农村合作医疗制度（简称新农合制度）与农村医疗救助制度是农村医疗保障体系的主要内容。其中新农合制度是其主体内容，农村医疗救助制度是补充内容，二者共同保障着农村居民的医疗健康。农村贫困人口在经济上处于弱势地位，面临着较严重的健康贫困问题。农村贫困人口是两项制度共同保障的对象，然而由于制度设计与投入等方面的原因使实际中两项制度的独立运行并不能很好的解决农村贫困家庭人口的医疗保障问题，农村贫困人口或者游离于新农合制度之外，或者只能从农村医疗救助制度中获得很少的医疗费用补偿。为了切实解决农村贫困人口的医疗保障问题，减轻其医疗费用负担，理论上与实践经验都一致认同农村医疗救助制度与新农合制度结合运行是有效的方法。本文从分析农村医疗救助制度与新农合制度独立运行对解决农村贫困人口健康贫困的不足入手，提出使农村医疗救助制度与新农合制度结合运行是现实条件下解决农村贫困人口健康贫困问题的有效方法。并进而从制度设计层面分析了使两项制度有效结合的方式，对两项制度结合运行中需要重点解决的问题及具体管理与服务上的关键环节进行了分析，提出使两项制度有效结合运行的基础与条件。最后还对影响二者有效结合运行的外部环境进行了讨论。