4个MiniSTR位点的遗传学调查

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目的:DNA的短串联重复序列(STR),由于其高度的遗传多态性和方法的简便性,在法医学方面成为主流的研究技术,特别是亲权鉴定和个人识别方面。正因为STR的广泛应用也暴露出缺陷,其中之一便是在微量物证及腐败检材方面的局限性。因为目前的CODIS系统中STR片段均大于200bp,在DNA含量很少的检材内很难有如此完整的大片段以供扩增,所以减小目标片段的大小,而又不影响其核心序列的扩增,理论上便能增加微量物证的DNA扩增效率,这就是设计MiniSTR位点的意义。MiniSTR即在STR扩增时将引物的设计更靠近核心重复序列的侧翼序列,使整个扩增产物的大小仅在150kb左右,这样就会降低DNA提取的难度,提高DNA的检出率。因为其核心序列并未改变,所以MiniSTR位点依旧保持了STR片段的遗传多态性,具有STR的全部优点。在2001年911事故时,已有将MiniSTR位点引用于个人识别,突出了其小片段的优势。而MiniSTR基因座已被欧洲DNA分型工作组(EDNAP)定义为新一代的遗传标记物。而在06年,美国AB公司推出了商业的MiniSTR试剂盒minifiler,其中包括了性别基因在内的9个CODIS系统内位点,但因为CODIS系统位点有限,而且大部分不适宜重新设计引物,所以开发CODIS系统外的位点成为研究的重点。我国也有了CODIS系统外位点的相关研究,而在河北,湖南等地的研究表明地区差别明显,所以不同地区的非CODIS系统调查有必要性,目前尚缺乏重庆地区的相关研究。为了给国产试剂盒的研究提供基础,对D1S1627,D2S441,D10S1248,D22S1045的4个MiniSTR基因座进行3色荧光标记,并制作相应的等位基因分型标准物,进行本地区的遗传学的相关调查。方法:采用chelex100的方法提取170份重庆地区无关的健康个体全基因组DNA,将PCR的扩增体系为10μL,将反应体系中的引物浓度、Mg2+浓度,循环数,退火温度,dNTP,DNA TAq酶都进行优化找出最适合的反应条件,然后再用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分离扩增产物后银染,选择适合的等位基因后将凝胶内的DNA回收,将回收物纯化后再次扩增,进行聚丙烯酰胺凝胶电泳检验和测序,按照国际法庭血液遗传学会(ISFH)推荐的命名方式将其命名,将通过调整其浓度使电泳图上得峰高达到一致。将实验室自制的等位基因标准物进行样本的遗传学研究。然后用TAMRA、6-FAM、HEX分别标记引物D10S1248,D2S441和D1S1627, D22S1045的上游引物的5’端。将自制的等位基因标准物和引物一起在ABI公司的3130测序仪上面电泳,进行基因分型分析。结果:复合扩增结果,10μL的复合扩增:10×PCR缓冲液:1μl,1mmol/L;MgCl2:0.6μl,25mmol/L;dNTP:1μl,2.5mmol/L;D2S441,D1S1627上、下游引物各0.20μl,10μmol/L; D10S1248,D22S1045上、下游引物各0.30μl,10μmol/L,Taq DNA聚合酶0.15μl,L (5U/μl),模板DNA1μl(1ng/μL),灭菌双蒸水2.55μl。PCR扩增参数:热循环参数为95℃:预变性3M,变性94℃:30S,退火59℃:30S,延伸72℃:60S,32个循环,72℃:15M。4个基因座分别检出6,9,9,9个等位基因和107种基因型,其基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。其中D1S1627,D2S441,D10S1248,D22S1045基因座在重庆汉族群体的杂合度分别依次为0.816,0.764,0.741,0.70;多态信息含量分别依次为:0.816,0.764,0.741,0.70;累计非父排除率为0.9999802,累计个人识别机率为0.950167。结论:制作的等位基因标准物可以用于作为MiniSTR基因座的分型,也可以用于法医学的个人识别和亲权鉴定的应用,完善了非CODIS系统MiniSTR基因座的基因频率的调查,为MiniSTR基因座商业化的试剂盒奠定了基础。
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