本文采用文献研究、比较研究、个案研究、调查与访谈研究等方法。完善院系内部两级管理的理论基础是新公共管理理论、组织结构理论。完善院系内部两级管理是适应高职教育规模扩张,提高管理效能的必然产物；是探索高职人才培养模式,加强专业建设的必然要求；是重塑高职院校办学理念,强化高职教育氛围的必然过程；是充分调动教职工主观能动性,实现资源优化配置的必然选择。当下,完善高职院校内部两级管理已取得的一定的成绩：高职院校管理组织结构更趋科学化,研究初见成效；管理核心地位转变,管理效能逐步提高；专业整合,系部综合实力逐步增强。但依然存在如下问题：管理体制缺失,规章制度不完善；自主权限缺乏,责权利不明晰；制度执行乏力,监督机制不健全；资源利用低效,配置不尽合理。造成这些问题的原因是：高职院校陈旧管理观念的束缚,高职院校固有管理模式的桎梏,高职院校体制创新实践的代价,高职院校管理人员素质的制约。因此,完善高职院校内部两级管理的对策是：转变管理观念,稳步推进院系两级管理体制改革；重新界定院系两级管理职权,理顺行政与学术权力之间的关系；建立健全院系两级教学与财务管理体制；建立一套切实可行的两级管理制度保障运行机制。