我国实行可持续发展战略以来，如何实现区域协调发展一直以来都是众多学者所努力研究的课题.经济的飞速发展使人民生活水平得到了很大提高，然而我国存在的粗放型经济发展方式，和产业结构层次低等问题，导致了我国城乡收入差距的扩大、区域经济、资源环境出现了尖锐的矛盾，这对我国经济持续健康发展带来了很大的阻碍。为规范空间开发秩序，促进区域协调发展，我国推出了主体功能区发展战略，根据不同区域的发展特点及资源环境承载能力，现有开发强度以及未来发展潜力来对区域的功能进行定位。本文正是基于此，按照区域的功能定位不同，实现有侧重点的评价指标体系构建。本文运用科学发展观、可持续发展理论以及发展经济学理论等相关知识，并在参考了国内外有关的理论研究及实证分析研究的基础上，对区域协调发展评价体系进行了深入的理论和实证研究。文章首先对主体功能区的思想来源--科学发展观进行了深刻内涵解析，并结合自身的知识和对区域经济的发展认识，充分考虑我国当前区域协调发展的现状，按照必须的原则，系统选取各项具有代表性意义的指标，建立以经济、社会、资源和环境四个指数的区域协调发展的指标体系。然后根据各个主体功能区的功能定位不同，在指标选取、权重测度上以区域功能定位为准线，结合系统优化思想分别针对优化开发区、重点开发区、限制开发区以及禁止开发区建立起一套能体现出区域主体功能定位特点的区域协调发展指标系统。建立了详细的评价指标体系后，本文运用模糊隶属度函数对指标数据进行无量纲化处理，运用熵值法来确定评价指标的权重系数，在此基础上建立了基于灰色关联分析的主体功能区下区域协调发展的综合评价体系，进而实现对不同主体功能区进行分类有侧重的评价。最后以浙江省为例，对本文建立的评价指标体系进行实际应用，并依据分析结果提出具有针对性意义的政策建议。