【摘 要】
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背景:结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)是最常见的消化系统肿瘤之一。近年来,发病率和死亡率仍然在缓慢上升,且发病率逐渐呈年轻化趋势,大部分患者就诊时已处于局部晚期或远处转移,远期预后欠佳。环状RNAs(circular RNA,circRNAs)是一种新近发现的5’端和3’端共价结合形成闭合环状的非编码RNA,越来越多证据表明,circRNAs参与调控恶性肿瘤的发生发展,在CR
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背景:结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)是最常见的消化系统肿瘤之一。近年来,发病率和死亡率仍然在缓慢上升,且发病率逐渐呈年轻化趋势,大部分患者就诊时已处于局部晚期或远处转移,远期预后欠佳。环状RNAs(circular RNA,circRNAs)是一种新近发现的5’端和3’端共价结合形成闭合环状的非编码RNA,越来越多证据表明,circRNAs参与调控恶性肿瘤的发生发展,在CRC的诊断和治疗方面有着广阔的临床应用前景。从人类基因组计划完成以来,针对全基因组的芯片及测序技术日趋成熟,为我们识别CRC特异性的生物标志物、挖掘潜在调控靶点、明晰基因层面上调控机制以及寻找治疗新策略提供了便利。目的:为了探究与结直肠癌发生发展相关的关键circRNAs,本研究运用生物信息学分析方法,对GEO数据库中CRC癌与癌旁组织的转录组测序数据进行circRNAs表达谱的鉴定及差异分析。并在临床样本中验证新发现的circRNA的表达,进一步运用生物信息学预测方法,评估是否通过内源性竞争性机制参与CRC的调控进程。方法:用CIRI2软件重新鉴定GEO数据库中10对结直肠癌癌与癌旁组织的circRNAs表达,通过R程序包DEseq2进行样本间circRNAs表达谱的标准化及差异基因分析,筛选出统计学上p值最显著的hsacirc0094177作为研究对象。收集苏州大学附属第一医院普外胃肠外科的31对CRC癌与癌旁组织样本,q-PCR验证hsacirc0094177在组织样本中的表达。划痕实验、Transwell小室实验、平板克隆实验探究hsacirc0094177对结直肠癌细胞的功能影响。miRanda软件预测hsacirc0094177上的miRNAs结合位点,q-PCR验证可能结合的miRNAs的靶基因表达,相关性分析评估hsacirc0094177是否通过内源性竞争性机制参与CRC的调控。结果:20个样本中共鉴定得到12897个circRNAs,其中2196个circRNAs仅在结直肠癌旁组织中被检测表达(N-特异性,N-secific),942个circRNAs仅在结直肠癌组织中被检测表达(T-特异性,T-secific),以及9759个circRNAs同时在癌与癌旁组织中被检测表达(common)。通过相对严格的筛查条件(差异倍数Fold change≥2且p-value<0.05),共发现在结直肠癌组织相对癌旁组织中差异性表达的475个circRNAs,其中上调175个,下调300个。聚类分析结果显示,这些差异circRNAs能够很好地将癌与癌旁组织区分开。hsacirc0094177的差异性p值最明显,在组织样本中被验证在癌组织中显著低表达。下调hsacirc0094177的表达可抑制结肠癌细胞的迁移和增殖能力。它与17个miRNAs存在2个及以上的结合位点。基于已有的文献报道,挑选在CRC中起抑癌调控作用的hsa-miR-16-5p的靶基因ITGA2进行q-PCR 验证,pearson 相关系数为 0.6923(p<0.001)。结论:CRC癌与癌旁组织中存在众多circRNAs表达失控,研究这些CRC相关的关键circRNAs潜在的功能及调控机制可为CRC的诊治提供新依据。hsacirc0094177在CRC中显著低表达,但促进结直肠癌细胞的增殖与迁移,它可能作为一种内源性竞争RNA,通过竞争性结合对应的miRNAs,在CRC中发挥重要调控作用。
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