【摘 要】
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前沿生物信息学,研究的主要目标是基因组与蛋白质序列,基因组序列是由四种碱基排列而成的功能序列,这样的碱基组合结构又称为生物的遗传信息,不同物种携带的遗传信息各不相同。本文以RNA病毒为研究对象,探索RNA病毒的基因特征以及新的病毒比较分类方法。从变值测量理论出发,先对选定病毒的变值测度进行统计,得到多维测度特征,对基因序列进行差异对比以及对特征向量投影,生成基因的差异折线图,清晰地反映多组对比序列
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前沿生物信息学,研究的主要目标是基因组与蛋白质序列,基因组序列是由四种碱基排列而成的功能序列,这样的碱基组合结构又称为生物的遗传信息,不同物种携带的遗传信息各不相同。本文以RNA病毒为研究对象,探索RNA病毒的基因特征以及新的病毒比较分类方法。从变值测量理论出发,先对选定病毒的变值测度进行统计,得到多维测度特征,对基因序列进行差异对比以及对特征向量投影,生成基因的差异折线图,清晰地反映多组对比序列的变异位置和变异程度。利用变值测度可以准确地计算每条基因序列的信息熵,结合成对的测度可以构建信息熵坐标,投影到二维图像上观测等熵聚类的群聚现象。基于信息熵形成的复合测度可以通过多种方式计算距离矩阵,可以用于构建系统发生树来表示基因序列间的进化关系。通过批量数据测试,这种新型方法能够快速有效地完成新型冠状病毒基因序列的对比分类任务。采用的变值测量与信息熵的方法是适用于基因组的统计分析方法,得到的测度特征与选择序列存在对应关系。将病毒序列的测度参数对比经典生物信息学的理论与方法,变值测量的测度与信息熵测度的计算复杂度低,运算时间短,等熵群聚效应能够精确地度量序列的差异关系,通过在此基础上构建系统发育树,也检验了此方法的准确性和稳定性。
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