应用口蹄疫灭活疫苗中加入酒精冻融离心破乳纯化抗原技术,对口蹄疫白油乳化灭活疫苗病毒中的RNA进行提取,并与提取的制苗病毒、二乙烯亚胺灭活病毒的RNA,就VP1基因进行了逆转录聚合酶链式反应扩增、核酸序列测定,利用DNAStar软件包中的SepMan程序进行序列拼接,将所得序列进行同源性比较分析,结果显示3种来源的VP1基因片段长度均为639bp,与预期目标相符,核苷酸序列显示,3种方法处理的病毒VP1同源性为100%,说明灭活剂BEI和乳化工艺没有全部破坏口蹄疫病毒VP1基因核酸。由此,建立了一种检测、分析口蹄疫灭活疫苗毒株VP1基因的核酸序列的新方法。通过以上建立的方法,对国内三个不同厂家的口蹄疫灭活疫苗中的VP1基因与国内外口蹄疫病毒参考序列进行同源性、差异性比较分析,绘出遗传发育树图谱。结果显示,有2个厂家疫苗O型病毒株为泛亚拓扑型,1个厂家为古典中国拓扑型。2个泛亚拓扑型疫苗株之间的同源性为96.2%,他们与国际上流行毒株O/LY/2000、O/MOG/2000、O/1734/RUS/2000、O/NY00、UKG/8098/2001的VP1基因核苷酸同源性达94.4～98.4%,亲缘关系密切。本实验建立了一种对口蹄疫成品疫苗中VP1基因提取和分析的实用方法,对于评价口蹄疫疫苗毒株与流行毒株间的关系,为我国口蹄疫免疫预防提供有效可靠的疫苗等方面,具有重要的实际意义。