至1999年高校扩招以来，人们日益增长的教育需求与财政科研经费短缺的矛盾日益突出，为了解决财政经费来源多元化以及教育成本分担与补偿的难题，2005年，教育部、国家发展和改革委员会、财政部规定从2006年开始在北京大学、清华大学、哈尔滨工业大学等高校进行研究生收费试点改革。在随后的改革实践中，西安交通大学、哈尔滨工业大学、华中科技大学三所高校率先于2006年进行试点改革，2007年，研究生教育收费制度改革扩大至北京大学、清华大学、浙江大学等17所高校，在2008、2009年，这一政策分别扩大至47所设有研究生院的高校和全部中央部委所属高校。2014年秋季以来，研究生培养全面收费制度在全国开始实施，该政策的改革过程引起了学术界思考，即该政策是否促进了高校的长远发展？因此本文从理论和实证两个角度来探讨研究生教育收费制度改革对高校创新的影响。
　　在理论方面，本文首先以理性学生个体效用最大化作为研究基础，通过比较研究生教育收费制度前后，学生完成研究生教育所付成本和进行科研投入支出的变化，在研究生教育收费制度后，学生把更多的精力投入到了科学研究；其次假定高校科研创新产出最大化，研究生把更多的精力投入到科学研究方面促进了高校创新产出和效率的提高。因此本文通过理论模型的研究发现：研究生教育收费制度改革通过激发研究生科研投入的积极性提高了高校创新产出和效率。
　　在实证方面，本文利用双重差分的实证模型，选取了1996-2013年间101所“211及省部共建”高校作为样本容量，来考察研究生教育收费制度在并轨试点阶段的改革对高校创新效率的影响，研究表明：首先研究生教育收费制度改革提高了各高校的创新效率；其次研究生教育收费制度改革对高校创新效率影响的中间传导机制可能来自于研究生参与课题积极性的提高；再次利用异质性分析得出：相比非教育部直属高校，教育部直属高校的创新效率提高得更多；最后本文还通过平行趋势假定检验以及安慰剂检验等反事实分析得出：研究生教育收费制度改革的处理组和控制组事前时间趋势是一致的，且研究生教育收费制度改革只对目标院校产生了影响，并未对非目标院校的普通本科院校产生影响；另外为了使分析结果更具有稳健性，本文还参照(Li, P;Lu, Y.; Wang, J，2016)进行稳健性分析的方法，进一步控制同时随年份和地区变化的变量，即利用省份虚拟变量交互年份虚拟变量，来检验处理组与控制组事前时间趋势的一致性。
　　因此，本文提出要积极稳妥地推进研究生教育收费制度改革，提高研究生培养的质量；加强高校国际学术交流的机会，促进国际一流大学的建设；促进科研资助结构的合理化，尤其是加强地方院校的资助力度，构建区域特色的地方院校。同时发挥教育部直属高校科研创新的标杆作用，加强高校科研合作关系，推动研究生培养机制改革有序进行。