瞿昙寺位于青海省海东市乐都区城南二十公里的瞿昙镇，始建于明洪武年间，是全国少有的汉式藏传佛教寺院，也是一组有着六百余年历史的，规模宏大、质量精粹、保存完整的明代古建筑群。其文物价值高，保存状况好，是全国罕见的珍贵文物，1982年被公布为第二批全国重点文物保护单位。然而，乐都区政府提出的以瞿昙寺旅游带动地区快速城镇化的设想，使瞿昙寺的保护成为一个较为紧迫的问题。但是，一方面，瞿昙寺早期的保护规划因年代久远早已无据可查，目前又尚无通过审批的保护规划，其保护仍“缺乏明确依据”；另一方面，古建筑类文物保护单位是我国文物古迹的重要组成部分，但其保护区划及其建设控制在理论与实践上尚存在很多问题如确定保护对象方法不科学，保护内容涵盖不充足，管理规定内容不细、规定不清、衔接难、实施难等，其问题仍“有待完善解决”。这些都制约着科学合理地保护瞿昙寺。本文以“提供合理依据”和“初步解决问题”为目的，首先运用归纳总结的方法梳理了瞿昙寺从历史到现状的演变过程，明确了其遗存现状和环境现状；其次运用建立文物价值载体清单的方法明确了瞿昙寺的价值载体，特别是通过建立古建筑类文物保护单位的保护内容体系补充了其内外空间格局这一重点保护对象，并运用比较研究的方法结合差异性、可操作性进行了多轮区划方案推演，选出最优方案；最后运用类比借鉴的方法建立了各个区划的“管理规定图则”，形成了比上一版有所进步的瞿昙寺保护区划及其管理规定，为瞿昙寺保护提供了合理依据。在此基础上，本文针对上述问题得出以下结论：文中运用的建立文物价值载体清单、建立古建筑类文物保护单位的保护内容体系、借鉴控规形成“管理规定图则”的方法是上述问题的初步解决途径，对更好地形成古建筑类文物保护单位保护区划及其管理规定具有普遍意义和应用价值。